184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0734 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0734  OmpW  100 
 
 
200 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1299  OmpW family protein  57.64 
 
 
202 aa  228  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0529248  normal  0.202577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2507  outer membrane protein  59.43 
 
 
203 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1169  OmpW family protein  59.43 
 
 
201 aa  216  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.122792  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2012  OmpW family protein  53 
 
 
200 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3636  OmpW family protein  53.55 
 
 
211 aa  194  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.779637  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3220  OmpW family protein  50.54 
 
 
209 aa  189  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185502  normal  0.270879 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1823  OmpW family protein  48.15 
 
 
209 aa  169  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219711  hitchhiker  0.000000160297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0915  OmpW family protein  43.66 
 
 
217 aa  151  5.9999999999999996e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1326  OmpW family outer membrane protein  46.49 
 
 
209 aa  150  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0285584  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1052  OmpW  46.52 
 
 
211 aa  148  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1086  OmpW family protein  45.36 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.832301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0030  OmpW  37 
 
 
227 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  38.86 
 
 
214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000387398  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00029  outer membrane protein OmpW  37.95 
 
 
224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.25785  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0238  OmpW  42.03 
 
 
209 aa  128  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2787  outer membrane protein W  39.34 
 
 
215 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0424619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1469  outer membrane protein W  39.62 
 
 
215 aa  124  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000900043  hitchhiker  0.0000643724 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1521  outer membrane protein W  38.21 
 
 
214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00262855  normal  0.530215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1485  outer membrane protein W  38.21 
 
 
214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0850248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1392  outer membrane protein W  37.74 
 
 
215 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00591184  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0595  OmpW family protein  39.04 
 
 
206 aa  123  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.761797  hitchhiker  0.00324214 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2322  outer membrane protein W  38.67 
 
 
211 aa  123  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1940  outer membrane protein W  38.67 
 
 
211 aa  123  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.218273  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06904  outer membrane protein W  37.21 
 
 
213 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2049  outer membrane protein W  38.67 
 
 
211 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2674  outer membrane protein W  38.54 
 
 
223 aa  122  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000169515 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1673  outer membrane protein W  39.15 
 
 
214 aa  121  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3873  OmpW family protein  39.2 
 
 
227 aa  121  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.627912 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000903  outer membrane protein W precursor  36.11 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2180  outer membrane protein W  36.27 
 
 
210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.41802  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5029  OmpW  36.49 
 
 
232 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06610  OmpW family outer membrane porin  37.5 
 
 
226 aa  119  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06590  OmpW family outer membrane porin  38.19 
 
 
224 aa  117  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2589  outer membrane protein W  38.05 
 
 
214 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000746821  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0029  OmpW family outer membrane protein  33.33 
 
 
237 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0976  OmpW family protein  34.5 
 
 
210 aa  117  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.591363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4473  OmpW  35.27 
 
 
228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1265  outer membrane protein precursor  41.11 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000128049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  35.78 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2775  outer membrane protein W  38.14 
 
 
218 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00794049  decreased coverage  0.0000209029 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1939  outer membrane protein W  35.64 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2534  outer membrane protein W  37.07 
 
 
218 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1035  outer membrane protein OprG precursor  34.38 
 
 
232 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2601  outer membrane protein W  37.74 
 
 
215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000011484  decreased coverage  0.0000000556975 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2668  outer membrane protein W  37.74 
 
 
215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000483878  normal  0.0120446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11270  outer membrane protein OprG precursor  34.38 
 
 
232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2289  OmpW family protein  36.5 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.473084  normal  0.0354952 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2283  outer membrane protein W  38.25 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1585  OmpW family protein  36.5 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3824  OmpW family protein  36.97 
 
 
237 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  38.39 
 
 
213 aa  115  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  35.15 
 
 
210 aa  114  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0370  outer membrane protein W  35.62 
 
 
217 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1334  outer membrane protein W  35.85 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000150593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1371  outer membrane protein W  38.76 
 
 
213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2861  outer membrane protein W  36.15 
 
 
214 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00340553  unclonable  0.0000000000012731 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1490  outer membrane protein W  35.85 
 
 
215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000649255  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0679  outer membrane protein OmpW  35.64 
 
 
228 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0700  OmpW family protein  35.2 
 
 
202 aa  109  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.496076  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0539  OmpW family protein  37.36 
 
 
227 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1236  OmpW family protein  34.13 
 
 
203 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01230  outer membrane protein W  35.81 
 
 
212 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2392  OmpW family protein  35.81 
 
 
212 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.160177  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01240  hypothetical protein  35.81 
 
 
212 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2371  outer membrane protein W  35.81 
 
 
212 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535822  hitchhiker  0.00000160145 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1365  outer membrane protein W  35.81 
 
 
212 aa  105  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200008  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1876  outer membrane protein W  35.81 
 
 
212 aa  104  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000262717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0549  OmpW family protein  39.22 
 
 
227 aa  104  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.742148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0504  OmpW family protein  36.78 
 
 
227 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00488825  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1743  outer membrane protein W  35.35 
 
 
212 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000820415  hitchhiker  0.000840764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1425  outer membrane protein W  35.35 
 
 
212 aa  103  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0528971  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1414  outer membrane protein W  35.21 
 
 
212 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.157023  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4836  OmpW family protein  34.3 
 
 
204 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0557  OmpW family protein  33.66 
 
 
227 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  0.443014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1859  outer membrane protein W  35.21 
 
 
212 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1414  outer membrane protein W  35.35 
 
 
212 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0785515  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1596  outer membrane protein W  35.21 
 
 
212 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.597068 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2898  OmpW family protein  34.1 
 
 
224 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1244  OmpW  34 
 
 
195 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000847221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2127  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.767621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1922  outer membrane protein W  35.21 
 
 
212 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0854242  hitchhiker  0.00107444 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3290  putative outer membrane signal peptide protein  36.21 
 
 
196 aa  102  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106393  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1864  outer membrane protein W  35.21 
 
 
212 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.904155 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1304  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.115603  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2273  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  102  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1791  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.363185  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0104  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2182  OmpW family outer membrane protein  32.38 
 
 
214 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3245  OmpW family protein  34.6 
 
 
224 aa  101  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2313  outer membrane protein W precursor  34.22 
 
 
194 aa  101  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1061  OmpW family outer membrane protein  34.22 
 
 
194 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0280  OmpW  33.99 
 
 
227 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0627  OmpW  29.67 
 
 
219 aa  97.4  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035393  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0567  OmpW family protein  31.75 
 
 
208 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1507  OmpW family protein  33.68 
 
 
216 aa  96.7  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1282  OmpW family protein  38.41 
 
 
215 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.851458 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5052  OmpW family protein  33.69 
 
 
213 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.394999  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0564  OmpW family protein  31.1 
 
 
208 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1946  OmpW family outer membrane porin  31.1 
 
 
218 aa  95.9  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000112582  normal  0.916389 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>