222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1985 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
248 aa  500  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  62.24 
 
 
261 aa  301  9e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.16 
 
 
255 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  60.74 
 
 
255 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.51 
 
 
247 aa  283  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.02 
 
 
255 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.68 
 
 
238 aa  279  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.38 
 
 
292 aa  170  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.27 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  37.55 
 
 
293 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.64 
 
 
293 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.23 
 
 
293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  35.77 
 
 
293 aa  151  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.4 
 
 
293 aa  151  8.999999999999999e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  40.91 
 
 
276 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.33 
 
 
293 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.49 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.88 
 
 
294 aa  145  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  38.58 
 
 
291 aa  143  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  37.4 
 
 
285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  34.68 
 
 
279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  35.07 
 
 
291 aa  135  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.6 
 
 
288 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  40.91 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  36.54 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  36.43 
 
 
284 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.89 
 
 
273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  38.15 
 
 
284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  38.67 
 
 
275 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.5 
 
 
241 aa  129  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  29.76 
 
 
268 aa  128  8.000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  36.99 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.67 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.62 
 
 
222 aa  125  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  35.77 
 
 
283 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  30 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.21 
 
 
328 aa  119  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  34.54 
 
 
279 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  31.01 
 
 
287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.2 
 
 
282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  40.09 
 
 
248 aa  111  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  25.49 
 
 
278 aa  103  4e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  28.97 
 
 
287 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  28.97 
 
 
287 aa  102  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  24 
 
 
278 aa  99.4  5e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  34.21 
 
 
306 aa  98.2  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.5 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.69 
 
 
373 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.75 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  27.84 
 
 
316 aa  82.4  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.76 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.28 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.95 
 
 
354 aa  79  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.01 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  26.12 
 
 
346 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  25.82 
 
 
346 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  28.03 
 
 
657 aa  75.1  0.0000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.71 
 
 
309 aa  73.6  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  22.46 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.13 
 
 
348 aa  72  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.18 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  27.98 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  25.49 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  25.1 
 
 
304 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.22 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  25.35 
 
 
356 aa  68.2  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  24.39 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  30.14 
 
 
319 aa  68.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  25.76 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  28.22 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  24.62 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  24.62 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  22.86 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  22.86 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  30.52 
 
 
438 aa  66.6  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  28.76 
 
 
336 aa  66.6  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.33 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  26.51 
 
 
375 aa  65.5  0.0000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  27.23 
 
 
352 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.46 
 
 
298 aa  63.2  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  25.37 
 
 
267 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 
322 aa  63.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0505  folate-binding protein YgfZ  26.27 
 
 
277 aa  62.8  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  normal  0.803186 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.26 
 
 
318 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  23.63 
 
 
348 aa  63.2  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  28 
 
 
313 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  23.17 
 
 
302 aa  62.4  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  26.34 
 
 
291 aa  62.4  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  27.17 
 
 
313 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.68 
 
 
348 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1294  aminomethyl transferase  25.31 
 
 
277 aa  60.1  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.96 
 
 
318 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.85 
 
 
313 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.12 
 
 
318 aa  60.5  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>