81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1060 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1060  peptidase U35, phage prohead HK97  100 
 
 
190 aa  377  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0756377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1634  prohead peptidase  59.49 
 
 
183 aa  191  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.457432  normal  0.754513 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2175  putative phage prohead protease  63.82 
 
 
205 aa  179  3e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2470  prohead peptidase  64.43 
 
 
187 aa  178  3e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1132  HK97 family phage prohead protease  63.76 
 
 
187 aa  177  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1077  HK97 family phage prohead protease  64.43 
 
 
187 aa  175  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.617633 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2899  HK97 family phage prohead protease  63.76 
 
 
185 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.575479  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2026  peptidase U35, phage prohead HK97  54.94 
 
 
177 aa  163  1e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.671288  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0338  peptidase U35, phage prohead HK97  54.32 
 
 
177 aa  163  2e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.04025  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0921  HK97 family phage prohead protease  55.88 
 
 
144 aa  148  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.340053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1804  peptidase U35, phage prohead HK97  46.2 
 
 
220 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409036  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1706  phage prohead protease, HK97 family  57.58 
 
 
156 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal  0.0428753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3484  peptidase U35, phage prohead HK97  48.73 
 
 
240 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1432  HK97 family phage prohead protease  57.58 
 
 
156 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1969  peptidase U35, phage prohead HK97  51.33 
 
 
235 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150043  normal  0.71487 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2095  phage prohead protease, HK97 family  50 
 
 
248 aa  141  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.407254  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1428  phage prohead protease, HK97 family  55.97 
 
 
157 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.84162  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0905  HK97 family phage prohead protease  49.66 
 
 
219 aa  137  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.963792  normal  0.323205 
 
 
-
 
NC_004310  BR0588  protease, putative  47.92 
 
 
222 aa  134  7e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0589  prohead protease  47.92 
 
 
222 aa  134  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3154  HK97 family phage prohead protease  51.88 
 
 
159 aa  133  1e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0071533  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4964  HK97 family phage prohead protease  50.38 
 
 
184 aa  133  2e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  1.00699e-05 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1413  peptidase U35, phage prohead HK97  46.05 
 
 
215 aa  132  4e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1337  phage prohead protease HK97 family  45.57 
 
 
189 aa  130  1e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00130891  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3708  HK97 family phage prohead protease  47.24 
 
 
371 aa  128  4e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2996  prohead peptidase  51.22 
 
 
174 aa  126  2e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.102454  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1163  peptidase U35, phage prohead HK97  40.85 
 
 
215 aa  125  4e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.446656  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0648  prohead peptidase  44.9 
 
 
231 aa  122  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.857863  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3914  HK97 family phage prohead protease  55.47 
 
 
139 aa  121  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.030965 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1718  peptidase U35, phage prohead HK97  38.95 
 
 
176 aa  121  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.806315  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1669  prohead peptidase  49.66 
 
 
228 aa  120  1e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0032  HK97 family phage prohead protease  38.73 
 
 
177 aa  110  1e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.378426  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0447  phage prohead protease  37.41 
 
 
177 aa  110  1e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0713063  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1189  HK97 family phage prohead protease  47.01 
 
 
216 aa  109  2e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50589e-08 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0012  prohead peptidase  38.03 
 
 
177 aa  108  4e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1601  phage prohead protease, HK97 family  40.76 
 
 
240 aa  108  4e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2264  phage prohead protease, HK97 family  47.01 
 
 
216 aa  108  4e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0493377 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0860  phage prohead protease, HK97 family  40.56 
 
 
183 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0554  HK97 family phage prohead protease  40.36 
 
 
172 aa  102  3e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3485  HK97 family phage prohead protease  41.67 
 
 
244 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1681  hypothetical protein  38.75 
 
 
228 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3979  phage prohead protease, HK97 family  40 
 
 
165 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2000  peptidase U35, phage prohead HK97  47.66 
 
 
149 aa  92.8  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.639084  hitchhiker  0.00378226 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0276  HK97 family phage prohead protease  42.33 
 
 
168 aa  92  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3121  prohead peptidase  46.09 
 
 
150 aa  91.7  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2490  peptidase U35, phage prohead HK97  33.81 
 
 
165 aa  86.3  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.810682  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1358  HK97 family phage prohead protease  35.8 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.272379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1335  HK97 family phage prohead protease  38.78 
 
 
243 aa  85.1  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348898  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1896  prohead peptidase  33.53 
 
 
186 aa  84  1e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5466  hypothetical protein  37.59 
 
 
167 aa  82  5e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1656  phage prohead protease, HK97 family  35.84 
 
 
233 aa  81.3  8e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1338  HK97 family phage prohead protease  35.76 
 
 
248 aa  81.3  9e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.155288 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0868  HK97 family phage prohead protease  34.2 
 
 
250 aa  80.1  2e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.844474  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3944  HK97 family phage prohead protease  32.68 
 
 
213 aa  77  1e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.130087  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1566  head maturation protease, putative  33.55 
 
 
233 aa  77.4  1e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  5.25183e-05 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3395  HK97 family phage prohead protease  33.76 
 
 
236 aa  76.6  2e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.296315  hitchhiker  4.23537e-09 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2917  HK97 family phage prohead protease  40.32 
 
 
579 aa  74.3  9e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.595306  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1483  peptidase U35, phage prohead HK97  35.46 
 
 
165 aa  72.4  4e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.332545 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1626  peptidase U35, phage prohead HK97  35.46 
 
 
165 aa  72.4  4e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.468737  normal  0.616924 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0462  prohead peptidase  29.89 
 
 
248 aa  62  5e-09  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.523107 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3514  prohead peptidase  29.73 
 
 
526 aa  54.3  1e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3562  prohead peptidase  29.48 
 
 
526 aa  53.9  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3586  prohead peptidase  29.48 
 
 
526 aa  54.3  1e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.286744  normal  0.0669671 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1853  prophage LambdaSa2, protease, putative  26.28 
 
 
180 aa  54.3  1e-06  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.812797  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12667  phiRv2 prophage protease  33.58 
 
 
177 aa  53.5  2e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.81998e-17  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2238  peptidase U35, phage prohead HK97  29.45 
 
 
646 aa  52.8  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3429  HK97 family phage prohead protease  27.33 
 
 
194 aa  50.1  2e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3508  prophage LambdaBa01, prohead protease  28.08 
 
 
194 aa  48.9  5e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.677368  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3425  prohead protease  28.08 
 
 
194 aa  48.9  5e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0952  HK97 family phage prohead protease  30.77 
 
 
186 aa  48.5  5e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3785  prophage lambdaba01, prohead protease  28.08 
 
 
194 aa  48.9  5e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5838  hypothetical protein  27.33 
 
 
194 aa  48.1  7e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2272  phage prohead protease, HK97 family  28.48 
 
 
220 aa  47  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1696  phage prohead protease, HK97 family  28.48 
 
 
220 aa  47  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1844  peptidase U35, phage prohead HK97  31.68 
 
 
612 aa  44.7  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2594  HK97 family phage prohead protease  28 
 
 
190 aa  43.9  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2958  phage prohead protease, HK97 family  27.56 
 
 
203 aa  43.5  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0445  prophage LambdaBa04, prohead protease  26.67 
 
 
196 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0467  prophage lambdaba04, prohead protease  26.67 
 
 
196 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0239  peptidase U35 phage prohead HK97  26.21 
 
 
206 aa  42.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  42 
 
 
420 aa  41.6  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>