More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0275 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0381  preprotein translocase subunit SecY  82.6 
 
 		 452 aa  761    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1735  preprotein translocase subunit SecY  82.82 
 
 		 452 aa  762    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0612  preprotein translocase subunit SecY  75.66 
 
 		 456 aa  713    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0275  preprotein translocase subunit SecY  100 
 
 		 454 aa  917    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0794912  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0305  preprotein translocase subunit SecY  78.19 
 
 		 453 aa  724    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.398461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2514  preprotein translocase subunit SecY  83.04 
 
 		 452 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0780  preprotein translocase subunit SecY  78.17 
 
 		 457 aa  727    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2756  preprotein translocase, SecY subunit  62.25 
 
 		 443 aa  562  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.373135  normal  0.477854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5050  preprotein translocase subunit SecY  61.57 
 
 		 444 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.478224  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1384  preprotein translocase subunit SecY  60.9 
 
 		 443 aa  550  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3647  preprotein translocase subunit SecY  62.92 
 
 		 443 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1006  preprotein translocase subunit SecY  59.96 
 
 		 446 aa  550  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.38875  hitchhiker  0.00669682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2315  preprotein translocase subunit SecY  62.02 
 
 		 443 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.296135 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1565  preprotein translocase subunit SecY  60.22 
 
 		 443 aa  546  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1374  preprotein translocase, SecY subunit  60.45 
 
 		 444 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285774  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_004310  BR1213  preprotein translocase subunit SecY  58.84 
 
 		 446 aa  539  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4778  preprotein translocase subunit SecY  60.99 
 
 		 444 aa  538  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000420552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3428  preprotein translocase subunit SecY  61.57 
 
 		 443 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452831  normal  0.23727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0560  preprotein translocase, SecY subunit  60.67 
 
 		 442 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3164  preprotein translocase subunit SecY  61.8 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0194839  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0333  preprotein translocase, SecY subunit  59.19 
 
 		 445 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1176  preprotein translocase subunit SecY  58.84 
 
 		 446 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0379017  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1976  preprotein translocase subunit SecY  58.84 
 
 		 446 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.923807  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1863  preprotein translocase subunit SecY  58.84 
 
 		 446 aa  534  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1928  preprotein translocase, SecY subunit  58.74 
 
 		 445 aa  524  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0718  preprotein translocase subunit SecY  56.02 
 
 		 448 aa  520  1e-146  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.214912  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1352  preprotein translocase subunit SecY  58.84 
 
 		 446 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0023208  normal  0.481629 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2986  preprotein translocase subunit SecY  56.12 
 
 		 448 aa  517  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2198  preprotein translocase, SecY subunit  56.44 
 
 		 448 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0470035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2181  preprotein translocase, SecY subunit  56.57 
 
 		 447 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2144  preprotein translocase, SecY subunit  56.57 
 
 		 447 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2459  preprotein translocase, SecY subunit  56.57 
 
 		 447 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1658  preprotein translocase subunit SecY  61.52 
 
 		 446 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.398859  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2668  preprotein translocase subunit SecY  57.81 
 
 		 447 aa  512  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1450  preprotein translocase subunit SecY  58.61 
 
 		 446 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337945  normal  0.16685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1926  preprotein translocase, SecY subunit  57.69 
 
 		 449 aa  497  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.796685  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1634  preprotein translocase subunit SecY  52.32 
 
 		 452 aa  467  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0116955  normal  0.0410443 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0867  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  52.63 
 
 		 442 aa  461  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000152006  hitchhiker  0.00837403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1333  preprotein translocase subunit SecY  50.66 
 
 		 455 aa  457  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0299  preprotein translocase subunit SecY  55.48 
 
 		 440 aa  455  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  hitchhiker  0.00000321163 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1269  preprotein translocase subunit SecY  50.55 
 
 		 455 aa  454  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0517  preprotein translocase, SecY subunit  55.3 
 
 		 443 aa  449  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.120445  unclonable  0.0000000000266535 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0339  preprotein translocase subunit SecY  53.08 
 
 		 440 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000142446  unclonable  0.0000000706243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3318  preprotein translocase subunit SecY  54.44 
 
 		 441 aa  449  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150394  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2798  preprotein translocase subunit SecY  50.11 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.558016 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0347  preprotein translocase, SecY subunit  55.3 
 
 		 443 aa  449  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.742267  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0425  preprotein translocase subunit SecY  53.81 
 
 		 437 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.65116  normal  0.157207 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1775  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  52.59 
 
 		 446 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.152379  normal  0.149147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0728  preprotein translocase, SecY subunit  51.76 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00054251  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1575  preprotein translocase subunit SecY  48.86 
 
 		 435 aa  436  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0569624  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0474  preprotein translocase subunit SecY  52.05 
 
 		 443 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.733359  hitchhiker  0.00000433507 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0646  preprotein translocase, SecY subunit  52.05 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.617938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4528  preprotein translocase subunit SecY  52.05 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447133  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0504  preprotein translocase subunit SecY  52.05 
 
 		 443 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4729  preprotein translocase subunit SecY  52.05 
 
 		 443 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0376135  normal  0.430849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0507  preprotein translocase subunit SecY  52.05 
 
 		 443 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0640452  normal  0.0135524 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2305  preprotein translocase subunit SecY  51.28 
 
 		 453 aa  429  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0325321  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5059  preprotein translocase subunit SecY  51.82 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000898122  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0776  preprotein translocase subunit SecY  49.55 
 
 		 455 aa  430  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.495487  normal  0.028717 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04500  preprotein translocase subunit SecY  48.98 
 
 		 454 aa  429  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.705639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0441  preprotein translocase subunit SecY  53.65 
 
 		 443 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0721  preprotein translocase subunit SecY  49.88 
 
 		 435 aa  428  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0857  preprotein translocase subunit SecY  52.27 
 
 		 442 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0739  preprotein translocase subunit SecY  50.69 
 
 		 440 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00521081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09050  preprotein translocase subunit SecY  52.27 
 
 		 442 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.224184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1366  preprotein translocase subunit SecY  51.05 
 
 		 437 aa  427  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000833152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3889  preprotein translocase subunit SecY  50.92 
 
 		 442 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000822061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2149  preprotein translocase, SecY subunit  52.38 
 
 		 448 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0576412  normal  0.122998 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0621  preprotein translocase subunit SecY  53.12 
 
 		 439 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0953  preprotein translocase subunit SecY  50.23 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0415377  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3985  preprotein translocase, SecY subunit  48.44 
 
 		 448 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00342615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0787  preprotein translocase subunit SecY  52.95 
 
 		 442 aa  423  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0142235  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3308  preprotein translocase subunit SecY  50 
 
 		 435 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000602472 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0646  preprotein translocase subunit SecY  50 
 
 		 435 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00379524  hitchhiker  0.000000811889 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4223  preprotein translocase subunit SecY  51.69 
 
 		 436 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0505149  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1009  preprotein translocase subunit SecY  48.15 
 
 		 439 aa  421  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00114462  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0080  preprotein translocase subunit SecY  51.29 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0404503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2837  preprotein translocase subunit SecY  48.83 
 
 		 435 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4298  preprotein translocase subunit SecY  49.1 
 
 		 446 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  unclonable  0.0000000000837901 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0401  preprotein translocase subunit SecY  51.94 
 
 		 439 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2154  preprotein translocase subunit SecY  49.65 
 
 		 444 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000317062  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1953  preprotein translocase subunit SecY  50.23 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1042  preprotein translocase subunit SecY  50.79 
 
 		 439 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4670  preprotein translocase subunit SecY  49.1 
 
 		 446 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000509869  unclonable  0.0000000121988 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0393  preprotein translocase subunit SecY  51.94 
 
 		 439 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0413341  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0178  preprotein translocase subunit SecY  49.77 
 
 		 446 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000408952  hitchhiker  0.00214614 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2038  preprotein translocase subunit SecY  50 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00750  preprotein translocase subunit SecY  49.88 
 
 		 444 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1931  preprotein translocase subunit SecY  51.54 
 
 		 445 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.776856  normal  0.537809 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1086  preprotein translocase subunit SecY  49.07 
 
 		 435 aa  413  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.135642  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2999  preprotein translocase subunit SecY  53.74 
 
 		 448 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0377089  normal  0.071315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4256  preprotein translocase subunit SecY  52.58 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193642  unclonable  0.00000000000448849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3423  preprotein translocase subunit SecY  51.01 
 
 		 436 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.23916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2305  preprotein translocase subunit SecY  51.95 
 
 		 437 aa  414  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.773218 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0315  preprotein translocase subunit SecY  50.93 
 
 		 437 aa  415  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0598799  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0340  preprotein translocase subunit SecY  49.77 
 
 		 443 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00542322  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001722  preprotein translocase SecY subunit  49.88 
 
 		 444 aa  415  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000228975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0233  preprotein translocase subunit SecY  49.55 
 
 		 446 aa  414  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000181445  unclonable  0.0000105897 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3159  preprotein translocase subunit SecY  52.38 
 
 		 447 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453709  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1926  preprotein translocase subunit SecY  49.31 
 
 		 447 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.228643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>