204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0691 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  100 
 
 		 283 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  67.62 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  67.62 
 
 		 278 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  66.9 
 
 		 278 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  65.85 
 
 		 280 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  68.1 
 
 		 279 aa  378  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  66.8 
 
 		 302 aa  358  5e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  46.82 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  49.78 
 
 		 291 aa  242  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  46.86 
 
 		 325 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  44.65 
 
 		 287 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  44.65 
 
 		 287 aa  238  5.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  45.45 
 
 		 301 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  43.68 
 
 		 289 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  46.9 
 
 		 298 aa  237  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  44.28 
 
 		 287 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  44.61 
 
 		 301 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  46.41 
 
 		 297 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  45.77 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  46.28 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  46.28 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.9 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  45.87 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  46.19 
 
 		 284 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  41.9 
 
 		 288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  41.73 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  44.27 
 
 		 261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  45.57 
 
 		 288 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  43.46 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  50.97 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.58 
 
 		 276 aa  219  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  50.47 
 
 		 268 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  44.86 
 
 		 264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.48 
 
 		 281 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.48 
 
 		 281 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  40.14 
 
 		 391 aa  212  4.9999999999999996e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  38.43 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  44.58 
 
 		 288 aa  206  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  41.15 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  41.53 
 
 		 315 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  38.98 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.76 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  33.85 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  33.33 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  28.26 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  28.1 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  27.24 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  27.24 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  28.9 
 
 		 272 aa  105  9e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  25.98 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  28.9 
 
 		 255 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  27.74 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  27.74 
 
 		 339 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.2 
 
 		 330 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  27.74 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  27.8 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  26.94 
 
 		 254 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  27.76 
 
 		 340 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.03 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  26.45 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  28.03 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  28.12 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  23.85 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  31.1 
 
 		 235 aa  98.2  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  30.41 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  25.54 
 
 		 266 aa  96.7  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  31.25 
 
 		 341 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  31.25 
 
 		 341 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  30.93 
 
 		 277 aa  95.5  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  29.46 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  31.91 
 
 		 254 aa  94.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.22 
 
 		 273 aa  94.7  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  27.2 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  26.44 
 
 		 278 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  27.39 
 
 		 257 aa  92.8  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.01 
 
 		 269 aa  92.8  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  26.25 
 
 		 271 aa  92.4  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1371  competence lipoprotein ComL  30.69 
 
 		 256 aa  92.4  8e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  30.4 
 
 		 253 aa  91.3  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  28.85 
 
 		 268 aa  90.5  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  28.81 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.42 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  25.76 
 
 		 268 aa  89  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  26.95 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.4 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  25.41 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  24.8 
 
 		 265 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  25.4 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  26.4 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  25.56 
 
 		 280 aa  85.9  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  27.27 
 
 		 254 aa  85.5  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.98 
 
 		 248 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  25 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  24.9 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  25.21 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  25.61 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1258  lipoprotein  23.51 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  23.79 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  24.07 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0366  DNA uptake lipoprotein  25.82 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.507354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>