128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0312 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 145 aa  297  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  53.44 
 
 		 132 aa  132  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  59.43 
 
 		 137 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  57.94 
 
 		 137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  57.94 
 
 		 137 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  53.45 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  55.08 
 
 		 129 aa  94  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  45.53 
 
 		 240 aa  87.4  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  51.61 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  55.42 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  44.76 
 
 		 106 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  49.53 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  43.69 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  54.12 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  49.21 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  35.4 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  40 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  35.4 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  37.96 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  34.62 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  38.68 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  32.03 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  39.42 
 
 		 119 aa  59.3  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  44.79 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  46.6 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  34.84 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  37.76 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  40.57 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  41.51 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  41.49 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  36.05 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  37.76 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  36.05 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  47.06 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  45.12 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  44.26 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  31.43 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  32.74 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  40.78 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  30.84 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  31.43 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  31.43 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  30.48 
 
 		 115 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  41.84 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  44.44 
 
 		 111 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  53.03 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  29.52 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  29.52 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  29.52 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  29.52 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  29.52 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  54.29 
 
 		 174 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  39.62 
 
 		 111 aa  52  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  29.52 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3490  ribonuclease P  42.86 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000922016  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  41.89 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  29.52 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  53.03 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000841875  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  44.26 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000948284  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  50.77 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000601305  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  33.33 
 
 		 109 aa  50.8  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  44.12 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3936  ribonuclease P protein component  41.79 
 
 		 136 aa  50.8  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  41.67 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  40.26 
 
 		 227 aa  50.4  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  42.37 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2557  ribonuclease P protein component  46.48 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000049885  normal  0.280398 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  40.54 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  50.79 
 
 		 116 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2139  ribonuclease P protein component  45.36 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  35.56 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  36.76 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1542  ribonuclease P protein component  34.34 
 
 		 162 aa  48.9  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.200332  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  50.79 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  38.16 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  32.11 
 
 		 116 aa  48.5  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5267  ribonuclease P  44.59 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.115584  normal  0.101846 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4171  ribonuclease P protein component  41.67 
 
 		 136 aa  47  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00326173  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  36.76 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0869  ribonuclease P protein component  30.86 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  46.15 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6486  ribonuclease P protein  38.64 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00207284  normal  0.0833987 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  36 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0552  ribonuclease P protein component  41.79 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  36.89 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0093  ribonuclease P protein component  37.88 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  35.29 
 
 		 123 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0522  ribonuclease P protein  38.57 
 
 		 79 aa  44.3  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5414  ribonuclease P protein component  51.02 
 
 		 130 aa  43.9  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  34.21 
 
 		 115 aa  43.9  0.0007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  40.32 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4699  ribonuclease P protein component  55.1 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259793  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  39.13 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  36.45 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  52.17 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23470  ribonuclease P protein component  73.08 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  37.14 
 
 		 116 aa  42  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3504  ribonuclease P protein component  48 
 
 		 206 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1256  ribonuclease P protein component  37.84 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000286956  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>