More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1459 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  100 
 
 
976 aa  1944  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  2.80055e-06  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  68.84 
 
 
890 aa  941  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  68.84 
 
 
936 aa  939  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  53.35 
 
 
1060 aa  694  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  55.93 
 
 
1035 aa  733  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  63.39 
 
 
869 aa  803  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  81.25 
 
 
1026 aa  729  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  69.02 
 
 
869 aa  944  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1302  ribonuclease, Rne/Rng family  55.49 
 
 
965 aa  711  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  1.58665e-06  normal  0.0123334 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  64.91 
 
 
863 aa  602  1e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  61.76 
 
 
868 aa  582  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  65.65 
 
 
944 aa  578  1e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  62.53 
 
 
922 aa  575  1e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  64.1 
 
 
889 aa  572  1e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  65.03 
 
 
1092 aa  570  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  62 
 
 
926 aa  572  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  62.3 
 
 
891 aa  570  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  5.77362e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  65.86 
 
 
1053 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  64.57 
 
 
1045 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  64.24 
 
 
953 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  8.23933e-07  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  66.5 
 
 
1059 aa  563  1e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  62.25 
 
 
1049 aa  563  1e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  62.25 
 
 
1046 aa  563  1e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  60.36 
 
 
890 aa  562  1e-159  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  64.82 
 
 
1043 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  63.83 
 
 
1043 aa  562  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  66.01 
 
 
1039 aa  561  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  62.09 
 
 
1065 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  64.58 
 
 
1029 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  64.02 
 
 
1080 aa  551  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  60.33 
 
 
1009 aa  549  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.76969e-06 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  59.25 
 
 
906 aa  542  1e-152  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  62.68 
 
 
880 aa  542  1e-152  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  64.32 
 
 
935 aa  541  1e-152  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  64.6 
 
 
881 aa  536  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  61.24 
 
 
905 aa  522  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  50.92 
 
 
984 aa  441  1e-122  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  9.43072e-05  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  49.88 
 
 
928 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  49.88 
 
 
977 aa  423  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  51.12 
 
 
968 aa  424  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  50.5 
 
 
938 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  51.12 
 
 
1128 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  48.48 
 
 
1057 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  51.25 
 
 
938 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  50.62 
 
 
1139 aa  418  1e-115  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  46.49 
 
 
1071 aa  418  1e-115  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  51.62 
 
 
1074 aa  418  1e-115  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  49.38 
 
 
904 aa  419  1e-115  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  51.12 
 
 
1041 aa  416  1e-115  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  51.36 
 
 
1073 aa  417  1e-115  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  49.88 
 
 
1175 aa  418  1e-115  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  51.12 
 
 
1076 aa  417  1e-115  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  51.36 
 
 
1072 aa  417  1e-115  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  50.87 
 
 
1082 aa  417  1e-115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.06864e-06  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  50.87 
 
 
1120 aa  418  1e-115  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  50.61 
 
 
1012 aa  418  1e-115  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  49.26 
 
 
1073 aa  415  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  51.25 
 
 
1091 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  50.62 
 
 
870 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.61 
 
 
1091 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  9.47805e-07 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  49.75 
 
 
1132 aa  413  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  51.61 
 
 
1090 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  51.12 
 
 
1007 aa  416  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  51.61 
 
 
1086 aa  416  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  50.5 
 
 
1238 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  50.86 
 
 
1038 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  49.63 
 
 
1056 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  49.63 
 
 
1092 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  49.13 
 
 
1065 aa  412  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  46.94 
 
 
873 aa  411  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  49.75 
 
 
1132 aa  412  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  49.26 
 
 
1124 aa  407  1e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  48.88 
 
 
1128 aa  408  1e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  48.76 
 
 
1093 aa  407  1e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  49.26 
 
 
1095 aa  408  1e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  49.63 
 
 
1097 aa  407  1e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  48.76 
 
 
1098 aa  407  1e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.63 
 
 
1011 aa  408  1e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  48.76 
 
 
1154 aa  407  1e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  48.76 
 
 
1158 aa  407  1e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  48.76 
 
 
1144 aa  407  1e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.80294e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  49.13 
 
 
1059 aa  407  1e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  48.76 
 
 
1102 aa  409  1e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  49.13 
 
 
1016 aa  408  1e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  49.63 
 
 
1096 aa  408  1e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  5.80995e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  48.64 
 
 
1201 aa  406  1e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  49.63 
 
 
1008 aa  408  1e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  48.88 
 
 
1084 aa  409  1e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  49.38 
 
 
1014 aa  409  1e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  48.15 
 
 
752 aa  406  1e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  48.39 
 
 
1142 aa  407  1e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  49.38 
 
 
1042 aa  406  1e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  49.5 
 
 
1090 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  49.88 
 
 
1029 aa  406  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  49.88 
 
 
1025 aa  405  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  49.5 
 
 
1061 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  50.12 
 
 
998 aa  403  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  48.76 
 
 
1148 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  49.13 
 
 
1053 aa  406  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  49.88 
 
 
1044 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>