More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0692 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2118  DNA repair protein RecN  70.9 
 
 		 546 aa  690    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513575  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2747  DNA repair protein RecN  66.73 
 
 		 549 aa  665    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0692  DNA repair protein RecN  100 
 
 		 549 aa  1077    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0261152  decreased coverage  0.000301908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0793  DNA repair protein RecN  70.74 
 
 		 546 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.628008 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0703  DNA repair protein RecN  69.96 
 
 		 546 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4484  DNA repair protein RecN  68.61 
 
 		 547 aa  634    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2413  DNA repair protein  66.42 
 
 		 553 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00688711  normal  0.675409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2431  DNA repair protein RecN  50.09 
 
 		 557 aa  439  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3497  DNA repair protein RecN  45.49 
 
 		 553 aa  426  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.185224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0331  DNA repair protein RecN  46.17 
 
 		 565 aa  424  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2347  DNA repair protein RecN  48.71 
 
 		 557 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.724371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6694  DNA repair protein RecN  48.45 
 
 		 557 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.478556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2067  DNA repair protein RecN  48.93 
 
 		 565 aa  421  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.614381 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2071  DNA repair protein RecN  45.2 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240609  hitchhiker  0.00158855 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2879  DNA repair protein RecN  46.9 
 
 		 557 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4729  DNA repair protein RecN  50.81 
 
 		 553 aa  411  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.574204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1998  DNA repair protein RecN  45.7 
 
 		 558 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2842  DNA repair protein RecN  45.14 
 
 		 557 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.049374  hitchhiker  0.0050611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1736  DNA repair protein RecN  47.22 
 
 		 554 aa  402  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0149698  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3295  DNA repair protein RecN  45.6 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2583  DNA repair protein RecN  45.04 
 
 		 557 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0083659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1377  DNA repair protein RecN  46.58 
 
 		 559 aa  398  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1421  DNA repair protein RecN  46.58 
 
 		 559 aa  398  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.564129  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1289  DNA repair protein RecN  43.99 
 
 		 561 aa  395  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1753  DNA repair protein RecN  45.93 
 
 		 554 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1061  DNA repair protein RecN  44.88 
 
 		 561 aa  395  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0938  DNA repair protein RecN  42.91 
 
 		 555 aa  389  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000961269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6163  DNA repair protein RecN (recombination protein N)  45.75 
 
 		 557 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2007  DNA repair protein RecN  44.88 
 
 		 561 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.518502 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4037  DNA repair protein RecN  45.7 
 
 		 562 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7433  DNA repair protein RecN  47.88 
 
 		 557 aa  388  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.146948  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2954  DNA repair protein RecN  46.75 
 
 		 566 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0940  DNA repair protein RecN  47.6 
 
 		 577 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.693692  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3383  DNA repair protein RecN  45.06 
 
 		 561 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.342411  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3180  DNA repair protein RecN  46.75 
 
 		 566 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3137  DNA repair protein RecN  46.84 
 
 		 565 aa  382  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.103261 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3161  DNA repair protein RecN  44.93 
 
 		 570 aa  371  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.957491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0700  DNA repair protein RecN  44.34 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.415077 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0546  DNA repair protein RecN  47.12 
 
 		 556 aa  355  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.419857 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3364  DNA repair protein RecN  36.96 
 
 		 559 aa  340  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3099  DNA repair protein RecN  44.29 
 
 		 564 aa  340  5e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.545519  normal  0.794323 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0756  DNA repair protein RecN  45.96 
 
 		 559 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1169  recombination and repair protein  35.87 
 
 		 553 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1475  DNA repair protein RecN  37.91 
 
 		 554 aa  328  2.0000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.460183  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42990  DNA repair protein RecN  38.85 
 
 		 557 aa  321  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1281  recombination and repair protein  33.94 
 
 		 553 aa  319  6e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  37.79 
 
 		 558 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1104  recombination and repair protein  35.38 
 
 		 552 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.562592 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1763  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 560 aa  317  4e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137867  normal  0.0495571 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1026  recombination and repair protein  36.23 
 
 		 554 aa  317  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1170  recombination and repair protein  35.2 
 
 		 552 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1104  recombination and repair protein  35.02 
 
 		 552 aa  316  8e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239344  normal  0.154382 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0775  DNA repair protein RecN  39.03 
 
 		 552 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1196  recombination and repair protein  35.33 
 
 		 553 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0378  recombination and repair protein  36.61 
 
 		 554 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.116911  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63010  DNA repair protein RecN  37.79 
 
 		 558 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  35.26 
 
 		 554 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3096  DNA repair protein RecN  36.89 
 
 		 557 aa  313  4.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3462  recombination and repair protein  34.48 
 
 		 552 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0832  DNA repair protein RecN  37.88 
 
 		 554 aa  312  7.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.013795  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1446  DNA repair protein RecN  34.23 
 
 		 556 aa  312  1e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000211173  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3359  recombination and repair protein  34.96 
 
 		 553 aa  312  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0341558 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1191  DNA repair protein RecN  37.43 
 
 		 559 aa  311  2e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2735  alkylhydroperoxidase AhpD core  36.64 
 
 		 557 aa  311  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0271976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0903  DNA repair protein RecN  37.7 
 
 		 554 aa  311  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1385  DNA repair protein  33.94 
 
 		 608 aa  311  2e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276871  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1458  DNA repair protein RecN  36.67 
 
 		 557 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0380589  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01182  DNA repair protein RecN  38.3 
 
 		 554 aa  309  6.999999999999999e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.239665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2771  recombination and repair protein  34.06 
 
 		 552 aa  309  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004296  DNA repair protein RecN  34.42 
 
 		 554 aa  309  9e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.782069  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  33.75 
 
 		 565 aa  309  9e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1774  DNA repair protein RecN  37.39 
 
 		 556 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4507  DNA repair protein RecN  36.22 
 
 		 557 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0661  DNA repair protein RecN  38.48 
 
 		 549 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3626  DNA repair protein RecN  37.84 
 
 		 558 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1515  recombination protein N  36.49 
 
 		 557 aa  307  3e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0637  DNA repair protein RecN  38.29 
 
 		 549 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4197  DNA repair protein RecN  35.86 
 
 		 557 aa  306  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0761  DNA repair protein RecN  36.53 
 
 		 557 aa  306  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345087  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3153  recombination and repair protein  34.06 
 
 		 552 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000145597  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1480  DNA repair protein RecN  38.57 
 
 		 556 aa  305  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3296  recombination and repair protein  34.06 
 
 		 552 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182341  decreased coverage  0.000158665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3151  recombination and repair protein  34.06 
 
 		 552 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0961248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1218  recombination and repair protein  34.06 
 
 		 552 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187963  normal  0.0934404 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0713  DNA repair protein RecN  39.31 
 
 		 549 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.685992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0259  DNA repair protein RecN  39.31 
 
 		 549 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255628  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0743  DNA repair protein RecN  39.31 
 
 		 549 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259434  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3831  DNA repair protein RecN  37.97 
 
 		 549 aa  302  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2641  DNA repair protein RecN  38.29 
 
 		 549 aa  302  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5421  DNA repair protein RecN  37.92 
 
 		 591 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1068  recombination and repair protein  36.06 
 
 		 553 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0569436  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2333  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2774  recombination and repair protein  36.06 
 
 		 553 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2900  recombination and repair protein  36.06 
 
 		 553 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3856  recombination and repair protein  36.06 
 
 		 553 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00344363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1107  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0249547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3286  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0539815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2214  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.725261  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3319  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0492  DNA repair protein RecN  38.92 
 
 		 549 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>