275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2045 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2045  radical SAM family protein  100 
 
 
235 aa  483  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4183  radical SAM domain-containing protein  75.74 
 
 
235 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.0000810213  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3495  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  63.03 
 
 
242 aa  309  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4937  radical SAM domain-containing protein  64.56 
 
 
245 aa  304  8.000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0465202  normal  0.450648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  60.08 
 
 
242 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4051  radical SAM family protein  60.34 
 
 
246 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3716  radical activating protein  60.08 
 
 
255 aa  298  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.235387  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1008  radical SAM domain-containing protein  59.92 
 
 
246 aa  297  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1974  radical activating enzyme, putative  59.92 
 
 
251 aa  289  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1899  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  59.49 
 
 
247 aa  287  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0896  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  45.57 
 
 
245 aa  202  4e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1772  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  44.4 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1232  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  181  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1259  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1234  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1432  radical SAM domain protein  38.03 
 
 
238 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000180517 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1361  radical sam domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1460  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 
238 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387588  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0734  radical SAM domain-containing protein  40.76 
 
 
237 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0750  radical SAM domain-containing protein  40.76 
 
 
237 aa  180  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3947  radical SAM domain protein  38.03 
 
 
238 aa  181  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0197707  normal  0.0210663 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1499  radical SAM domain protein  37.61 
 
 
238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000307521  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1066  radical SAM domain-containing protein  38.14 
 
 
238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1258  radical SAM domain-containing protein  38.03 
 
 
238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.503914  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1396  radical SAM domain protein  37.61 
 
 
238 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0288655  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0871  putative coenzyme PQQ synthesis protein  37.92 
 
 
238 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.398462  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0371  exsD protein  36.62 
 
 
212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  30.38 
 
 
209 aa  105  8e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  33.47 
 
 
230 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  34.05 
 
 
210 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  31.51 
 
 
212 aa  96.3  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  33.33 
 
 
216 aa  95.5  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  33.62 
 
 
210 aa  95.5  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  33.19 
 
 
210 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  29.69 
 
 
202 aa  89  5e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  27.97 
 
 
208 aa  86.7  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 
210 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  31.61 
 
 
226 aa  85.9  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  30.38 
 
 
234 aa  85.1  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  32 
 
 
202 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  32.91 
 
 
216 aa  82.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 
210 aa  82.4  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2837  radical SAM domain-containing protein  29.96 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  29.8 
 
 
244 aa  82  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  28.87 
 
 
213 aa  81.3  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 
213 aa  81.3  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  30.99 
 
 
227 aa  79.7  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2111  Radical SAM domain protein  31.88 
 
 
211 aa  79.7  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  30.25 
 
 
213 aa  79.7  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  32.49 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  32.95 
 
 
202 aa  77.8  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  28.57 
 
 
244 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1098  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  29.05 
 
 
210 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  28.03 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  28.57 
 
 
215 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0659  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
212 aa  74.7  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.815067  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1319  Radical SAM domain protein  30.98 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  29.36 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  29.36 
 
 
213 aa  73.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  32.34 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  32.34 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  32.34 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  32.93 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  39.53 
 
 
280 aa  72.4  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  24.89 
 
 
220 aa  72.8  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1766  Radical SAM domain protein  30.81 
 
 
220 aa  72.4  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.988544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 
214 aa  72  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  30.29 
 
 
214 aa  72  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  39.55 
 
 
258 aa  72  0.000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
217 aa  72  0.000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6932  hypothetical protein  30.96 
 
 
209 aa  71.6  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.465455 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  30.42 
 
 
215 aa  71.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  28.26 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  32.52 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  32.93 
 
 
264 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  27.92 
 
 
217 aa  69.7  0.00000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 
222 aa  69.7  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  28.88 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  31.74 
 
 
215 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  27.08 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  28.88 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
222 aa  68.9  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  32.34 
 
 
215 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  28.81 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0822  hypothetical protein  33.06 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  26.18 
 
 
217 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  36.5 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  29.03 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2067  Radical SAM domain protein  29.59 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0974345  normal  0.133919 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  34.65 
 
 
195 aa  67.8  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  37.98 
 
 
274 aa  67  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  38.28 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>