More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1345 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  436  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  71.98 
 
 		 208 aa  312  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 208 aa  310  7.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  55.61 
 
 		 207 aa  234  9e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  55.61 
 
 		 207 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  54.59 
 
 		 207 aa  227  9e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0763  putative DNA-binding protein  54.27 
 
 		 215 aa  225  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  51.22 
 
 		 208 aa  223  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3843  DNA-binding protein  52.55 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  56.02 
 
 		 201 aa  216  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 203 aa  214  5.9999999999999996e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4037  DNA-binding protein  52.04 
 
 		 199 aa  211  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2483  DNA-binding protein  54.26 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1906  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 210 aa  208  5e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 276 aa  189  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  47.28 
 
 		 210 aa  187  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 209 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7013  transcriptional regulator  47.18 
 
 		 150 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 259 aa  138  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 222 aa  127  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1466  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 206 aa  126  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.609185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  35.15 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 252 aa  123  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 211 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 201 aa  118  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2007  DNA-binding protein  34.76 
 
 		 205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 262 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 197 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 251 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1227  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 180 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 180 aa  92  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 180 aa  92  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 180 aa  91.7  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 198 aa  87.4  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  85.5  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  85.1  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  32.97 
 
 		 187 aa  85.1  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.57 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.02 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 187 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 190 aa  72  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 190 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  25.41 
 
 		 175 aa  70.9  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  28.19 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.65 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  24.87 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  29.26 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  29.05 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.95 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  32.4 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  26.82 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>