More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0127 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  100 
 
 		 423 aa  863    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  72.1 
 
 		 417 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  72.1 
 
 		 449 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  70.92 
 
 		 417 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  68.32 
 
 		 417 aa  595  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  69.74 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  56.67 
 
 		 445 aa  458  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  58.57 
 
 		 423 aa  461  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  56.67 
 
 		 445 aa  457  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  55.95 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  55.69 
 
 		 436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  55.5 
 
 		 436 aa  443  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  55.24 
 
 		 428 aa  441  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  53.21 
 
 		 431 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  54.52 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  54.07 
 
 		 432 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  52.84 
 
 		 431 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  52.64 
 
 		 429 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  52.16 
 
 		 435 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  53.12 
 
 		 432 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  50.72 
 
 		 431 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  51.92 
 
 		 429 aa  413  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  52.17 
 
 		 429 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  50.24 
 
 		 418 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  50.48 
 
 		 429 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  51.9 
 
 		 429 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  52.27 
 
 		 435 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  51.07 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  50.6 
 
 		 425 aa  378  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  52.5 
 
 		 415 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  47.86 
 
 		 411 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  46.89 
 
 		 421 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  43.39 
 
 		 410 aa  276  6e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 408 aa  270  2.9999999999999997e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.22 
 
 		 393 aa  270  4e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  39.18 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 		 371 aa  263  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  41.64 
 
 		 430 aa  259  6e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 425 aa  258  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  44.38 
 
 		 378 aa  256  6e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.72 
 
 		 426 aa  256  6e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.9 
 
 		 399 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  43.92 
 
 		 481 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  38.85 
 
 		 397 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  40.31 
 
 		 424 aa  247  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 389 aa  247  3e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 		 408 aa  247  3e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  43.44 
 
 		 363 aa  247  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.73 
 
 		 422 aa  246  6e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  40.89 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.53 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 417 aa  244  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  41.32 
 
 		 420 aa  243  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  40.53 
 
 		 359 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  44.54 
 
 		 355 aa  243  3.9999999999999997e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.21 
 
 		 415 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40.99 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  41.81 
 
 		 356 aa  241  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  39.02 
 
 		 395 aa  241  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  44.38 
 
 		 354 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  38.32 
 
 		 408 aa  241  2e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  40.42 
 
 		 402 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 372 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  42.94 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  42.48 
 
 		 380 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  42.94 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.53 
 
 		 359 aa  237  4e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  38.99 
 
 		 406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  40.31 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  38.96 
 
 		 413 aa  234  3e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  41.42 
 
 		 376 aa  233  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  42.22 
 
 		 385 aa  232  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 		 390 aa  232  1e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  39.59 
 
 		 358 aa  230  4e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  42.06 
 
 		 418 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  42.4 
 
 		 360 aa  229  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  34.97 
 
 		 391 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 		 412 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  40.47 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.46 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  36.27 
 
 		 409 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 409 aa  227  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.01 
 
 		 409 aa  226  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 		 415 aa  226  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.28 
 
 		 385 aa  226  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  39.66 
 
 		 466 aa  225  1e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 		 369 aa  224  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  39.66 
 
 		 834 aa  224  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  41.12 
 
 		 378 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 		 410 aa  224  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.12 
 
 		 419 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  40.74 
 
 		 407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 		 408 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 		 411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.82 
 
 		 414 aa  220  3e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  39.88 
 
 		 383 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.53 
 
 		 363 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  39.88 
 
 		 408 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>