More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2125 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  63.59 
 
 		 554 aa  659    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  63.04 
 
 		 551 aa  674    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  66.67 
 
 		 553 aa  735    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  63.69 
 
 		 551 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  62.98 
 
 		 548 aa  668    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  63.04 
 
 		 551 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 		 549 aa  1087    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  65.92 
 
 		 541 aa  694    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  65.92 
 
 		 574 aa  706    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  66.24 
 
 		 582 aa  745    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  65.81 
 
 		 551 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  65.43 
 
 		 554 aa  674    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  68.82 
 
 		 555 aa  729    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  55.16 
 
 		 523 aa  566  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  54.87 
 
 		 526 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  54.89 
 
 		 526 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  53.37 
 
 		 540 aa  554  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  54.25 
 
 		 539 aa  554  1e-156  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  53.77 
 
 		 535 aa  555  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  54.51 
 
 		 554 aa  555  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  53.57 
 
 		 526 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  54.49 
 
 		 529 aa  547  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  53.16 
 
 		 534 aa  541  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  51.91 
 
 		 535 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  54.12 
 
 		 525 aa  538  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  53.54 
 
 		 525 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  51.95 
 
 		 529 aa  532  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  51.3 
 
 		 531 aa  529  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  50.98 
 
 		 550 aa  527  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  57.42 
 
 		 450 aa  504  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  48.59 
 
 		 534 aa  475  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  46.55 
 
 		 606 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  50.4 
 
 		 545 aa  462  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.52 
 
 		 538 aa  453  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  47.35 
 
 		 659 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  47.15 
 
 		 659 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  47.09 
 
 		 583 aa  446  1.0000000000000001e-124  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.94 
 
 		 657 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  47.27 
 
 		 637 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  45.94 
 
 		 661 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.94 
 
 		 584 aa  422  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  44.88 
 
 		 553 aa  424  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.74 
 
 		 661 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  45.87 
 
 		 667 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.8 
 
 		 664 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  47.16 
 
 		 667 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  46.97 
 
 		 667 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  46.97 
 
 		 667 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  42.72 
 
 		 550 aa  411  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  44.55 
 
 		 660 aa  411  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  46.97 
 
 		 667 aa  411  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  43.87 
 
 		 656 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  46.59 
 
 		 660 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  44.53 
 
 		 682 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.59 
 
 		 551 aa  403  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  47.3 
 
 		 520 aa  403  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  46.02 
 
 		 661 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  42.94 
 
 		 682 aa  399  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  46.78 
 
 		 668 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.3 
 
 		 685 aa  399  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  42.91 
 
 		 530 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  46.05 
 
 		 673 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  46.98 
 
 		 661 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.2 
 
 		 573 aa  392  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.97 
 
 		 524 aa  395  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  42.47 
 
 		 676 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  46.21 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  44.05 
 
 		 541 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  46.21 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  46.21 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  40.78 
 
 		 542 aa  387  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  47.02 
 
 		 658 aa  388  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  46.02 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.28 
 
 		 505 aa  384  1e-105  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  41.29 
 
 		 676 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  42.47 
 
 		 504 aa  380  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  41.29 
 
 		 676 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  41.29 
 
 		 676 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  43.55 
 
 		 682 aa  379  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  41.29 
 
 		 676 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  45.78 
 
 		 658 aa  381  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  41.29 
 
 		 676 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  40.55 
 
 		 526 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  41.29 
 
 		 716 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  41.29 
 
 		 716 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.06 
 
 		 691 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  42.15 
 
 		 504 aa  375  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.52 
 
 		 567 aa  379  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  42.27 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  42.27 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  42.27 
 
 		 505 aa  376  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.72 
 
 		 490 aa  378  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  45.24 
 
 		 658 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  45.83 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  42.58 
 
 		 644 aa  375  1e-103  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  45.24 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  42.27 
 
 		 505 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  43.53 
 
 		 676 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  41.94 
 
 		 505 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  42.6 
 
 		 698 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>