More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0270 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0270  50S ribosomal protein L18  100 
 
 		 119 aa  232  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0524919  normal  0.432762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0301  50S ribosomal protein L18  81.51 
 
 		 119 aa  193  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1731  50S ribosomal protein L18  78.99 
 
 		 119 aa  188  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00463126  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2518  50S ribosomal protein L18  78.99 
 
 		 119 aa  188  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0377  50S ribosomal protein L18  78.99 
 
 		 119 aa  188  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0607  50S ribosomal protein L18  76.47 
 
 		 119 aa  182  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0775  50S ribosomal protein L18  79.83 
 
 		 119 aa  174  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.292736  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1002  50S ribosomal protein L18  58.82 
 
 		 120 aa  128  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.168724  hitchhiker  0.00975315 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0120  50S ribosomal protein L18  63.3 
 
 		 120 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000542863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0138  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.4273e-62 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1446  50S ribosomal protein L18  60.34 
 
 		 120 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.267488 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0126  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000140079  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0126  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000139258  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0122  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000109989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0120  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618216  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0147  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0157  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000109054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0126  50S ribosomal protein L18  62.39 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0315012  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0121  50S ribosomal protein L18  61.47 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000538516  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1348  50S ribosomal protein L18  59.48 
 
 		 120 aa  124  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000432903  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5179  50S ribosomal protein L18  61.47 
 
 		 120 aa  124  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311819  unclonable  1.18579e-25 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3432  50S ribosomal protein L18  60.91 
 
 		 120 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23776  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2148  50S ribosomal protein L18  57.98 
 
 		 120 aa  120  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3168  50S ribosomal protein L18  60.55 
 
 		 120 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411824  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1467  50S ribosomal protein L18  59.63 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000595755  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2672  50S ribosomal protein L18P  55.08 
 
 		 120 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.159839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2311  50S ribosomal protein L18  59.63 
 
 		 120 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0992173  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2891  ribosomal protein L18  58.62 
 
 		 112 aa  119  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0123  50S ribosomal protein L18  56.88 
 
 		 120 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2752  ribosomal protein L18  53.85 
 
 		 118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.333327  normal  0.200711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1662  50S ribosomal protein L18P  60.75 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130652  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3651  50S ribosomal protein L18  59.63 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5054  50S ribosomal protein L18  57.8 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.570149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1380  50S ribosomal protein L18  60 
 
 		 120 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.794975 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1857  50S ribosomal protein L18  57.76 
 
 		 120 aa  117  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.58959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1815  50S ribosomal protein L18  54.78 
 
 		 120 aa  117  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2802  50S ribosomal protein L18  61.06 
 
 		 117 aa  117  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.449731 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1338  50S ribosomal protein L18  52.94 
 
 		 137 aa  116  9e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.000353034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1561  50S ribosomal protein L18  58.72 
 
 		 120 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.467106  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0714  50S ribosomal protein L18  51.72 
 
 		 120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0742927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1630  50S ribosomal protein L18  53.85 
 
 		 118 aa  114  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.473609  normal  0.181454 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0127  50S ribosomal protein L18  55.96 
 
 		 120 aa  115  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4359  ribosomal protein L18  55 
 
 		 117 aa  114  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000257389  normal  0.0751525 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1972  50S ribosomal protein L18  59.66 
 
 		 120 aa  114  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000177032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1337  50S ribosomal protein L18  62.37 
 
 		 118 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5031  50S ribosomal protein L18  51.26 
 
 		 136 aa  113  8.999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00000697313  normal  0.548641 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3401  ribosomal protein L18  54.7 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0337  50S ribosomal protein L18  64.58 
 
 		 120 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1924  50S ribosomal protein L18  65.96 
 
 		 120 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845183  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06410  50S ribosomal protein L18  53.91 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00978537  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0863  50S ribosomal protein L18P  52.1 
 
 		 121 aa  111  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00546241  hitchhiker  0.0054851 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1180  50S ribosomal protein L18  58.82 
 
 		 120 aa  110  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1891  50S ribosomal protein L18  56.52 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.865797  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0074  50S ribosomal protein L18  57.8 
 
 		 118 aa  110  7.000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4782  50S ribosomal protein L18  52.25 
 
 		 120 aa  110  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127323  hitchhiker  0.000000074744 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1122  ribosomal protein L18  53.78 
 
 		 122 aa  110  8.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.805171  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1082  50S ribosomal protein L18  55.17 
 
 		 122 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.180279  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2463  50S ribosomal protein L18  63.83 
 
 		 120 aa  110  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2185  50S ribosomal protein L18  63.83 
 
 		 120 aa  110  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.954863  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0774  ribosomal protein L18  52.89 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0724  ribosomal protein L18  51.67 
 
 		 124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111204  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1508  50S ribosomal protein L18  54.55 
 
 		 121 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.175326  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1169  50S ribosomal protein L18  60 
 
 		 121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0336131  normal  0.0947713 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3690  ribosomal protein L18  51.26 
 
 		 134 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000255511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1631  ribosomal protein L18  50.44 
 
 		 117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1163  ribosomal protein L18  50.44 
 
 		 118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000618231  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0306  50S ribosomal protein L18  53.91 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.38344e-28 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2261  50S ribosomal protein L18  54.55 
 
 		 119 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00249191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1217  50S ribosomal protein L18  57.98 
 
 		 120 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2302  50S ribosomal protein L18  54.55 
 
 		 119 aa  108  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0220849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3312  50S ribosomal protein L18  56.36 
 
 		 122 aa  107  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000452303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5771  ribosomal protein L18  56.56 
 
 		 117 aa  107  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0610  50S ribosomal protein L18P  56.88 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0267024  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0211  50S ribosomal protein L18  53.91 
 
 		 117 aa  107  5e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2695  ribosomal protein L18  58.33 
 
 		 119 aa  107  7.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1370  50S ribosomal protein L18  54.13 
 
 		 120 aa  106  8.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.358563  normal  0.126509 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0322  50S ribosomal protein L18P  49.07 
 
 		 128 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00166637 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4010  50S ribosomal protein L18  58.95 
 
 		 121 aa  106  9.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000737084  hitchhiker  0.0000640833 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2603  50S ribosomal protein L18  55.96 
 
 		 112 aa  106  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000566812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0853  50S ribosomal protein L18  60.87 
 
 		 116 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.069304  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0642  50S ribosomal protein L18  50 
 
 		 121 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000862342  hitchhiker  0.0000000324401 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1242  50S ribosomal protein L18P  52.17 
 
 		 124 aa  106  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0425166  hitchhiker  0.0030984 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2162  ribosomal protein L18  48.72 
 
 		 122 aa  106  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.950902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09010  50S ribosomal protein L18  60.87 
 
 		 116 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00133573  normal  0.174484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1060  50S ribosomal protein L18  56.84 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.00000172408  normal  0.393686 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1048  50S ribosomal protein L18  56.84 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00198535  normal  0.123064 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0642  ribosomal protein L18  59.78 
 
 		 116 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00442268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4532  50S ribosomal protein L18  59.78 
 
 		 116 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00621491  normal  0.204736 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0618  ribosomal protein L18  50.44 
 
 		 117 aa  105  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.969603 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1031  50S ribosomal protein L18  56.84 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000295773  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09840  LSU ribosomal protein L18P  51.28 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0086805  hitchhiker  0.0000128953 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0564  50S ribosomal protein L18  60.64 
 
 		 120 aa  105  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04140  LSU ribosomal protein L18P  55.24 
 
 		 134 aa  105  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2202  50S ribosomal protein L18  60.22 
 
 		 120 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0988305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1265  50S ribosomal protein L18  61.21 
 
 		 116 aa  105  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.218127  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1729  50S ribosomal protein L18  51.26 
 
 		 124 aa  104  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000500708  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0731  ribosomal protein L18  53.21 
 
 		 125 aa  104  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0381  ribosomal protein L18  50 
 
 		 116 aa  104  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.958382  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0210  LSU ribosomal protein L18P  56.99 
 
 		 121 aa  103  6e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0545165  normal  0.587168 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2217  50S ribosomal protein L18  58.95 
 
 		 120 aa  103  6e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.442401  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>