256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1148 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1148  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
201 aa  416  1e-115  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  1.48678e-10  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1052  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  73.87 
 
 
200 aa  310  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2345  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  73.37 
 
 
200 aa  305  4e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1020  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  73.37 
 
 
200 aa  304  5e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137721  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2475  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  69.42 
 
 
206 aa  301  6e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.102902  normal  0.0239297 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1789  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.17 
 
 
201 aa  291  6e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00011634  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0858  pyridoxamine-phosphate oxidase  64.09 
 
 
220 aa  283  2e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.911658  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1108  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.54 
 
 
208 aa  220  9e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.536628  normal  0.458712 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1088  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.5 
 
 
204 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0416  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.21 
 
 
208 aa  213  2e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.867273  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.21 
 
 
206 aa  211  4e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.069325  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.69 
 
 
208 aa  211  8e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0531  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.93 
 
 
216 aa  207  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0724  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.73 
 
 
209 aa  205  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690849  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1026  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.12 
 
 
206 aa  204  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.392091  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0394  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.69 
 
 
215 aa  204  9e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.17512  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1389  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.31 
 
 
212 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0857  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.53 
 
 
222 aa  199  2e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2463  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
216 aa  198  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
206 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2478  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
213 aa  199  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12705  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1136  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.74 
 
 
213 aa  197  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.356422 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1205  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
212 aa  197  8e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0678  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.55 
 
 
213 aa  197  8e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.595144  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0594  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
206 aa  196  2e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1307  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.72 
 
 
212 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0790  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.26 
 
 
208 aa  192  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.150003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.04 
 
 
213 aa  191  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.318337  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0765  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
213 aa  189  3e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0705195  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.79 
 
 
213 aa  188  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1311  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
233 aa  188  6e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279184  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3947  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.4 
 
 
207 aa  185  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.932005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1068  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
210 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.74 
 
 
213 aa  183  1e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.32 
 
 
212 aa  182  2e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4813  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
214 aa  182  2e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134817  normal  0.171584 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0829  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.21 
 
 
212 aa  181  6e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4664  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.04 
 
 
214 aa  181  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.187726 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4295  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
214 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.5 
 
 
214 aa  178  6e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.37 
 
 
212 aa  177  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.07 
 
 
214 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.07 
 
 
214 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.07 
 
 
214 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.07 
 
 
214 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2627  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.75 
 
 
201 aa  176  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752106  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.98 
 
 
214 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.98 
 
 
214 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.83 
 
 
213 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.46 
 
 
214 aa  175  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.56 
 
 
217 aa  175  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.55 
 
 
214 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.55 
 
 
214 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.55 
 
 
214 aa  175  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.98 
 
 
214 aa  174  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.5 
 
 
265 aa  174  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4754  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.92 
 
 
200 aa  174  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.1157  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.98 
 
 
214 aa  174  1e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.55 
 
 
211 aa  173  1e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.98 
 
 
214 aa  174  1e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.74 
 
 
212 aa  173  2e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3147  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.15 
 
 
213 aa  171  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0321619  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.74 
 
 
212 aa  171  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.97 
 
 
212 aa  171  8e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0048  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.69 
 
 
203 aa  170  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2100  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.64 
 
 
210 aa  168  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00869837 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.21 
 
 
212 aa  167  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2922  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.3 
 
 
211 aa  167  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.969034 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0663  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.8 
 
 
211 aa  167  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0521  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.15 
 
 
214 aa  166  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  hitchhiker  0.00802215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0654  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.88 
 
 
216 aa  164  6e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.273077  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.21 
 
 
224 aa  164  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0886  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.67 
 
 
214 aa  164  1e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0601  hypothetical protein  44.27 
 
 
215 aa  162  2e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0582  hypothetical protein  43.75 
 
 
215 aa  161  5e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.28 
 
 
211 aa  161  5e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3130  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.92 
 
 
218 aa  161  5e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  0.139192 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2606  pyridoxal 5'-phosphate synthase  40.87 
 
 
213 aa  160  8e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397088  normal  0.714763 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1259  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.3 
 
 
215 aa  160  8e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  6.19005e-09  normal  0.0127677 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.85 
 
 
214 aa  160  8e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.65 
 
 
211 aa  160  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1150  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.04 
 
 
215 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.343525  normal  0.105039 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.08 
 
 
215 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587779 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1229  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.3 
 
 
215 aa  159  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4331  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.08 
 
 
215 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1006  Pyridoxal 5'-phosphate synthase  40.53 
 
 
217 aa  159  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3944  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.11 
 
 
215 aa  158  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000793587  normal  0.125259 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2258  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.93 
 
 
212 aa  158  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.182808  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2888  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.79 
 
 
210 aa  158  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.877962  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.36 
 
 
213 aa  157  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.41 
 
 
211 aa  158  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3713  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.36 
 
 
226 aa  157  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4286  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.01 
 
 
215 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  40.76 
 
 
218 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.13615  normal  0.054118 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  41.58 
 
 
215 aa  157  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225533  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1165  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.49 
 
 
215 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.41 
 
 
213 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1129  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.49 
 
 
215 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425892 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0021  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.93 
 
 
211 aa  156  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.479852  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3853  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.59 
 
 
215 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0541085  normal  0.804089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>