144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1545 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 347 aa  709    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  53.89 
 
 		 348 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  57.74 
 
 		 371 aa  359  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  58.39 
 
 		 350 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  58.39 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  57.86 
 
 		 353 aa  341  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  53.5 
 
 		 365 aa  318  6e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  46.22 
 
 		 353 aa  296  4e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  47.19 
 
 		 353 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  43.27 
 
 		 365 aa  289  4e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  50.64 
 
 		 346 aa  288  8e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  44.04 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  47.06 
 
 		 356 aa  285  5.999999999999999e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  46.25 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  48.85 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  48.52 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  45.82 
 
 		 359 aa  268  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 375 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  44.14 
 
 		 375 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  45.78 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  45.7 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  43.32 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  43.32 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  43.32 
 
 		 375 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  42.14 
 
 		 355 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  44.48 
 
 		 359 aa  258  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  44.48 
 
 		 359 aa  258  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  44.69 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  42.09 
 
 		 353 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  44.15 
 
 		 359 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  44.41 
 
 		 355 aa  256  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  44.67 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  42.12 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  43.89 
 
 		 366 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  44.34 
 
 		 377 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  42.22 
 
 		 353 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  43.24 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  37.87 
 
 		 353 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  38.54 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  38.85 
 
 		 281 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  35.5 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  37.13 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  40.13 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  37.07 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  35.74 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  34.82 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  34.74 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  36.51 
 
 		 344 aa  176  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  32.93 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  34.42 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  35.41 
 
 		 345 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  33.14 
 
 		 350 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  33.44 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  35.83 
 
 		 350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  31.95 
 
 		 354 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  31.68 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  29.97 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  33.77 
 
 		 349 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  29.43 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  31.74 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  34.31 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 358 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  33.97 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  30.12 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.11 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  31.65 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  30.67 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  33.24 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  34.63 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  29.3 
 
 		 334 aa  143  3e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  27.25 
 
 		 327 aa  142  8e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  32.12 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  29.36 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  31.98 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  31.76 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  31.12 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  30.06 
 
 		 366 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  30 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  29.46 
 
 		 370 aa  132  6e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  34.35 
 
 		 366 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  32.5 
 
 		 361 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  29.36 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  34.29 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  32.92 
 
 		 370 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  32.65 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  30.65 
 
 		 373 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  32.68 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  33.6 
 
 		 367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  32.01 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  35.12 
 
 		 376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  32.64 
 
 		 365 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  34.5 
 
 		 369 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 		 365 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  31.71 
 
 		 361 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  34.3 
 
 		 368 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>