More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1953 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  100 
 
 		 499 aa  984    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  67.76 
 
 		 506 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  67.76 
 
 		 493 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  64.73 
 
 		 493 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  69.15 
 
 		 501 aa  594  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  62.47 
 
 		 514 aa  544  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  59.53 
 
 		 515 aa  517  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  50.64 
 
 		 487 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  49.12 
 
 		 500 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  50.62 
 
 		 501 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  49.37 
 
 		 497 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  48.1 
 
 		 496 aa  391  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  48.85 
 
 		 498 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  49.89 
 
 		 471 aa  392  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  48.79 
 
 		 511 aa  388  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  51.06 
 
 		 498 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  48.06 
 
 		 522 aa  383  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  48.64 
 
 		 501 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  49.4 
 
 		 511 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  49.09 
 
 		 499 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  46.31 
 
 		 588 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  46.18 
 
 		 516 aa  382  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2539  protease Do  45.4 
 
 		 578 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.874075 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  47.75 
 
 		 528 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  49.3 
 
 		 511 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  49.89 
 
 		 498 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  45.4 
 
 		 524 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  45.4 
 
 		 524 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  46.19 
 
 		 508 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  49.68 
 
 		 497 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  47.05 
 
 		 523 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  45.22 
 
 		 520 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2014  protease Do  46.69 
 
 		 502 aa  356  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  44.44 
 
 		 535 aa  354  2.9999999999999997e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  44.57 
 
 		 459 aa  350  4e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  42.83 
 
 		 491 aa  345  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  44.2 
 
 		 506 aa  338  1.9999999999999998e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  42.14 
 
 		 476 aa  332  1e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  41.37 
 
 		 513 aa  329  6e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  41.37 
 
 		 513 aa  329  6e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  40.84 
 
 		 527 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  40.88 
 
 		 457 aa  325  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  42.92 
 
 		 473 aa  323  5e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0922  protease Do family protein  39.76 
 
 		 496 aa  323  5e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.726985  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  40.9 
 
 		 482 aa  322  7e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  42.07 
 
 		 523 aa  322  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  42.73 
 
 		 501 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  40.78 
 
 		 520 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  41.98 
 
 		 480 aa  318  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  41.87 
 
 		 500 aa  317  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  42.49 
 
 		 505 aa  316  5e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  41.42 
 
 		 502 aa  316  6e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  41.98 
 
 		 516 aa  315  8e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  40.46 
 
 		 523 aa  315  9e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  41.97 
 
 		 501 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  39.87 
 
 		 518 aa  313  5.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  40.41 
 
 		 489 aa  312  6.999999999999999e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  40.61 
 
 		 481 aa  312  7.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  41.07 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1952  protease Do  42.33 
 
 		 473 aa  310  5.9999999999999995e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.151255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  40.38 
 
 		 526 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  41.67 
 
 		 517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  41.3 
 
 		 458 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  41.7 
 
 		 476 aa  306  7e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  40.86 
 
 		 529 aa  304  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  39.14 
 
 		 528 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  40.33 
 
 		 469 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  41.98 
 
 		 483 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  41.98 
 
 		 483 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3394  protease Do  41.05 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0792545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  38.52 
 
 		 527 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3457  protease Do  41.05 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  40.38 
 
 		 520 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  41.31 
 
 		 485 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  42.96 
 
 		 524 aa  300  4e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  39.96 
 
 		 508 aa  299  6e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  38.98 
 
 		 464 aa  299  7e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  38.76 
 
 		 473 aa  298  1e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  38.83 
 
 		 528 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  38.52 
 
 		 527 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  37.61 
 
 		 466 aa  296  6e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  42.68 
 
 		 483 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  40.25 
 
 		 501 aa  294  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  42.83 
 
 		 481 aa  295  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  40.37 
 
 		 464 aa  293  5e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0080  protease degQ  40.13 
 
 		 471 aa  291  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  41.12 
 
 		 485 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2247  ATPase  42.73 
 
 		 464 aa  292  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000505452  normal  0.0343548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  42.35 
 
 		 509 aa  292  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  40.09 
 
 		 524 aa  291  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  39.75 
 
 		 479 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3437  peptidase S1C, Do  40.48 
 
 		 472 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4291  protease Do  39.55 
 
 		 477 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  38.43 
 
 		 491 aa  290  5.0000000000000004e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  40.08 
 
 		 503 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  39.87 
 
 		 503 aa  289  9e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1208  protease Do  37.42 
 
 		 475 aa  289  9e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0118678  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1087  protease Do  39.88 
 
 		 477 aa  289  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.386741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  39.19 
 
 		 525 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  40.17 
 
 		 496 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>