More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2296 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  431  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2389  putative transcriptional regulator  76.78 
 
 		 213 aa  278  5e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 211 aa  275  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 211 aa  274  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 211 aa  274  6e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1244  GntR family transcriptional regulator  73.4 
 
 		 211 aa  270  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.487831 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3944  GntR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 211 aa  259  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 229 aa  174  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 230 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  45.28 
 
 		 217 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 290 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 214 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  43.54 
 
 		 215 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 216 aa  134  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  40.4 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4210  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  37.32 
 
 		 213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 239 aa  105  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 217 aa  105  4e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 225 aa  105  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  37.3 
 
 		 214 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  35.52 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  37.16 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 230 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  41.75 
 
 		 237 aa  99  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 229 aa  97.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  95.5  5e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  33.82 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 226 aa  94  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 232 aa  93.6  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  36.27 
 
 		 209 aa  92.8  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 221 aa  92.8  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  38.05 
 
 		 237 aa  92.8  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 234 aa  92.4  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 235 aa  92.4  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  37.17 
 
 		 221 aa  92.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  37.68 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 234 aa  92  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 235 aa  91.7  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 228 aa  91.7  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  34.7 
 
 		 243 aa  91.7  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 235 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 254 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 220 aa  89.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.28 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  89.4  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  33.99 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  34.22 
 
 		 237 aa  89  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  35.79 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 240 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 248 aa  88.6  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  34.16 
 
 		 218 aa  88.6  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 238 aa  88.2  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 241 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 215 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 243 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 215 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 225 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 		 222 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 242 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 232 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>