244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0574 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  100 
 
 
124 aa  258  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  4.75662e-07  unclonable  2.09736e-08 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  62.16 
 
 
108 aa  131  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  2.90008e-06  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  55.43 
 
 
98 aa  109  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.35 
 
 
98 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 
100 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  55.81 
 
 
93 aa  103  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.08 
 
 
131 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  42.98 
 
 
135 aa  94  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.37 
 
 
102 aa  93.6  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.9 
 
 
129 aa  92.8  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  41.6 
 
 
132 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.06 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.19 
 
 
95 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  40.65 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  43.48 
 
 
137 aa  91.3  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  43.22 
 
 
133 aa  90.5  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  1.20647e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  53.57 
 
 
91 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  44.17 
 
 
127 aa  90.5  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  43.33 
 
 
130 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  53.09 
 
 
91 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.09 
 
 
91 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  46.15 
 
 
134 aa  88.6  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  39.84 
 
 
135 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  42.74 
 
 
125 aa  88.2  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.17 
 
 
133 aa  88.2  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.57 
 
 
149 aa  87.4  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 
167 aa  87  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  43.22 
 
 
122 aa  87  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.85 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  43.59 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  40.65 
 
 
132 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  40.98 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  40.68 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  40.48 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.68 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  40.65 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  45.88 
 
 
91 aa  84.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  41.88 
 
 
134 aa  84.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
138 aa  84.7  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  43.53 
 
 
116 aa  84.3  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 
137 aa  84  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.83 
 
 
149 aa  83.6  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  44.54 
 
 
144 aa  84  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  39.17 
 
 
142 aa  83.6  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.53 
 
 
133 aa  83.6  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.6  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.6  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.14 
 
 
157 aa  82.8  1e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.98 
 
 
135 aa  83.2  1e-15  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  41.67 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  45.98 
 
 
97 aa  82.8  1e-15  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.53 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.67 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  46.15 
 
 
104 aa  83.2  1e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  44.58 
 
 
89 aa  82.8  1e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  41.53 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  40.68 
 
 
135 aa  82.8  1e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.33 
 
 
89 aa  82.4  2e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.68 
 
 
133 aa  82.4  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.68 
 
 
133 aa  82.4  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  42.02 
 
 
125 aa  82.4  2e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 
99 aa  82.4  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  39.83 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 
140 aa  82.4  2e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
137 aa  81.6  3e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  43.37 
 
 
89 aa  82  3e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.17 
 
 
130 aa  81.6  3e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.71 
 
 
99 aa  81.6  3e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.83 
 
 
135 aa  81.6  3e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  42.11 
 
 
96 aa  81.3  4e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  43.2 
 
 
128 aa  81.3  4e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.9 
 
 
93 aa  81.3  5e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  49.41 
 
 
95 aa  80.9  5e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  43.22 
 
 
130 aa  80.9  5e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.57 
 
 
93 aa  80.9  5e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  6.37783e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  40.98 
 
 
134 aa  81.3  5e-15  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 
132 aa  80.5  6e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  42.37 
 
 
131 aa  80.5  7e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  40.83 
 
 
133 aa  80.5  7e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.83 
 
 
133 aa  80.5  7e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  41.74 
 
 
117 aa  80.1  8e-15  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 
132 aa  80.1  9e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.5 
 
 
142 aa  80.1  9e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  38.52 
 
 
137 aa  79.3  1e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 
98 aa  79.7  1e-14  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  39.02 
 
 
133 aa  79.7  1e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 
136 aa  79.7  1e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  38.66 
 
 
128 aa  80.1  1e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
134 aa  79.7  1e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  45.78 
 
 
89 aa  79.7  1e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.879286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>