69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0955 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0955  hypothetical protein  100 
 
 
530 aa  1078    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0553  hypothetical protein  39.85 
 
 
523 aa  337  3.9999999999999995e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576668  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0870  hypothetical protein  37.71 
 
 
514 aa  326  5e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0826211  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1208  Protein of unknown function DUF2235  42.52 
 
 
396 aa  218  2e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1654  hypothetical protein  39.73 
 
 
349 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1365  Protein of unknown function DUF2235  41.18 
 
 
341 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149808  normal  0.119646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2948  hypothetical protein  38.14 
 
 
345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3711  hypothetical protein  37.54 
 
 
345 aa  196  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0982  hypothetical protein  37.24 
 
 
344 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3175  hypothetical protein  37.54 
 
 
345 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1004  hypothetical protein  37.84 
 
 
344 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3359  hypothetical protein  37.24 
 
 
344 aa  194  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3273  hypothetical protein  36.94 
 
 
345 aa  194  5e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0847  hypothetical protein  37.05 
 
 
345 aa  193  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1016  hypothetical protein  36.94 
 
 
344 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0894  hypothetical protein  36.45 
 
 
345 aa  187  6e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0887704  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1132  hypothetical protein  36.14 
 
 
347 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1746  hypothetical protein  29.5 
 
 
721 aa  177  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1357  hypothetical protein  39.46 
 
 
349 aa  176  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.518592  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07939  conserved hypothetical protein  37.85 
 
 
411 aa  166  9e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2435  hypothetical protein  37.84 
 
 
337 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3675  hypothetical protein  37.84 
 
 
337 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631226 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1986  hypothetical protein  31.24 
 
 
427 aa  159  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4814  hypothetical protein  37.16 
 
 
416 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.856348  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1595  hypothetical protein  35.42 
 
 
371 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0220779 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4488  hypothetical protein  34.74 
 
 
424 aa  153  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466121  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5666  hypothetical protein  31.84 
 
 
406 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7549  hypothetical protein  34.32 
 
 
420 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.826361  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3072  hypothetical protein  34.62 
 
 
595 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2233  hypothetical protein  35.56 
 
 
566 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0531954  hitchhiker  0.00189611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3233  hypothetical protein  37.67 
 
 
407 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37820  hypothetical protein  37.79 
 
 
407 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268347  normal  0.0937384 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1831  hypothetical protein  30.27 
 
 
432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3090  hypothetical protein  36.49 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3459  hypothetical protein  32.64 
 
 
364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0071  hypothetical protein  33.12 
 
 
777 aa  126  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303295  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1704  hypothetical protein  34.02 
 
 
361 aa  123  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.271153  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5354  hypothetical protein  29.18 
 
 
831 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00826917 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0702  hypothetical protein  34.05 
 
 
367 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1992  hypothetical protein  34.05 
 
 
393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2084  hypothetical protein  38.46 
 
 
357 aa  120  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01725  conserved hypothetical protein  30.28 
 
 
456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2320  hypothetical protein  31.65 
 
 
383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3124  hypothetical protein  30.15 
 
 
428 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.850184  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0079  hypothetical protein  33.55 
 
 
746 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0941  hypothetical protein  30.77 
 
 
334 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05027  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 
632 aa  83.6  0.000000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1542  hypothetical protein  31.17 
 
 
474 aa  83.2  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.93985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4091  hypothetical protein  30.33 
 
 
498 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0930  hypothetical protein  28.48 
 
 
336 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8382  hypothetical protein  27.43 
 
 
520 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1078  hypothetical protein  28.7 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4409  hypothetical protein  29.49 
 
 
503 aa  70.9  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5124  hypothetical protein  29.9 
 
 
342 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0807  hypothetical protein  27.24 
 
 
686 aa  60.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358115  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1227  hypothetical protein  32.89 
 
 
335 aa  59.7  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.104509  normal  0.624953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2033  hypothetical protein  28.31 
 
 
453 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.234826  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4353  peptidoglycan-binding LysM  25.24 
 
 
963 aa  53.9  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000300174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3709  hypothetical protein  26.89 
 
 
436 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1797  hypothetical protein  25.16 
 
 
969 aa  51.6  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1565  hypothetical protein  26.47 
 
 
436 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0711  hypothetical protein  26.7 
 
 
698 aa  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_19384  predicted protein  23.22 
 
 
393 aa  48.9  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.250044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0527  peptidoglycan-binding LysM  27.22 
 
 
960 aa  47.8  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.711409  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3887  Rhs element Vgr protein  27.05 
 
 
615 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360561  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2165  hypothetical protein  27.74 
 
 
462 aa  45.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3260  hypothetical protein  25.28 
 
 
494 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.18986  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04765  hypothetical protein  31.06 
 
 
802 aa  43.9  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
310 aa  43.5  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.293196 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>