More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1911 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 311 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 322 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1230  LysR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 284 aa  338  9e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.69463  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 310 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  56.38 
 
 		 284 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5730  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.859731  normal  0.701128 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3793  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4575  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5812  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 283 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.52 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.38 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  33.21 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.38 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3885  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.36 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5053  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.426603  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>