More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0715 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  57.67 
 
 		 568 aa  667    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  65.01 
 
 		 573 aa  750    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 565 aa  1164    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  64.25 
 
 		 566 aa  723    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  55.52 
 
 		 585 aa  626  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  42.91 
 
 		 581 aa  477  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 618 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 		 621 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  43.04 
 
 		 615 aa  458  1e-127  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  42.64 
 
 		 588 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  39.86 
 
 		 580 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  39.86 
 
 		 580 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 		 603 aa  438  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  39.28 
 
 		 571 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  38.63 
 
 		 596 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  38.02 
 
 		 596 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  38.79 
 
 		 597 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 596 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.64 
 
 		 556 aa  154  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.3 
 
 		 532 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.16 
 
 		 520 aa  130  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 528 aa  124  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.41 
 
 		 532 aa  123  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 617 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 		 628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.92 
 
 		 560 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 629 aa  120  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 		 536 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 536 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.91 
 
 		 524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.83 
 
 		 531 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  25.22 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  27.1 
 
 		 605 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.61 
 
 		 534 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 627 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  28.54 
 
 		 515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 		 519 aa  115  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 526 aa  115  3e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.06 
 
 		 524 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 597 aa  114  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 494 aa  114  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 		 631 aa  114  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.42 
 
 		 534 aa  113  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 557 aa  113  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 		 509 aa  111  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 586 aa  111  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.19 
 
 		 556 aa  110  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  24.21 
 
 		 587 aa  110  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  25.49 
 
 		 596 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  25.54 
 
 		 553 aa  108  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  26.28 
 
 		 562 aa  108  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 		 565 aa  108  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.58 
 
 		 516 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 541 aa  107  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 533 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 639 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 		 604 aa  105  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.3 
 
 		 539 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 544 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 508 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0422  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 525 aa  104  4e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.55 
 
 		 575 aa  104  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 544 aa  103  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  25.1 
 
 		 560 aa  103  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.2 
 
 		 540 aa  103  8e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  25 
 
 		 575 aa  103  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  26 
 
 		 560 aa  103  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.02 
 
 		 542 aa  103  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  24.7 
 
 		 540 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  26.68 
 
 		 558 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  28.09 
 
 		 544 aa  102  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  28.09 
 
 		 547 aa  102  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  25.75 
 
 		 518 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 516 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25 
 
 		 555 aa  100  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.22 
 
 		 589 aa  101  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25 
 
 		 575 aa  100  9e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 537 aa  99.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 559 aa  100  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 		 533 aa  100  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.82 
 
 		 559 aa  99.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 593 aa  99  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 551 aa  99.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 545 aa  99  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0331  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 		 542 aa  98.6  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557928  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.15 
 
 		 626 aa  98.2  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.71 
 
 		 563 aa  98.6  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2203  extracellular solute-binding protein family 5  24.4 
 
 		 531 aa  97.8  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 526 aa  97.8  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 		 534 aa  97.4  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.29 
 
 		 550 aa  97.1  7e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  25.38 
 
 		 548 aa  96.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.59 
 
 		 545 aa  96.7  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  25.27 
 
 		 545 aa  96.7  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.46 
 
 		 531 aa  95.9  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  24.6 
 
 		 537 aa  95.9  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 531 aa  95.9  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 645 aa  95.1  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  23.57 
 
 		 575 aa  95.1  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 535 aa  95.5  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>