255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1356 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 79 aa  167  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  92.21 
 
 		 92 aa  156  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  94.81 
 
 		 77 aa  156  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  92.21 
 
 		 77 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  92.21 
 
 		 77 aa  154  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  92.21 
 
 		 77 aa  154  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  92.21 
 
 		 77 aa  154  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 		 82 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 		 82 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  79.01 
 
 		 82 aa  138  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  80 
 
 		 82 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  80 
 
 		 82 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  80 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  80 
 
 		 83 aa  135  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  80 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  75.95 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  84.29 
 
 		 82 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  75.95 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  77.5 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  77.5 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  75.95 
 
 		 83 aa  134  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  75.95 
 
 		 84 aa  134  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  76.92 
 
 		 106 aa  133  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  78.48 
 
 		 84 aa  130  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  77.63 
 
 		 82 aa  130  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  84.06 
 
 		 90 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 78 aa  128  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 78 aa  128  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 78 aa  128  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  74.68 
 
 		 82 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 80 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 80 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 80 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  78.26 
 
 		 175 aa  124  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  73.08 
 
 		 109 aa  124  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 		 83 aa  123  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  75.36 
 
 		 98 aa  123  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  71.79 
 
 		 160 aa  123  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 		 193 aa  119  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  67.11 
 
 		 79 aa  117  7e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  73.24 
 
 		 196 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  55.26 
 
 		 82 aa  95.5  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  60 
 
 		 80 aa  95.1  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  60 
 
 		 80 aa  95.1  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  55.84 
 
 		 80 aa  94  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  54.79 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  54.79 
 
 		 85 aa  92.8  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  54.93 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  47.44 
 
 		 86 aa  92.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  56.94 
 
 		 85 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 84 aa  90.5  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  54.93 
 
 		 87 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  56.58 
 
 		 86 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  56.58 
 
 		 86 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  56.58 
 
 		 86 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  48.68 
 
 		 84 aa  89  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 87 aa  88.2  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  55.84 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  56 
 
 		 80 aa  88.2  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  54.93 
 
 		 80 aa  88.6  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 		 87 aa  87.8  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  56 
 
 		 86 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  53.09 
 
 		 80 aa  87.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  51.9 
 
 		 78 aa  87  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  57.33 
 
 		 90 aa  87  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 102 aa  86.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 80 aa  86.7  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 82 aa  86.7  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  53.42 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 86 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  57.58 
 
 		 82 aa  86.3  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  56.94 
 
 		 92 aa  85.9  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 103 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  56.16 
 
 		 86 aa  85.5  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 80 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  52.7 
 
 		 82 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 91 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 80 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  52.7 
 
 		 82 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 101 aa  85.9  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  51.28 
 
 		 79 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>