More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1799 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  100 
 
 		 229 aa  460  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  53.42 
 
 		 233 aa  226  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45.61 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  44.74 
 
 		 232 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.25 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.25 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.25 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  44.1 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  44.75 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.4 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.75 
 
 		 237 aa  180  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.3 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.3 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.3 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.3 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.24 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  42.92 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  42.99 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  42.11 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1342  helix-turn-helix type 11 domain protein  46.61 
 
 		 219 aa  165  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.160191 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  39.04 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.64 
 
 		 233 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.34 
 
 		 240 aa  158  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  40.18 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  39.55 
 
 		 234 aa  154  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.2 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.74 
 
 		 227 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  39.73 
 
 		 233 aa  152  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.91 
 
 		 229 aa  151  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  40.83 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  40.83 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  40.83 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.99 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  39.37 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.53 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  40.64 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.28 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  41.59 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  39.2 
 
 		 230 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.63 
 
 		 233 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.99 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 246 aa  142  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.27 
 
 		 246 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  42.79 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.81 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  39.37 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.63 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  37.61 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.2 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  36.89 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.89 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  36.4 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.44 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  36.7 
 
 		 230 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.21 
 
 		 229 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.06 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  34.96 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.82 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.44 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  35.84 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  35.84 
 
 		 228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  40.29 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  40.27 
 
 		 361 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  40.27 
 
 		 339 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  40.27 
 
 		 228 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  40.27 
 
 		 228 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  40.27 
 
 		 228 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  40.27 
 
 		 367 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  40.27 
 
 		 228 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.91 
 
 		 230 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.91 
 
 		 241 aa  131  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  39.62 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41.26 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.44 
 
 		 228 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.45 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.57 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  39.82 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.73 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.56 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.11 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.1 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  39.32 
 
 		 232 aa  121  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.68 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.93 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36 
 
 		 316 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.61 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  34.98 
 
 		 252 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  36 
 
 		 238 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.77 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.7 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.25 
 
 		 235 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.29 
 
 		 315 aa  110  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  38.39 
 
 		 231 aa  108  5e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.64 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.85 
 
 		 235 aa  106  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.72 
 
 		 319 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  31 
 
 		 313 aa  105  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>