182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0335 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0335  hypothetical protein  100 
 
 		 142 aa  275  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1852  hypothetical protein  62.41 
 
 		 145 aa  174  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2244  membrane protein-like protein  63.04 
 
 		 146 aa  174  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0054372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1825  hypothetical protein  63.12 
 
 		 145 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3535  hypothetical protein  63.12 
 
 		 145 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2202  hypothetical protein  63.12 
 
 		 145 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2552  hypothetical protein  67.39 
 
 		 144 aa  167  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0684  membrane protein-like protein  64.66 
 
 		 145 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4281  hypothetical protein  58.57 
 
 		 146 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28510  hypothetical protein  58.99 
 
 		 147 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000173571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2487  hypothetical protein  56.83 
 
 		 147 aa  147  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1716  membrane protein-like  55.56 
 
 		 143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4069  membrane protein-like  56.15 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3715  membrane protein-like protein  56.15 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4297  membrane protein-like protein  56.15 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4193  membrane protein-like protein  55.56 
 
 		 143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.36355 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3220  membrane protein-like protein  56.15 
 
 		 143 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.55153 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4308  membrane protein-like protein  56.92 
 
 		 143 aa  144  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3229  transmembrane protein  52.55 
 
 		 167 aa  145  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.588156  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5166  membrane protein  60.18 
 
 		 146 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5610  SNARE associated Golgi protein  57.14 
 
 		 144 aa  141  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.407349 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3649  membrane protein-like protein  56.64 
 
 		 116 aa  126  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.593494 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0229  hypothetical protein  48.51 
 
 		 143 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2259  transmembrane protein  57.5 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.867153  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01067  membrane protein-like protein  50.78 
 
 		 132 aa  121  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0101097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2940  hypothetical protein  47.01 
 
 		 143 aa  120  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2237  membrane protein-like protein  60.42 
 
 		 145 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.564662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0933  transmembrane protein  57.5 
 
 		 145 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.590035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2405  hypothetical protein  48.85 
 
 		 145 aa  114  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0353  hypothetical protein  46.67 
 
 		 148 aa  110  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1381  membrane protein-like protein  47.33 
 
 		 146 aa  108  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0190  uncharacterized membrane-associated protein  41.79 
 
 		 171 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.421654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0287  hypothetical protein  50.86 
 
 		 140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1466  hypothetical protein  37.31 
 
 		 144 aa  102  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3169  hypothetical protein  45.65 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0441375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2147  putative integral membrane protein  43.94 
 
 		 139 aa  100  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.864762  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0381  SNARE associated Golgi protein  46.51 
 
 		 162 aa  100  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.129917  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02544  conserved inner membrane protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0995  conserved hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000205167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3935  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  99  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.809511 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1018  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0859423  hitchhiker  0.00416875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2811  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000161283  hitchhiker  0.000505734 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02509  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0129195  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2825  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  98.6  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6818  SNARE associated Golgi protein  38.28 
 
 		 160 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2972  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  97.8  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000189151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0641  inner membrane protein  40 
 
 		 143 aa  97.1  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.346096  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3187  hypothetical protein  44.37 
 
 		 142 aa  96.7  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000058062  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0493  hypothetical protein  44.8 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2969  hypothetical protein  45.31 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0101702  hitchhiker  0.00077012 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3004  hypothetical protein  45.31 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.055399  hitchhiker  0.00004287 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2938  hypothetical protein  45.31 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000195475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3021  hypothetical protein  45.31 
 
 		 141 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0161641  hitchhiker  0.00000846709 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0030  membrane protein-like protein  42.4 
 
 		 153 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0561299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0846  hypothetical protein  41.84 
 
 		 142 aa  92  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797425  hitchhiker  0.00000218061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0088  hypothetical protein  43.41 
 
 		 153 aa  92  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3128  hypothetical protein  44.53 
 
 		 141 aa  90.1  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00306238  normal  0.0197186 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3370  hypothetical protein  43.48 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000974791  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0892  hypothetical protein  43.48 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000438982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3235  hypothetical protein  43.48 
 
 		 142 aa  89.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000052813  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002528  hypothetical protein  39.85 
 
 		 153 aa  87.8  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0345  hypothetical protein  41.91 
 
 		 147 aa  87.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.141714  hitchhiker  0.00000000000399194 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03488  hypothetical protein  37.68 
 
 		 153 aa  87  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3561  hypothetical protein  43.48 
 
 		 141 aa  87  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3328  SNARE associated Golgi protein  42.64 
 
 		 140 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111498 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0986  hypothetical protein  37.5 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000995466  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1779  SNARE associated Golgi protein  42.97 
 
 		 144 aa  85.5  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.380295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1327  hypothetical protein  40.15 
 
 		 140 aa  85.1  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0199997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0020  SNARE associated Golgi protein  44.36 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3208  hypothetical protein  38.24 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000592602  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4633  hypothetical protein  39.69 
 
 		 156 aa  83.6  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1001  hypothetical protein  38.24 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.453071  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2017  hypothetical protein  35.07 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0715199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0574  hypothetical protein  38.81 
 
 		 167 aa  80.5  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1225  hypothetical protein  40.14 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1119  hypothetical protein  37.68 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000563823  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3162  hypothetical protein  38.64 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2982  hypothetical protein  38.93 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3548  membrane protein-like protein  39.39 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3262  hypothetical protein  37.31 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.175834  normal  0.086413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1056  hypothetical protein  38.13 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.58639 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2318  hypothetical protein  46.51 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1130  hypothetical protein  37.31 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1070  hypothetical protein  38.24 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2534  hypothetical protein  38.28 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000278761  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1029  hypothetical protein  37.31 
 
 		 141 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1034  hypothetical protein  36.72 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2910  hypothetical protein  36.62 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1579  hypothetical protein  35.94 
 
 		 156 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49497  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3064  hypothetical protein  37.4 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3374  hypothetical protein  33.33 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3614  membrane protein-like protein  37.12 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1096  hypothetical protein  36.64 
 
 		 141 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.528904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3878  hypothetical protein  39.1 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3361  hypothetical protein  35.94 
 
 		 160 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.276443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1129  hypothetical protein  35.94 
 
 		 162 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0566076  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3587  hypothetical protein  35.66 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.428384 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1618  SNARE associated Golgi protein  32.86 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1217  hypothetical protein  38.28 
 
 		 144 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.323612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0892  hypothetical protein  34.38 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241646 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>