More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0499 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0499  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  100 
 
 
467 aa  962    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.258857 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3948  hypothetical protein  62.81 
 
 
485 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.804932  normal  0.121566 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2958  putative xanthine dehydrogenase  63.41 
 
 
483 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0528227 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3554  xanthine dehydrogenase, small subunit  62.89 
 
 
485 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3237  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  62.68 
 
 
485 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492862  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0937  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  63.86 
 
 
486 aa  573  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0226  xanthine dehydrogenase, small subunit  53.29 
 
 
497 aa  441  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.183423  normal  0.106399 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0451  xanthine dehydrogenase small subunit  49.26 
 
 
496 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2833  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  49.36 
 
 
492 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3720  xanthine dehydrogenase, small subunit  52.44 
 
 
493 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0349  xanthine dehydrogenase, putative  48.73 
 
 
492 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4499  xanthine dehydrogenase small subunit  49.58 
 
 
496 aa  418  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999061  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3133  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.49 
 
 
488 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207802  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0365  xanthine dehydrogenase, small subunit  48.52 
 
 
492 aa  413  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3320  xanthine dehydrogenase  47.07 
 
 
490 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151633  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2751  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  48.49 
 
 
479 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433722  normal  0.51663 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0893  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  47.65 
 
 
498 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366411  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2425  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:(2Fe-2S)-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  47.12 
 
 
500 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0771886  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2861  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.52 
 
 
488 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0406506  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2704  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.32 
 
 
487 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4620  xanthine dehydrogenase small subunit  49.36 
 
 
493 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.678377  normal  0.546493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3660  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.78 
 
 
484 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.807153  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4278  xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  46.37 
 
 
484 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.513605  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1797  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.33 
 
 
484 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.014868  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3604  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.27 
 
 
484 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.703198  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0860  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.88 
 
 
504 aa  388  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2300  xanthine dehydrogenase small subunit  48 
 
 
476 aa  386  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289203  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3842  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.37 
 
 
484 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.977655  normal  0.775119 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22290  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.99 
 
 
496 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4257  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.01 
 
 
481 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1815  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:[2Fe-2S]-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  45.47 
 
 
484 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522719  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3924  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.81 
 
 
516 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.249552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0950  xanthine dehydrogenase, subunit A  46.04 
 
 
543 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.368271 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1590  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.94 
 
 
484 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.597851 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2422  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.82 
 
 
505 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1339  xanthine dehydrogenase, small subunit  50.21 
 
 
501 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00017372  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3907  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.43 
 
 
542 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2552  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.15 
 
 
526 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.865646 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0713  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.12 
 
 
512 aa  378  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1922  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.99 
 
 
504 aa  378  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.501378 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0804  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.99 
 
 
523 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2246  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.44 
 
 
504 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0348  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.4 
 
 
528 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658875  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0832  2Fe-2S ferredoxin, iron-sulfur binding site  44.4 
 
 
528 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2095  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  45.3 
 
 
516 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5910  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.91 
 
 
537 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3886  putative xanthine dehydrogenase  43.51 
 
 
507 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3041  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.17 
 
 
515 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0266852 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0711  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.04 
 
 
520 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0728  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.2 
 
 
527 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3460  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.75 
 
 
530 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266307 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0793  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.68 
 
 
507 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.229921 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0799  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  45.1 
 
 
515 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1155  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.69 
 
 
518 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.874334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44710  xanthine dehydrogenase  45.55 
 
 
484 aa  353  5e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3809  xanthine dehydrogenase  45.76 
 
 
484 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4864  xanthine dehydrogenase, iron-sulfur binding subunit  41.63 
 
 
494 aa  350  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3199  xanthine dehydrogenase family protein, iron-sulfur-binding/FAD-binding subunit  46.48 
 
 
505 aa  350  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188115  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1905  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.27 
 
 
505 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2705  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.27 
 
 
505 aa  350  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3160  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.48 
 
 
505 aa  350  4e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2042  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.27 
 
 
505 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0871  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.27 
 
 
505 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222869  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3215  xanthine dehydrogenase  46.27 
 
 
505 aa  349  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.413066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2424  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.14 
 
 
480 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1408  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  44.86 
 
 
592 aa  340  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.332531  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02515  putative xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  40.3 
 
 
480 aa  329  6e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1035  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  40.91 
 
 
506 aa  323  4e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5002  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.15 
 
 
512 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1130  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.62 
 
 
507 aa  316  7e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.16283  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1481  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  37.92 
 
 
571 aa  309  5.9999999999999995e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0612404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2699  xanthine dehydrogenase small subunit  39.67 
 
 
499 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3759  xanthine dehydrogenase small subunit  43.17 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3102  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  38.98 
 
 
507 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.238239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2448  xanthine dehydrogenase, small subunit  38.98 
 
 
507 aa  300  5e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1453  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  40.95 
 
 
461 aa  298  1e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1788  xanthine dehydrogenase, small subunit  39.19 
 
 
467 aa  293  4e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.350368  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1789  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.4 
 
 
484 aa  286  7e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2603  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  40.3 
 
 
468 aa  285  1.0000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1140  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  34.14 
 
 
552 aa  268  2e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.578898  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0259  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  35.56 
 
 
514 aa  253  6e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1636  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  38.43 
 
 
490 aa  242  1e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6765  (2Fe-2S)-binding domain protein  33.33 
 
 
470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05613  Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4)(Purine hydroxylase I) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12553]  30.75 
 
 
1363 aa  207  5e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal  0.0769199 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0433  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  31 
 
 
450 aa  187  3e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.649108  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5970  (2Fe-2S)-binding domain protein  49.66 
 
 
184 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452775  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0766  (2Fe-2S)-binding domain protein  43.31 
 
 
154 aa  130  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00787546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0872  putative oxidoreductase with iron-sulfur subunit  45.51 
 
 
164 aa  130  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.283899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2931  (2Fe-2S)-binding domain protein  46.2 
 
 
164 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0748956  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1570  (2Fe-2S)-binding domain protein  44.87 
 
 
157 aa  128  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.939905  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1531  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.25 
 
 
164 aa  127  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0628944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4544  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  45.22 
 
 
157 aa  126  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2922  (2Fe-2S)-binding domain protein  43.21 
 
 
173 aa  126  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.225706  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5186  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  43.59 
 
 
157 aa  126  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.075837 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4986  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.2 
 
 
164 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.898404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4603  (2Fe-2S)-binding protein  48.2 
 
 
164 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4691  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.2 
 
 
164 aa  126  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2813  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  44.81 
 
 
165 aa  126  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.884029 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3040  (2Fe-2S)-binding domain protein  44.81 
 
 
165 aa  126  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22503  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2562  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  46.58 
 
 
168 aa  126  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>