More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0291 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  100 
 
 
348 aa  711    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64.2 
 
 
354 aa  457  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64 
 
 
348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.71 
 
 
346 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  59.42 
 
 
346 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  58.84 
 
 
346 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  64.06 
 
 
348 aa  427  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  47.01 
 
 
468 aa  294  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  47.01 
 
 
468 aa  293  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  48.27 
 
 
457 aa  293  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  49.56 
 
 
330 aa  291  8e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.04 
 
 
330 aa  290  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 
446 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.9 
 
 
326 aa  289  6e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
326 aa  289  6e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  48.05 
 
 
469 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  46.72 
 
 
471 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.06 
 
 
327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.32 
 
 
318 aa  282  6.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  45.95 
 
 
412 aa  280  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  46.09 
 
 
455 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  45.35 
 
 
349 aa  278  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  44.81 
 
 
327 aa  278  7e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  45.8 
 
 
453 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.4 
 
 
458 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  45.4 
 
 
330 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
329 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  43.91 
 
 
350 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.52 
 
 
436 aa  273  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  44.54 
 
 
501 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  45.22 
 
 
444 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.64 
 
 
330 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.97 
 
 
330 aa  271  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.94 
 
 
368 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  44.22 
 
 
411 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  40.85 
 
 
364 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  42.36 
 
 
330 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  46.39 
 
 
324 aa  263  4e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  42.94 
 
 
325 aa  255  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  43.07 
 
 
405 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 
329 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.25 
 
 
315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.73 
 
 
307 aa  194  2e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  35.84 
 
 
320 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  37.42 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.39 
 
 
315 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  37.58 
 
 
346 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33.33 
 
 
315 aa  179  5.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.56 
 
 
326 aa  179  5.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  37.94 
 
 
370 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  36.71 
 
 
378 aa  179  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.54 
 
 
308 aa  178  1e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.21 
 
 
318 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.42 
 
 
318 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.58 
 
 
332 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.06 
 
 
315 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.54 
 
 
320 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  36.76 
 
 
318 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.44 
 
 
307 aa  175  9e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33.95 
 
 
339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  35.24 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  36.92 
 
 
334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 
334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  36.92 
 
 
334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.81 
 
 
318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.15 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.64 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  36.23 
 
 
325 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.05 
 
 
315 aa  172  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.69 
 
 
329 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.69 
 
 
329 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  37.19 
 
 
317 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.24 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.24 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.24 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  36.84 
 
 
316 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  37.46 
 
 
319 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  35.93 
 
 
330 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.28 
 
 
329 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.24 
 
 
319 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
319 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.85 
 
 
319 aa  171  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
329 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  36.74 
 
 
333 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  34.96 
 
 
398 aa  169  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  36.78 
 
 
318 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  37.8 
 
 
330 aa  169  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  36.74 
 
 
333 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  36.74 
 
 
333 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  35.5 
 
 
329 aa  169  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.55 
 
 
319 aa  169  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  36.12 
 
 
319 aa  169  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>