29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2222 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2222  cobalt transporter subunit CbtA, putative  100 
 
 		 257 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2525  cobalt transporter, subunit CbtA  64.04 
 
 		 232 aa  281  8.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0161  possible cobalt transporter, subunit CbtA  48.7 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.528614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2354  cobalt transporter, subunit CbtA  36.96 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2532  cobalt transporter, subunit CbtA  36.52 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00862817 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3152  hypothetical protein  35.02 
 
 		 240 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00956789  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3101  cobalt transporter subunit CbtA, putative  35.34 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2777  cobalt transporter, subunit CbtA  35.29 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0561965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2215  hypothetical protein  38.02 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.534089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25940  hypothetical protein  38.07 
 
 		 364 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00053463  normal  0.0606013 
 
 
-
 
NC_004310  BR1309  hypothetical protein  33.82 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.236923  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1272  hypothetical protein  33.82 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1874  cobalt transporter, subunit CbtA  36.43 
 
 		 237 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.245777  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3018  hypothetical protein  32.49 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.960935  normal  0.157987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1440  cobalt transporter, subunit CbtA  35.48 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3112  cobalt transporter, subunit CbtA  33.47 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0398133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4714  cobalt transporter, subunit CbtA  31.84 
 
 		 241 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6984  cobalt transporter, subunit CbtA  33.91 
 
 		 241 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1443  cobalt transporter, subunit CbtA  36.33 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.376445 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1718  cobalt transporter, subunit CbtA  35.92 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  0.0137404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2146  cobalt transporter, subunit CbtA  32.39 
 
 		 243 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738825  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3775  cobalt transporter, subunit CbtA  30.33 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.461264  normal  0.391945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2434  cobalt transporter, subunit CbtA  31.82 
 
 		 241 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.189525 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2301  hypothetical protein  36.24 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.395641  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1015  hypothetical protein  30.25 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.819928  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2154  hypothetical protein  29.63 
 
 		 275 aa  48.9  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0542665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2768  hypothetical protein  27.16 
 
 		 275 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.319102  normal  0.0713993 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0446  hypothetical protein  34.82 
 
 		 279 aa  42.7  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0964398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0481  hypothetical protein  34.82 
 
 		 279 aa  42.7  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.844634  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>