More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0686 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 306 aa  628  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  71.66 
 
 		 307 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  71.66 
 
 		 307 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  69.62 
 
 		 316 aa  461  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  70.3 
 
 		 308 aa  460  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  71.99 
 
 		 307 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  72.28 
 
 		 311 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  58.28 
 
 		 308 aa  347  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  58.09 
 
 		 304 aa  347  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  57.76 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  56.77 
 
 		 307 aa  330  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  54.13 
 
 		 308 aa  328  7e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  56.44 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  53.14 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  55.12 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  53.14 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  53.8 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  54.79 
 
 		 307 aa  319  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  56.07 
 
 		 322 aa  317  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  52.67 
 
 		 300 aa  315  8e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  53.14 
 
 		 307 aa  315  8e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  51.99 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  53.97 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  52.48 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  54.14 
 
 		 315 aa  298  9e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  51.83 
 
 		 301 aa  292  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  50.99 
 
 		 308 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  47.87 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  52.98 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  51.99 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  51.82 
 
 		 308 aa  275  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  48.86 
 
 		 306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  51.49 
 
 		 308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  47.49 
 
 		 308 aa  271  8.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  47.49 
 
 		 312 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  42 
 
 		 315 aa  253  4.0000000000000004e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  44.59 
 
 		 317 aa  232  7.000000000000001e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  44.15 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  45.93 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  43.33 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  43.65 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  43.32 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  42.67 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  42.05 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  44.63 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  43.71 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  43.97 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  41.08 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  42.19 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  41.86 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  42.81 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  42.38 
 
 		 627 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  41.23 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  41.72 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  39.33 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  39.2 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  39.2 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  38.46 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  42.48 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  39.49 
 
 		 319 aa  196  6e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  41.81 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  40.76 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  41.37 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  34.97 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  41.18 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  40.85 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  32.33 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  40.94 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  41.39 
 
 		 330 aa  187  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  40.07 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  41.83 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  40.91 
 
 		 331 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  41.06 
 
 		 318 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  37.73 
 
 		 342 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  38.89 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  38.21 
 
 		 317 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  40.85 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  39.22 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  40.73 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.89 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.89 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  40.46 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  40.46 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  40.4 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  38.98 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  40.52 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>