90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1177 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  100 
 
 		 804 aa  1553    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  43.14 
 
 		 800 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  46.78 
 
 		 800 aa  515  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  45.43 
 
 		 802 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  43.15 
 
 		 821 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  45.58 
 
 		 793 aa  504  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  42.18 
 
 		 821 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  43.49 
 
 		 820 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  42.74 
 
 		 821 aa  485  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  42.23 
 
 		 819 aa  479  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  42.5 
 
 		 820 aa  465  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  46.04 
 
 		 795 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  39.9 
 
 		 825 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  42.37 
 
 		 821 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  40.46 
 
 		 819 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  40.77 
 
 		 815 aa  426  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  40.12 
 
 		 826 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  41.38 
 
 		 819 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  47.48 
 
 		 795 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  47.53 
 
 		 795 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  30.19 
 
 		 817 aa  263  8.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  29.2 
 
 		 884 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  28.91 
 
 		 889 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  29.29 
 
 		 879 aa  251  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  42.63 
 
 		 820 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  29.25 
 
 		 889 aa  248  4e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  28.91 
 
 		 817 aa  246  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  29.03 
 
 		 836 aa  237  5.0000000000000005e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  27.95 
 
 		 817 aa  229  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  43.85 
 
 		 819 aa  227  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  29.07 
 
 		 878 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  28.44 
 
 		 847 aa  214  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  28.26 
 
 		 887 aa  213  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  26.43 
 
 		 865 aa  210  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  28.49 
 
 		 887 aa  209  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  28.66 
 
 		 840 aa  207  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  28.22 
 
 		 897 aa  207  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  26 
 
 		 849 aa  206  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  29.77 
 
 		 845 aa  205  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  28.79 
 
 		 889 aa  205  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  29.29 
 
 		 839 aa  204  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  29.9 
 
 		 850 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  29.83 
 
 		 850 aa  196  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  28.89 
 
 		 847 aa  195  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  28.74 
 
 		 849 aa  194  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  30.76 
 
 		 866 aa  191  4e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  29.89 
 
 		 870 aa  186  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  30.14 
 
 		 845 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  27.14 
 
 		 855 aa  183  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  25.36 
 
 		 803 aa  173  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  29.01 
 
 		 753 aa  169  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  31.29 
 
 		 837 aa  150  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  25.25 
 
 		 813 aa  138  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  26.01 
 
 		 929 aa  132  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  30.29 
 
 		 836 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  30.47 
 
 		 836 aa  128  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  29.51 
 
 		 846 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  24.78 
 
 		 858 aa  108  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  32.9 
 
 		 843 aa  107  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  23.87 
 
 		 858 aa  107  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  30.49 
 
 		 843 aa  105  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  31.48 
 
 		 872 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  25.98 
 
 		 857 aa  92  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  24.62 
 
 		 846 aa  88.6  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  24.23 
 
 		 857 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  32.05 
 
 		 841 aa  85.1  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  26.82 
 
 		 884 aa  82.4  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  25.06 
 
 		 844 aa  80.1  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  22.92 
 
 		 851 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  31.95 
 
 		 842 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  24.56 
 
 		 867 aa  70.5  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  27.33 
 
 		 853 aa  68.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  22.22 
 
 		 850 aa  66.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  24.13 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  27.86 
 
 		 877 aa  61.6  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1291  hypothetical protein  27.48 
 
 		 866 aa  59.7  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  30.23 
 
 		 842 aa  60.1  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5155  hypothetical protein  28.75 
 
 		 855 aa  58.5  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  27.87 
 
 		 842 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  23.82 
 
 		 856 aa  55.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2460  protein of unknown function DUF214  28.35 
 
 		 877 aa  53.5  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.764632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  28.5 
 
 		 868 aa  52.8  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  25.27 
 
 		 849 aa  52.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2698  protein of unknown function DUF214  32.89 
 
 		 855 aa  52.4  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0506019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  25.95 
 
 		 849 aa  51.2  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  27.41 
 
 		 855 aa  50.8  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  28.47 
 
 		 848 aa  48.1  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  23.92 
 
 		 855 aa  46.6  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4412  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component-like protein  33.94 
 
 		 863 aa  45.4  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.823513  normal  0.01571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2155  protein of unknown function DUF214  25.97 
 
 		 445 aa  45.4  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.755011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>