48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1293 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  100 
 
 		 96 aa  191  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  45.45 
 
 		 456 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  46.46 
 
 		 461 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  47.92 
 
 		 101 aa  80.9  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  45.45 
 
 		 456 aa  79.7  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  45.83 
 
 		 100 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  42.42 
 
 		 592 aa  70.5  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  42.05 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  41.24 
 
 		 540 aa  62.8  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 		 466 aa  60.5  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  42.25 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  37.63 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  41.67 
 
 		 855 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  40 
 
 		 169 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  40 
 
 		 1446 aa  51.6  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  37.63 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  31.91 
 
 		 1229 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3448  PAAR repeat-containing protein  40.26 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86089  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0281  hypothetical protein  38.71 
 
 		 84 aa  50.8  0.000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2184  PAAR repeat-containing protein  39.47 
 
 		 88 aa  50.4  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.062242  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  36.36 
 
 		 434 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  39.19 
 
 		 1386 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  45.95 
 
 		 118 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  36.36 
 
 		 439 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  38.16 
 
 		 1140 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  40.54 
 
 		 406 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  39.73 
 
 		 1447 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  39.19 
 
 		 1428 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0532  PAAR repeat-containing protein  36.9 
 
 		 88 aa  47.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  35.14 
 
 		 1411 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  33.33 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.29 
 
 		 1527 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  33.01 
 
 		 597 aa  44.7  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  37.5 
 
 		 1422 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  30.85 
 
 		 1409 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  34.88 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  46.15 
 
 		 1379 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  36.99 
 
 		 1583 aa  43.9  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  36 
 
 		 1410 aa  43.5  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  36.99 
 
 		 1604 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  30.21 
 
 		 1385 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  37.04 
 
 		 386 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  40.28 
 
 		 323 aa  42.4  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  38.3 
 
 		 88 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  30.21 
 
 		 1400 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  33.33 
 
 		 1421 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  28.87 
 
 		 1437 aa  40.8  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>