236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0577 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  100 
 
 
250 aa  481  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  1.47618e-06  unclonable  2.41437e-08 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  48.97 
 
 
273 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  41.87 
 
 
260 aa  139  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  38.61 
 
 
260 aa  139  5e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1055  cobalamin 5'-phosphate synthase  53.37 
 
 
249 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0858  cobalamin synthase  41.46 
 
 
260 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1090  cobalamin 5'-phosphate synthase  52.59 
 
 
249 aa  133  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.181671  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0787  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  50.2 
 
 
258 aa  129  4e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00056745  normal  0.0562894 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  41.27 
 
 
262 aa  128  8e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2427  cobalamin-5'-phosphate synthase  49.14 
 
 
249 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.01359  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.37 
 
 
262 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  39.69 
 
 
260 aa  121  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.22 
 
 
302 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  35.51 
 
 
259 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.44 
 
 
275 aa  118  9e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  36.95 
 
 
295 aa  115  7e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.29 
 
 
275 aa  115  8e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.29 
 
 
275 aa  114  1e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1172  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.6 
 
 
250 aa  114  1e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.292457  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  32.28 
 
 
250 aa  114  1e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.26 
 
 
267 aa  114  2e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0846  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.48 
 
 
275 aa  112  8e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.862603 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  36.55 
 
 
259 aa  110  2e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  36.13 
 
 
250 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  36.13 
 
 
250 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2319  cobalamin synthase  37.74 
 
 
260 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.65 
 
 
257 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  35.21 
 
 
224 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.71 
 
 
255 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  33.86 
 
 
258 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  35.35 
 
 
224 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0668  cobalamin-5'-phosphate synthase  41.95 
 
 
261 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.364702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  34.94 
 
 
261 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.5 
 
 
258 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  33.21 
 
 
259 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  33.85 
 
 
259 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  35.42 
 
 
249 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1566  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.17 
 
 
255 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212563  normal  0.0205938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3774  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.25 
 
 
290 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.1 
 
 
269 aa  99.8  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1973  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.92 
 
 
277 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.541001  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  34.87 
 
 
257 aa  98.6  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.31 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.68 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  32.69 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  34.31 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  34.31 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  34.31 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.9 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  34.75 
 
 
262 aa  97.8  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  36.44 
 
 
258 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.28 
 
 
276 aa  96.7  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  33.89 
 
 
252 aa  96.3  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.19 
 
 
260 aa  95.9  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  33.89 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.50471e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  33.89 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  8.6759e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  32.67 
 
 
258 aa  95.5  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  33.89 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.84194e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  33.89 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.48 
 
 
257 aa  95.5  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  34.45 
 
 
252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.29 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.9 
 
 
258 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1856  cobalamin synthase  35.06 
 
 
250 aa  94  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656817  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1490  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.61 
 
 
248 aa  94  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00341878  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.77 
 
 
258 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  33.74 
 
 
258 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1131  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.33 
 
 
253 aa  93.2  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.996937  normal  0.381 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  31.54 
 
 
250 aa  92.8  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0703  cobalamin (5'-phosphate) synthase, putative  35.18 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67859e-05 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  34.55 
 
 
256 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  36.93 
 
 
259 aa  92  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  35.52 
 
 
262 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  35.52 
 
 
262 aa  92  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  35.52 
 
 
262 aa  92  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  31.4 
 
 
248 aa  92  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  34.54 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47650  cobalamin synthase  39.08 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564113  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  34.71 
 
 
256 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.6 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4260  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.68 
 
 
265 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907003  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4381  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.52 
 
 
290 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156898  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.13 
 
 
261 aa  89  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.08 
 
 
270 aa  88.6  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.21 
 
 
277 aa  88.6  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  33.47 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  34.55 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  33.47 
 
 
258 aa  87  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1081  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.49 
 
 
249 aa  86.7  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.64 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  28.87 
 
 
253 aa  85.9  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  32.22 
 
 
247 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  32.22 
 
 
247 aa  84.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  31.8 
 
 
247 aa  84.7  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>