More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0248 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  92.86 
 
 		 98 aa  186  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  91.84 
 
 		 98 aa  183  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 		 98 aa  149  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  75.51 
 
 		 98 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  75.51 
 
 		 98 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 		 98 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  71.74 
 
 		 97 aa  130  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  69.39 
 
 		 98 aa  130  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  71.74 
 
 		 97 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  71.74 
 
 		 97 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  72.83 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  72.83 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 		 98 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  70.65 
 
 		 97 aa  127  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  66.33 
 
 		 98 aa  124  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  70.65 
 
 		 97 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  63.74 
 
 		 104 aa  123  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  67.39 
 
 		 99 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  123  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  123  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 		 98 aa  122  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  69.57 
 
 		 97 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  64.29 
 
 		 98 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  64.52 
 
 		 96 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  64.95 
 
 		 99 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  61.22 
 
 		 98 aa  121  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  63.92 
 
 		 99 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  63.92 
 
 		 99 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  63.44 
 
 		 97 aa  121  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  63.44 
 
 		 97 aa  121  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  65.96 
 
 		 102 aa  120  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  67.39 
 
 		 102 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  61.96 
 
 		 99 aa  118  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  63.27 
 
 		 98 aa  118  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  63.04 
 
 		 104 aa  115  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  59.18 
 
 		 111 aa  114  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  59.34 
 
 		 113 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  61.96 
 
 		 100 aa  110  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  58.16 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  57.14 
 
 		 102 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  59.78 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  58.62 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  56.18 
 
 		 100 aa  90.9  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  56.18 
 
 		 100 aa  90.9  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  50.57 
 
 		 97 aa  90.5  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  52.27 
 
 		 99 aa  89.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  57.47 
 
 		 98 aa  88.6  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  54.95 
 
 		 98 aa  87.4  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  54.65 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 		 104 aa  87  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 		 101 aa  86.3  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  48.39 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  51.16 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 98 aa  85.1  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  56.47 
 
 		 100 aa  84.3  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  50.56 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 94 aa  83.6  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0955  ribosomal protein L25/L23  53.85 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000594054  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  49.46 
 
 		 95 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4315  50S ribosomal protein L23  54.12 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000209174  unclonable  0.0000000000539649 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0340  50S ribosomal protein L23  48.86 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586276  hitchhiker  0.000885961 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  48.94 
 
 		 99 aa  81.6  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4688  50S ribosomal protein L23  55.29 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000001343  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  47 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  49.43 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03169  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000759178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000225919  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000847098  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000080861  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392959  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>