More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0098 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0098  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 320 aa  637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2853  periplasmic solute binding protein  64.29 
 
 		 321 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2080  periplasmic solute binding protein  61.08 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  0.155389 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1226  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  45.7 
 
 		 312 aa  283  3.0000000000000004e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  45.65 
 
 		 299 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  42.6 
 
 		 303 aa  262  6.999999999999999e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2025  Mn/Zn ABC transporter, substrate-binding protein  46.52 
 
 		 305 aa  261  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  44.12 
 
 		 313 aa  252  7e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  45.52 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1794  hypothetical protein  38.56 
 
 		 311 aa  249  6e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  47.1 
 
 		 315 aa  247  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  42.91 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  46.9 
 
 		 321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  44.73 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  45.82 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  44.91 
 
 		 323 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  43.06 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0688  periplasmic solute binding protein  43.77 
 
 		 314 aa  223  4.9999999999999996e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000152738  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  41.37 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  38.83 
 
 		 311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1995  periplasmic solute binding protein  40.14 
 
 		 370 aa  211  1e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  41.41 
 
 		 319 aa  209  3e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  41.4 
 
 		 319 aa  205  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0701  periplasmic solute binding protein  32.86 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000705514  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  34.13 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  32.62 
 
 		 344 aa  162  7e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  31.1 
 
 		 325 aa  153  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31.69 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  32.62 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  31.14 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  34.05 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  33.57 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  33.57 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  34.14 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  34.27 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  29.73 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  33.01 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  32.12 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  28.76 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  30.91 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  29.86 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  31.69 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  31.69 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  30.74 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.49 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  28.87 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  30.04 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  32.99 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  28.81 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  28.81 
 
 		 311 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  28.81 
 
 		 322 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  32.9 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  28.15 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  33.99 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  32.56 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  34.05 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  30.79 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  28.43 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.79 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  29.14 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  30.74 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  33.91 
 
 		 346 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  30.56 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  29.2 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  31.54 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  30.49 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.68 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.36 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.36 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.36 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  33.79 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.36 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.36 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  29.14 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  32.98 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  29.18 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  28.62 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  26.16 
 
 		 309 aa  133  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  28.62 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  29.12 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  29 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  31.41 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  31.51 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  29.54 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  30.16 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  27.89 
 
 		 354 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  29.17 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  30.18 
 
 		 321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  27.61 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  30.83 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>