More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2075 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
340 aa  698    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2199  ribose-phosphate pyrophosphokinase  81.55 
 
 
339 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2301  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  80.65 
 
 
339 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0976  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.65 
 
 
339 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508643  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.4 
 
 
339 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.71 
 
 
342 aa  542  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.41 
 
 
340 aa  525  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.03 
 
 
310 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.25 
 
 
317 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.57 
 
 
317 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.81 
 
 
310 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.76 
 
 
314 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
331 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.81 
 
 
311 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.77 
 
 
317 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1533  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.2 
 
 
310 aa  380  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.39 
 
 
314 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.849276  normal  0.673311 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1482  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.88 
 
 
328 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00949997  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.39 
 
 
346 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.31 
 
 
311 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.39 
 
 
314 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.62 
 
 
317 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
310 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
310 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.76 
 
 
316 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.57 
 
 
314 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.88 
 
 
310 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
317 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.25 
 
 
317 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.57 
 
 
317 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
310 aa  374  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.38 
 
 
311 aa  375  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
310 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
310 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.04 
 
 
310 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0838998  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
310 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2438  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.43 
 
 
311 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167005  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1089  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.78 
 
 
326 aa  360  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.38 
 
 
310 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.97 
 
 
310 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0671  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.81 
 
 
312 aa  351  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.19 
 
 
311 aa  343  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550032  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.57 
 
 
310 aa  340  2e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  53.09 
 
 
312 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0387  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.11 
 
 
316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0198132 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.43 
 
 
316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.11 
 
 
309 aa  336  3.9999999999999995e-91  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.68 
 
 
313 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.72 
 
 
320 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.72 
 
 
320 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.62 
 
 
323 aa  335  7.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.16 
 
 
310 aa  335  9e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.72 
 
 
320 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0896  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.8 
 
 
309 aa  334  1e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00634031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.31 
 
 
315 aa  334  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00259725  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0925  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.8 
 
 
309 aa  334  1e-90  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0148542  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1256  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.29 
 
 
311 aa  334  2e-90  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.61 
 
 
316 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.4 
 
 
320 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.4 
 
 
318 aa  332  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41520  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.48 
 
 
313 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.684903  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.77 
 
 
318 aa  332  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.77 
 
 
318 aa  332  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.4 
 
 
320 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2105  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.82 
 
 
318 aa  332  6e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537624  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.8 
 
 
336 aa  332  6e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.77 
 
 
318 aa  331  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.09 
 
 
320 aa  331  9e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.46 
 
 
316 aa  330  1e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1446  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.8 
 
 
309 aa  331  1e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0807513  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1015  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.89 
 
 
309 aa  330  2e-89  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0820  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
315 aa  330  2e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0240183  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.31 
 
 
309 aa  330  2e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.83 
 
 
316 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.83 
 
 
316 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.04 
 
 
318 aa  330  3e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.613331  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.14 
 
 
316 aa  328  6e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.75 
 
 
317 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1104  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
313 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0944  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
313 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494544  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  52.66 
 
 
321 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00928462  normal  0.419726 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1270  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.16 
 
 
309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0133436  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  52.22 
 
 
313 aa  326  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.22 
 
 
310 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.22 
 
 
310 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.22 
 
 
310 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.22 
 
 
313 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.19 
 
 
325 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.23 
 
 
321 aa  325  5e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.83 
 
 
318 aa  325  6e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.88 
 
 
324 aa  325  8.000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.83 
 
 
315 aa  325  9e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>