More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0269 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  359  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  81.92 
 
 		 177 aa  306  8e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  79.1 
 
 		 177 aa  298  2e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  78.53 
 
 		 177 aa  290  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  76.84 
 
 		 177 aa  283  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  76.27 
 
 		 177 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  76.27 
 
 		 177 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  235  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  63.28 
 
 		 177 aa  233  9e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  231  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  230  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 		 177 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  228  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  227  6e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  227  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  227  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  226  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  225  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  224  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  224  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  222  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  221  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  58.76 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  221  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  220  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  220  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  217  7e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  213  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  58.76 
 
 		 177 aa  213  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  205  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  201  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  56 
 
 		 178 aa  198  3e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  197  9e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 		 178 aa  194  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  194  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  52 
 
 		 181 aa  189  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  0.00000113192 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0862  50S ribosomal protein L6P  51.41 
 
 		 177 aa  187  9e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0120235  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  184  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 175 aa  184  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  184  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  184  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  184  8e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  51.43 
 
 		 178 aa  184  8e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3509  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 177 aa  184  8e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000396017  hitchhiker  0.00000010719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2759  ribosomal protein L6  50.86 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00102826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 177 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  50.56 
 
 		 178 aa  182  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2998  50S ribosomal protein L6P  49.71 
 
 		 179 aa  181  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.220968  normal  0.0212963 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1931  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.551471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 178 aa  181  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000282439  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0641  50S ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 179 aa  181  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000903619  hitchhiker  0.0000000381043 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3717  50S ribosomal protein L6  51.43 
 
 		 179 aa  181  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 179 aa  181  6e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0335  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  180  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000240759  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0499  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000112242  normal  0.0683389 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0504  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00191336  hitchhiker  0.0041563 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3990  ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 177 aa  179  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101136  normal  0.864616 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  48.3 
 
 		 175 aa  179  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0235  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 179 aa  179  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.89178 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0238  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 179 aa  179  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  180  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  48 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1969  50S ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0362  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.08503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  47.73 
 
 		 175 aa  179  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2163  ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0225942  normal  0.802348 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1115  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 179 aa  179  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  50.57 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1836  50S ribosomal protein L6  49.14 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.532668  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0782  ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  178  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000462697  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2318  ribosomal protein L6  50.86 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000220779  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19891  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0301  ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 180 aa  178  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000179167  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2408  50S ribosomal protein L6  50.29 
 
 		 179 aa  178  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000952005  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 176 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  177  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0705  50S ribosomal protein L6  49.71 
 
 		 182 aa  177  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000289089  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>