More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0509 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  436  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  76.5 
 
 		 217 aa  338  4e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  76.15 
 
 		 219 aa  329  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  77 
 
 		 228 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  77 
 
 		 216 aa  310  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  74.42 
 
 		 216 aa  305  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  72.6 
 
 		 214 aa  299  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 248 aa  154  9e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 219 aa  141  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  35.6 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 244 aa  102  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  33.12 
 
 		 240 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 249 aa  95.1  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  30.14 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 240 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 244 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 239 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.05 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 225 aa  91.7  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 217 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  29.74 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 248 aa  90.1  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.56 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.56 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.56 
 
 		 221 aa  88.2  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.56 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 266 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  29.56 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  33.87 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 221 aa  84.7  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.13 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 223 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.22 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  27.86 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  28.72 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  26.53 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3609  transcriptional regulator, GntR family  32.4 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  31.88 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  24.87 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3521  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 227 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  28.18 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  27.84 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0162  gluconate operon transcriptional repressor  29.9 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0161  gluconate operon transcriptional repressor  29.9 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0156  gluconate operon transcriptional repressor  29.59 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0154  gluconate operon transcriptional repressor  29.59 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0205  gluconate operon transcriptional repressor  29.59 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>