More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1246 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  100 
 
 		 426 aa  867    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  73.54 
 
 		 427 aa  633  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  69.77 
 
 		 430 aa  612  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  68.04 
 
 		 427 aa  568  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  68.04 
 
 		 427 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  56.13 
 
 		 448 aa  445  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  37.92 
 
 		 430 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  35.29 
 
 		 441 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  37.41 
 
 		 448 aa  216  7e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  38.4 
 
 		 446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  36.85 
 
 		 437 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  39.8 
 
 		 399 aa  206  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  34.25 
 
 		 440 aa  205  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  34.94 
 
 		 447 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  36.69 
 
 		 440 aa  203  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  36.96 
 
 		 440 aa  203  6e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  35.31 
 
 		 444 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  35.35 
 
 		 440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  33.96 
 
 		 459 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  35.51 
 
 		 439 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  32.13 
 
 		 439 aa  194  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  33.49 
 
 		 445 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  34.59 
 
 		 440 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  33.33 
 
 		 441 aa  192  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  34.84 
 
 		 440 aa  192  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  32.88 
 
 		 437 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  34.78 
 
 		 439 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  32.7 
 
 		 444 aa  186  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  34.24 
 
 		 446 aa  186  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  33.33 
 
 		 437 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  32.37 
 
 		 425 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  34.35 
 
 		 437 aa  179  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  29.56 
 
 		 438 aa  178  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  30.09 
 
 		 425 aa  177  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  31.11 
 
 		 441 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  31.63 
 
 		 434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  31.47 
 
 		 446 aa  172  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  31.41 
 
 		 425 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  31.41 
 
 		 425 aa  167  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  31.55 
 
 		 439 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  32.21 
 
 		 441 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  33.75 
 
 		 437 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  30.55 
 
 		 424 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  34.47 
 
 		 434 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  29.76 
 
 		 433 aa  164  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  30.62 
 
 		 424 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  35.06 
 
 		 445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  30.38 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  28.81 
 
 		 437 aa  161  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  29.88 
 
 		 422 aa  160  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  26.51 
 
 		 421 aa  160  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  29.27 
 
 		 439 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  33.57 
 
 		 447 aa  159  1e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  30.79 
 
 		 447 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  28.89 
 
 		 436 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  33.16 
 
 		 439 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  33.16 
 
 		 437 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.02 
 
 		 448 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.71 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000806248 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  32.63 
 
 		 437 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.47 
 
 		 423 aa  153  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  30.75 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  29.7 
 
 		 425 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.33 
 
 		 423 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.33 
 
 		 423 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.78 
 
 		 423 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.9 
 
 		 448 aa  149  9e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  28.54 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  29.9 
 
 		 430 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  29.63 
 
 		 428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.09 
 
 		 423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  0.0000000349756 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  29.7 
 
 		 440 aa  146  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  29.72 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  30.25 
 
 		 426 aa  144  3e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.18 
 
 		 423 aa  144  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.36 
 
 		 423 aa  144  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  28.36 
 
 		 423 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.36 
 
 		 423 aa  143  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  28.36 
 
 		 423 aa  143  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.36 
 
 		 423 aa  143  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.36 
 
 		 423 aa  142  8e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  27.95 
 
 		 418 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  25.6 
 
 		 475 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.68 
 
 		 423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  28.12 
 
 		 423 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  38.65 
 
 		 454 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  29.85 
 
 		 426 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  29.82 
 
 		 420 aa  137  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  29.95 
 
 		 424 aa  136  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2592  SufBD protein  41.58 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.956009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28 
 
 		 441 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  27.37 
 
 		 451 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  41.32 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  27.76 
 
 		 441 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1971  FeS assembly protein SufD  34.33 
 
 		 372 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.388896 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  30.51 
 
 		 467 aa  129  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  29.7 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  25.36 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  29.08 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>