More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1161 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  100 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  67.03 
 
 		 198 aa  247  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  70.22 
 
 		 180 aa  247  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65 
 
 		 211 aa  242  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.88 
 
 		 215 aa  241  7.999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  67.22 
 
 		 210 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  66.67 
 
 		 210 aa  238  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  67.22 
 
 		 210 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  67.22 
 
 		 209 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  67.22 
 
 		 206 aa  237  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  66.85 
 
 		 189 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  60.99 
 
 		 192 aa  235  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  67.22 
 
 		 212 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  61.67 
 
 		 244 aa  235  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  68.93 
 
 		 210 aa  235  4e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  63.48 
 
 		 217 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  61 
 
 		 202 aa  234  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65.14 
 
 		 265 aa  234  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.57 
 
 		 261 aa  234  9e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  61.88 
 
 		 217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  61.93 
 
 		 201 aa  233  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  64.48 
 
 		 191 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  61.88 
 
 		 217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  61.88 
 
 		 217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  62.92 
 
 		 207 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  65 
 
 		 189 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  62.86 
 
 		 282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  62.36 
 
 		 217 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  62.36 
 
 		 215 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  62.86 
 
 		 282 aa  232  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  65 
 
 		 221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  65 
 
 		 182 aa  231  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  61.33 
 
 		 217 aa  231  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  62.29 
 
 		 270 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.43 
 
 		 269 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  60.56 
 
 		 235 aa  231  9e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  62.29 
 
 		 270 aa  230  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  62.15 
 
 		 220 aa  230  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  61.45 
 
 		 264 aa  229  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  63.39 
 
 		 180 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.01 
 
 		 217 aa  228  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  61.24 
 
 		 207 aa  228  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  62.29 
 
 		 282 aa  228  4e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  62.92 
 
 		 185 aa  228  5e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  60.56 
 
 		 242 aa  227  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.99 
 
 		 180 aa  227  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  59.89 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  62.84 
 
 		 211 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  60 
 
 		 236 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.57 
 
 		 176 aa  224  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  63.74 
 
 		 216 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  63.19 
 
 		 216 aa  222  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.99 
 
 		 180 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  58.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.39 
 
 		 213 aa  220  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.33 
 
 		 245 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  59.66 
 
 		 235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  62.43 
 
 		 180 aa  219  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  59.02 
 
 		 212 aa  219  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1871  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 218 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.163248  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.01 
 
 		 214 aa  218  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  60.8 
 
 		 177 aa  218  5e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2156  pseudouridine synthase  57.78 
 
 		 209 aa  217  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0322435  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.22 
 
 		 210 aa  217  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2061  pseudouridine synthase  57.46 
 
 		 208 aa  217  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.22 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  57.22 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.22 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  58.33 
 
 		 178 aa  215  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.43 
 
 		 178 aa  214  9e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  60 
 
 		 204 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  62.16 
 
 		 185 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  58.1 
 
 		 176 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  58.76 
 
 		 257 aa  211  5.999999999999999e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1939  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  62.57 
 
 		 199 aa  210  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  56.28 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.78 
 
 		 233 aa  209  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  56.67 
 
 		 290 aa  207  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 229 aa  205  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 192 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 192 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 192 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 192 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  54.1 
 
 		 200 aa  203  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  58.29 
 
 		 192 aa  202  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  58.52 
 
 		 189 aa  202  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  56.99 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  58.29 
 
 		 192 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  59.57 
 
 		 192 aa  201  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  54.1 
 
 		 200 aa  201  8e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  57.45 
 
 		 192 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0410  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.95 
 
 		 177 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000693978  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  55.37 
 
 		 195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  57.54 
 
 		 200 aa  199  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>