More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0580 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0580  hypothetical protein  100 
 
 		 407 aa  844    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.376144  hitchhiker  0.000000596414 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3590  glutathionylspermidine synthase  35.79 
 
 		 423 aa  219  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal  0.320323 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  51.26 
 
 		 451 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  35.98 
 
 		 456 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0725  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.95 
 
 		 495 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  34.83 
 
 		 189 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  39.86 
 
 		 174 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  39.86 
 
 		 174 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.77 
 
 		 519 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  41.18 
 
 		 168 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.09 
 
 		 174 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  45.76 
 
 		 127 aa  107  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  36.24 
 
 		 166 aa  107  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  37.78 
 
 		 166 aa  106  7e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.46 
 
 		 550 aa  106  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  40.65 
 
 		 165 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  34.16 
 
 		 178 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  40.65 
 
 		 165 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  36.02 
 
 		 194 aa  104  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 		 162 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  34.59 
 
 		 173 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  39.55 
 
 		 177 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 		 178 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 174 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.17 
 
 		 521 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.84 
 
 		 748 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  39.17 
 
 		 521 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  37.16 
 
 		 170 aa  100  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.58 
 
 		 556 aa  101  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  40.48 
 
 		 164 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  37.59 
 
 		 168 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  37.59 
 
 		 549 aa  100  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.17 
 
 		 521 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 174 aa  100  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.71 
 
 		 519 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.33 
 
 		 521 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  39.52 
 
 		 166 aa  100  6e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  33.76 
 
 		 185 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  40 
 
 		 521 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.36 
 
 		 182 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.8 
 
 		 566 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.55 
 
 		 521 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  37.32 
 
 		 170 aa  98.2  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  36.62 
 
 		 521 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  37.8 
 
 		 565 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  33.76 
 
 		 172 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  34.65 
 
 		 520 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40 
 
 		 519 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.982796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.23 
 
 		 1170 aa  97.4  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  37.9 
 
 		 521 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 		 521 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2685  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 580 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0264  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 580 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  33.82 
 
 		 521 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 		 515 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2473  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 580 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2390  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 580 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.790589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0760  aerotaxis sensor receptor  40.17 
 
 		 583 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  37.5 
 
 		 521 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  35.66 
 
 		 189 aa  95.1  2e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.37 
 
 		 529 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.5 
 
 		 521 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  40.5 
 
 		 520 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0927  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 623 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.37 
 
 		 529 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0618  methyl-accepting chemotaxis protein  40.17 
 
 		 583 aa  95.5  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.17 
 
 		 543 aa  95.5  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0749  aerotaxis sensor receptor  40.17 
 
 		 669 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2118  methyl-accepting chemotaxis protein  41.18 
 
 		 514 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.333375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0801  methyl-accepting chemotaxis protein  41.18 
 
 		 514 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1814  aerotaxis receptor  41.18 
 
 		 514 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0485  aerotaxis sensor receptor  41.18 
 
 		 514 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.537813  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.98 
 
 		 575 aa  94  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0387  aerotaxis sensor receptor  41.18 
 
 		 514 aa  94  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0904499  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.52 
 
 		 522 aa  94  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  33.09 
 
 		 521 aa  94  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2125  methyl-accepting chemotaxis protein  39.47 
 
 		 514 aa  94  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.01 
 
 		 579 aa  93.6  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1363  PAS  37.3 
 
 		 544 aa  93.6  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0553  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.54 
 
 		 888 aa  93.6  6e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  37.7 
 
 		 518 aa  93.2  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.33 
 
 		 522 aa  92.8  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.02 
 
 		 532 aa  92.8  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000496  methyl-accepting chemotaxis protein  40.32 
 
 		 520 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0232366  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  35.46 
 
 		 164 aa  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1487  methyl-accepting chemotaxis protein  41.82 
 
 		 494 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.625343  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  39.37 
 
 		 166 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.66 
 
 		 522 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.66 
 
 		 522 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  38.52 
 
 		 566 aa  91.3  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  37.9 
 
 		 171 aa  91.3  3e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.07 
 
 		 533 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.47 
 
 		 522 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.160306 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3097  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.47 
 
 		 522 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5244  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.61 
 
 		 514 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1291  PAS sensor protein  31.72 
 
 		 184 aa  90.5  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  35.48 
 
 		 163 aa  90.5  5e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  35.34 
 
 		 164 aa  90.5  5e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.87 
 
 		 520 aa  90.5  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  37.5 
 
 		 598 aa  90.1  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>