More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1249 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  74.88 
 
 
406 aa  649  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  75.37 
 
 
406 aa  652  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  80.54 
 
 
406 aa  693  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2355  SufS subfamily cysteine desulfurase  75.5 
 
 
407 aa  657  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.331891  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1249  cysteine desulfurase  100 
 
 
406 aa  838  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.491768  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2356  SufS subfamily cysteine desulfurase  72.91 
 
 
406 aa  633  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3970  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.81 
 
 
403 aa  602  1e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.615432  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1465  SufS subfamily cysteine desulfurase  62.38 
 
 
413 aa  538  1e-152  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204095  normal  0.0534707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  60.99 
 
 
413 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  60.99 
 
 
413 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.33 
 
 
413 aa  525  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  61.48 
 
 
414 aa  519  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  60.59 
 
 
416 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2252  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.23 
 
 
414 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.766677  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  60.99 
 
 
414 aa  516  1e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  58.66 
 
 
414 aa  504  1e-142  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  58.52 
 
 
415 aa  504  1e-142  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.67 
 
 
415 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  58.91 
 
 
413 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  59.51 
 
 
420 aa  500  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.02 
 
 
415 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.91 
 
 
414 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.02 
 
 
428 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.02 
 
 
414 aa  492  1e-138  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  57.78 
 
 
414 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.724967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  56.79 
 
 
415 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.16 
 
 
414 aa  471  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5845  cysteine desulfurase, SufS subfamily  56.02 
 
 
413 aa  471  1e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.187018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  55.28 
 
 
413 aa  468  1e-130  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4466  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.54 
 
 
419 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.523936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4348  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.93 
 
 
418 aa  459  1e-128  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3980  SufS subfamily cysteine desulfurase  54.93 
 
 
418 aa  459  1e-128  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.970806 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  52.35 
 
 
414 aa  454  1e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  55.47 
 
 
426 aa  452  1e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2570  cysteine desulfurase  51.6 
 
 
422 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  52.35 
 
 
414 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50.12 
 
 
429 aa  421  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.86 
 
 
451 aa  417  1e-115  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  50 
 
 
408 aa  416  1e-115  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0997  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50 
 
 
418 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537591  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.38 
 
 
413 aa  409  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0726  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.02 
 
 
416 aa  405  1e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.01 
 
 
421 aa  406  1e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0815  selenocysteine lyase  48.64 
 
 
416 aa  406  1e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.643683  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  48.15 
 
 
420 aa  405  1e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01976  cysteine desulfurase  48.02 
 
 
414 aa  404  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315198  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.98 
 
 
418 aa  399  1e-110  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  49.38 
 
 
405 aa  395  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.03 
 
 
416 aa  395  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.75 
 
 
427 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0427  cysteine desulphurases, SufS  46.93 
 
 
420 aa  392  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.21345  normal  0.0671623 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  49.13 
 
 
405 aa  394  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.9 
 
 
412 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  3.85676e-08  unclonable  1.52095e-15 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3442  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.06 
 
 
420 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.91669e-06 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.57 
 
 
414 aa  385  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.17 
 
 
404 aa  388  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.3 
 
 
408 aa  385  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.47 
 
 
404 aa  383  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0166  cysteine desulfurase  46.17 
 
 
408 aa  382  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1764  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.89 
 
 
406 aa  381  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000868369  hitchhiker  2.89207e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1516  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000472284  hitchhiker  6.02764e-07 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  44.91 
 
 
419 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1881  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  378  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000647321  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0799  cysteine desulfurase  45.72 
 
 
423 aa  379  1e-104  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.635677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.9 
 
 
416 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1696  cysteine desulfurase, SufS subfamily  47.78 
 
 
417 aa  379  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1962  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.16 
 
 
406 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00108569  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  46.93 
 
 
407 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2329  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.68 
 
 
409 aa  377  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.8 
 
 
417 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.54 
 
 
406 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.8 
 
 
406 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  2.83455e-05 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2446  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  46.93 
 
 
407 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1896  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.54851e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.29 
 
 
429 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  44.69 
 
 
404 aa  377  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.04 
 
 
419 aa  378  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2394  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.28 
 
 
406 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0201879  hitchhiker  5.7861e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0306  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.32 
 
 
414 aa  373  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0801844 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01639  hypothetical protein  48.03 
 
 
406 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000164024  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.36 
 
 
404 aa  373  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1761  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  48.03 
 
 
406 aa  374  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00014755  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1698  cysteine desulfurase, SufS subfamily  47.3 
 
 
417 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00263306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.79 
 
 
425 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  44.67 
 
 
425 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.79 
 
 
429 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1951  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00128399  unclonable  1.07568e-08 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.79 
 
 
429 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04465  selenocysteine lyase  46.53 
 
 
412 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01649  selenocysteine lyase  48.03 
 
 
406 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000238093  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  7.97081e-10 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.04018e-08 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  44.67 
 
 
406 aa  369  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  47.78 
 
 
406 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  44.42 
 
 
406 aa  369  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4358  cysteine desulfurase  43.49 
 
 
420 aa  371  1e-101  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124519  normal  0.628114 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.36 
 
 
415 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.54 
 
 
412 aa  370  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  44.42 
 
 
406 aa  369  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  44.42 
 
 
406 aa  369  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>