More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0996 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  66.37 
 
 		 554 aa  730    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  66.37 
 
 		 554 aa  730    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  66.37 
 
 		 554 aa  736    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  66.61 
 
 		 556 aa  734    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  73.51 
 
 		 554 aa  805    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 554 aa  1095    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  63.83 
 
 		 554 aa  722    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  51.15 
 
 		 535 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  47.24 
 
 		 534 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  47.77 
 
 		 533 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  47.58 
 
 		 532 aa  475  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  47.03 
 
 		 532 aa  475  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  47.68 
 
 		 533 aa  475  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  47.69 
 
 		 533 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  46.88 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  46.44 
 
 		 531 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  48.31 
 
 		 535 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  47.42 
 
 		 533 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.07 
 
 		 856 aa  448  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.15 
 
 		 856 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.72 
 
 		 853 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  44.09 
 
 		 532 aa  431  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  47.3 
 
 		 534 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  43.79 
 
 		 534 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.47 
 
 		 849 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  46.09 
 
 		 533 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  43.01 
 
 		 534 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.87 
 
 		 848 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.52 
 
 		 839 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.24 
 
 		 844 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  45.47 
 
 		 532 aa  405  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  45.47 
 
 		 532 aa  405  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.27 
 
 		 845 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  42.46 
 
 		 551 aa  400  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.09 
 
 		 844 aa  397  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  39.18 
 
 		 531 aa  391  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  40.91 
 
 		 525 aa  392  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.84 
 
 		 844 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  39.6 
 
 		 843 aa  378  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  40.46 
 
 		 535 aa  375  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  41.51 
 
 		 533 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  40.31 
 
 		 537 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.29 
 
 		 834 aa  362  9e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  41.33 
 
 		 532 aa  360  3e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  40.11 
 
 		 532 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  39.66 
 
 		 614 aa  356  7.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  38.68 
 
 		 530 aa  355  1e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  41.15 
 
 		 533 aa  350  3e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  40.59 
 
 		 533 aa  349  8e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.18 
 
 		 846 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  41.58 
 
 		 530 aa  346  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  39.22 
 
 		 632 aa  347  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 		 624 aa  346  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  40.12 
 
 		 530 aa  346  6e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  37.42 
 
 		 594 aa  346  8e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  37.42 
 
 		 594 aa  346  8e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  40.74 
 
 		 533 aa  344  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  42.8 
 
 		 532 aa  343  5e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  39.41 
 
 		 632 aa  343  5e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 		 501 aa  342  1e-92  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  39.22 
 
 		 632 aa  341  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  38.99 
 
 		 526 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  41.48 
 
 		 599 aa  339  8e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  40.89 
 
 		 529 aa  338  9.999999999999999e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39 
 
 		 846 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  41.55 
 
 		 531 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  40.36 
 
 		 620 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  41.44 
 
 		 533 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  37.05 
 
 		 508 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  36.04 
 
 		 505 aa  335  2e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.59 
 
 		 532 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  39.25 
 
 		 621 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  39.07 
 
 		 640 aa  332  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  38.42 
 
 		 526 aa  331  2e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 		 625 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  39.13 
 
 		 521 aa  329  1.0000000000000001e-88  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  39.59 
 
 		 521 aa  327  3e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  40.46 
 
 		 510 aa  326  7e-88  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  39.57 
 
 		 633 aa  325  9e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 		 534 aa  323  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  39.96 
 
 		 533 aa  323  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  35.14 
 
 		 615 aa  323  7e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  40.56 
 
 		 524 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  39.96 
 
 		 618 aa  320  3e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  38.29 
 
 		 526 aa  319  7e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  39.77 
 
 		 626 aa  318  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  39.16 
 
 		 616 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  40.75 
 
 		 616 aa  317  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  40.3 
 
 		 618 aa  317  4e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  38.21 
 
 		 636 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  38.77 
 
 		 616 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  38.1 
 
 		 626 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  38.96 
 
 		 616 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  38.77 
 
 		 616 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  39.14 
 
 		 621 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1193  preprotein translocase subunit SecD  41.43 
 
 		 618 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  34.97 
 
 		 615 aa  313  4.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  38.23 
 
 		 616 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  34.97 
 
 		 615 aa  313  4.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  39.66 
 
 		 616 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>