149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0576 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0576  CarD family transcriptional regulator  100 
 
 
169 aa  345  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  5.04519e-11  unclonable  2.18406e-08 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1089  CarD family transcriptional regulator  84.02 
 
 
169 aa  298  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0349811  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1557  CarD family transcriptional regulator  84.02 
 
 
169 aa  298  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0486007  normal  0.568097 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2425  CarD family transcriptional regulator  84.02 
 
 
169 aa  298  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  2.59686e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0786  transcriptional regulator  81.18 
 
 
170 aa  288  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000100342  normal  0.0526342 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1825  CarD family transcriptional regulator  78.7 
 
 
169 aa  283  6e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  unclonable  4.95809e-12  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3308  CarD family transcriptional regulator  77.06 
 
 
172 aa  271  2e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  1.78714e-08  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0548  CarD family transcriptional regulator  68.63 
 
 
365 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.300109  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7543  CarD family transcriptional regulator  66.67 
 
 
278 aa  226  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330727  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0489  transcriptional regulator, CarD family  67.31 
 
 
278 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0507  CarD family transcriptional regulator  66.67 
 
 
259 aa  226  1e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0122387  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0551  CarD family transcriptional regulator  67.31 
 
 
429 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0207185  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1694  CarD family transcriptional regulator  68.59 
 
 
350 aa  226  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.132221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3138  CarD family transcriptional regulator  72.86 
 
 
368 aa  224  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0412  transcription factor CarD  66.01 
 
 
283 aa  224  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.595911  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0278  transcription factor CarD  67.32 
 
 
432 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1371  transcriptional regulator, CarD family  64.6 
 
 
456 aa  224  5e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3112  CarD family transcriptional regulator  66.88 
 
 
189 aa  218  4e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  5.22164e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0187  CarD family transcriptional regulator  62.89 
 
 
206 aa  218  4e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3379  CarD family transcriptional regulator  65.38 
 
 
190 aa  216  9e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  8.18177e-08  n/a   
 
 
 
NC_010511  M446_4805  CarD family transcriptional regulator  60.95 
 
 
197 aa  215  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268969  hitchhiker  0.000256244 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2296  CarD family transcriptional regulator  62.72 
 
 
169 aa  214  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.29013e-05  normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4337  transcriptional regulator, CarD family  59.41 
 
 
198 aa  214  7e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.529688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3814  transcriptional regulator, CarD family  66.24 
 
 
190 aa  213  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4143  transcriptional regulator, CarD family  66.24 
 
 
190 aa  213  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0239678  normal  0.0810654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1718  transcriptional regulator, CarD family  64.94 
 
 
197 aa  213  9e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1134  CarD family transcriptional regulator  64.97 
 
 
193 aa  213  1e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000250032  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1766  transcriptional regulator, putative  66.01 
 
 
191 aa  213  1e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000100794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1702  putative transcriptional regulator  66.01 
 
 
191 aa  213  1e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  1.76532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3880  transcription factor CarD  60 
 
 
196 aa  213  1e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260556  normal  0.0799721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4190  transcriptional regulator, CarD family  59.41 
 
 
196 aa  212  2e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4112  CarD family transcriptional regulator  62.72 
 
 
170 aa  211  6e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00258914  normal  0.616295 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4352  transcriptional regulator CarD family  66.67 
 
 
223 aa  209  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3537  CarD family transcriptional regulator  59.64 
 
 
172 aa  209  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.92305  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3708  CarD family transcriptional regulator  60.9 
 
 
201 aa  208  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0124  CarD family transcriptional regulator  59.39 
 
 
174 aa  205  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0247  CarD family transcriptional regulator  58.64 
 
 
175 aa  199  1e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.246568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0079  CarD family transcriptional regulator  57.67 
 
 
165 aa  199  2e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0123  CarD family transcriptional regulator  59.24 
 
 
192 aa  198  3e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3091  CarD family transcriptional regulator  55.77 
 
 
266 aa  181  5e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0077  transcriptional regulator, CarD family  49.37 
 
 
196 aa  152  3e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.449378  hitchhiker  0.00491109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0104  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 
161 aa  107  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1561  CarD family transcriptional regulator  36.55 
 
 
171 aa  102  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0294353  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1455  transcriptional regulator, CarD family  34.27 
 
 
171 aa  100  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000871292  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0490  transcriptional regulator, CarD family  34.27 
 
 
171 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257809 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0185  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 
158 aa  98.2  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164199  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0842  transcriptional regulator, CarD family  30.82 
 
 
174 aa  95.1  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  5.02927e-07  normal  0.471539 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4319  transcriptional regulator, CarD family  33.12 
 
 
160 aa  93.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2685  transcriptional regulator, CarD family  32.19 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.000114953  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1271  CarD family transcriptional regulator  32.19 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0355661  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2592  transcriptional regulator, CarD family  32.19 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0112448  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3655  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 
159 aa  92  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  5.63805e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2129  CarD family transcriptional regulator  31.91 
 
 
171 aa  91.3  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  4.17327e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2821  CarD family transcriptional regulator  26.42 
 
 
188 aa  90.1  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  9.11518e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1444  CarD family transcriptional regulator  32.28 
 
 
162 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.250117 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2907  CarD family transcriptional regulator  31.87 
 
 
160 aa  90.5  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5340  CarD family transcriptional regulator  32.28 
 
 
162 aa  90.1  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2498  CarD family transcriptional regulator  32.37 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.860997  hitchhiker  0.00028149 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0651  transcriptional regulator, CarD family  33.54 
 
 
160 aa  88.6  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.058243  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13616  transcription factor  31.65 
 
 
162 aa  88.6  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.392977 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4522  transcriptional regulator, CarD family  27.95 
 
 
162 aa  88.2  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.76792  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0392  transcriptional regulator, CarD family  32.39 
 
 
158 aa  87.8  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.62697e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35090  transcriptional regulator, CarD family  32.28 
 
 
163 aa  86.3  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.86286 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0970  transcription factor CarD  28.75 
 
 
162 aa  85.9  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0421613  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0703  transcriptional regulator, CarD family  31.25 
 
 
160 aa  86.3  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0540347  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0501  CarD family transcriptional regulator  31.25 
 
 
163 aa  86.3  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0676  transcriptional regulator, CarD family  28.93 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.6469e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0259  transcriptional regulator, CarD family  31.41 
 
 
158 aa  85.9  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.16082e-07  normal  0.0229238 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0364  transcriptional regulator, CarD family  31.65 
 
 
162 aa  84.7  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0362  CarD family transcriptional regulator  31.25 
 
 
160 aa  84.7  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0755625  hitchhiker  0.00187432 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4255  CarD family transcriptional regulator  31.25 
 
 
160 aa  84.7  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0184  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 
158 aa  84.3  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  4.61905e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0601  transcriptional regulator, CarD family  30.38 
 
 
162 aa  83.2  1e-15  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.251005  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4740  CarD family transcriptional regulator  31.01 
 
 
162 aa  83.6  1e-15  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5126  CarD family transcriptional regulator  31.01 
 
 
162 aa  83.6  1e-15  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.593452 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4826  CarD family transcriptional regulator  31.01 
 
 
162 aa  83.6  1e-15  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.652741  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0866  transcriptional regulator, CarD family  31.65 
 
 
160 aa  83.6  1e-15  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.795809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0963  CarD family transcriptional regulator  31.25 
 
 
160 aa  82.8  2e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1687  transcriptional regulator, CarD family  29.45 
 
 
171 aa  82.4  3e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.613225  normal  0.385121 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3388  CarD family transcriptional regulator  35.17 
 
 
159 aa  81.3  6e-15  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00900  transcriptional regulator, CarD family  27.85 
 
 
176 aa  80.9  7e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.92061e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0164  transcriptional regulator, CarD family  28.48 
 
 
161 aa  80.9  7e-15  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.475576  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03720  transcriptional regulator, CarD family  29.38 
 
 
160 aa  80.5  1e-14  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2786  CarD family transcriptional regulator  29.63 
 
 
364 aa  80.5  1e-14  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0756679  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0726  CarD family transcriptional regulator  31.01 
 
 
160 aa  79.7  2e-14  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0340  transcriptional regulator, CarD family  31.69 
 
 
159 aa  79.7  2e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.18012  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0852  transcriptional regulator, CarD family  31.01 
 
 
160 aa  79.7  2e-14  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1516  transcriptional regulator, CarD family  29.03 
 
 
191 aa  79  3e-14  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2940  CarD family transcriptional regulator  29.3 
 
 
158 aa  79  3e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0142  transcriptional regulator, CarD family  29.75 
 
 
161 aa  79  3e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.432895  normal  0.208842 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2164  transcriptional regulator, CarD family  30.99 
 
 
153 aa  78.2  5e-14  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2489  CarD family transcriptional regulator  31.88 
 
 
158 aa  77  1e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00883814  normal  0.0681247 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0898  transcriptional regulator, CarD family  29.38 
 
 
160 aa  76.6  1e-13  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1901  transcriptional regulator, CarD family  31.65 
 
 
159 aa  75.9  2e-13  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.488949  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3676  CarD family transcriptional regulator  30.99 
 
 
158 aa  76.3  2e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4692  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 
161 aa  76.3  2e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.372756  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4262  transcription factor CarD  29.94 
 
 
161 aa  76.3  2e-13  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0773  transcriptional regulator, CarD family  30 
 
 
160 aa  75.1  4e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.164526  normal  0.216229 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3756  transcriptional regulator, CarD family  29.58 
 
 
158 aa  75.1  5e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0751  transcriptional_regulator  31.21 
 
 
197 aa  74.7  5e-13  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.024387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>