More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0089 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0089  Fmu (Sun)  100 
 
 		 424 aa  845    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2765  Fmu (Sun) domain-containing protein  60.63 
 
 		 410 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2926  Fmu (Sun) domain-containing protein  59.86 
 
 		 422 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351382  normal  0.0315958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4040  Fmu (Sun)  53.62 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3033  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  56.7 
 
 		 443 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6147  rRNA methyltransferase RsmB-like  55.66 
 
 		 421 aa  362  6e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2720  Fmu (Sun) domain-containing protein  56.3 
 
 		 535 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.796536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4779  Fmu (Sun) domain-containing protein  43.59 
 
 		 426 aa  277  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.849075  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0156  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  42.47 
 
 		 450 aa  262  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0031  Fmu (Sun) domain protein  40.91 
 
 		 450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3660  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  43.84 
 
 		 438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.469225  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  42.59 
 
 		 450 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1326  sun protein  44.21 
 
 		 440 aa  253  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0197  Fmu (Sun)  41.42 
 
 		 450 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0130363  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0038  sun protein  43.19 
 
 		 471 aa  253  5.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.27971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0086  RNA methyltransferase  40.78 
 
 		 450 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0717  Fmu (Sun)  40.55 
 
 		 450 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1089  Fmu (Sun) domain-containing protein  39.66 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1027  Fmu (Sun) domain-containing protein  51.47 
 
 		 459 aa  243  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537768  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0627  Fmu (Sun) domain protein  48.14 
 
 		 438 aa  243  7e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1940  Fmu (Sun) domain-containing protein  42 
 
 		 422 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1747  sun protein  38.92 
 
 		 465 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2924  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.67 
 
 		 433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1814  sun protein  38.92 
 
 		 465 aa  239  5.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.802421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0325  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  39.68 
 
 		 450 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235081  normal  0.145888 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3418  Fmu (Sun)  38.71 
 
 		 460 aa  229  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2963  Fmu (Sun) domain-containing protein  47.41 
 
 		 447 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270675  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3917  Fmu (Sun) domain protein  38.28 
 
 		 462 aa  223  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0687458  normal  0.615707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4242  Fmu (Sun) domain protein  40.05 
 
 		 460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3191  Fmu (Sun) domain-containing protein  37.5 
 
 		 470 aa  221  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1424  sun protein  39.13 
 
 		 448 aa  221  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.204434 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3096  Fmu (Sun)  40.56 
 
 		 419 aa  221  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0551  Fmu (Sun) domain-containing protein  48.38 
 
 		 425 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.481855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0486  Fmu (Sun) domain protein  47.79 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5220  sun protein  48.1 
 
 		 448 aa  213  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02946  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4295  Sun protein  38.27 
 
 		 493 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2071  sun protein  37.88 
 
 		 463 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2654  Fmu (Sun) domain-containing protein  46.52 
 
 		 415 aa  208  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0522  Fmu (Sun) domain protein  46.11 
 
 		 438 aa  207  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0621766  normal  0.207218 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  40.48 
 
 		 456 aa  206  4e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1047  Fmu (Sun)  40.77 
 
 		 437 aa  203  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.334338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  34.17 
 
 		 437 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  33.85 
 
 		 436 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  34.01 
 
 		 452 aa  186  7e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  33.64 
 
 		 439 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  33.56 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  35.23 
 
 		 427 aa  180  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  32.87 
 
 		 425 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  32.89 
 
 		 462 aa  179  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  32.49 
 
 		 440 aa  178  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  33.26 
 
 		 429 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  35.59 
 
 		 451 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  32.37 
 
 		 453 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  33.26 
 
 		 429 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  33.33 
 
 		 426 aa  176  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  37.78 
 
 		 443 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  33.26 
 
 		 429 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  36.21 
 
 		 448 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  35 
 
 		 434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 428 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  36.6 
 
 		 437 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  32.88 
 
 		 429 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  35.59 
 
 		 434 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  34.93 
 
 		 428 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  32.88 
 
 		 429 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  33.18 
 
 		 429 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  33.03 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2083  sun protein  35.81 
 
 		 437 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  33.01 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.29 
 
 		 434 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  36.05 
 
 		 431 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0017  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  36.07 
 
 		 448 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  33.33 
 
 		 431 aa  170  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  33.48 
 
 		 431 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  32.65 
 
 		 429 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  33.26 
 
 		 433 aa  169  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  32.77 
 
 		 427 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  35.43 
 
 		 436 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  32.28 
 
 		 427 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  31.44 
 
 		 428 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  32.21 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 429 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 435 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  30.82 
 
 		 429 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  32.07 
 
 		 429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  32.59 
 
 		 428 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  32.36 
 
 		 427 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  32.59 
 
 		 428 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3178  sun protein  36.44 
 
 		 462 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  32.49 
 
 		 429 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  32.34 
 
 		 428 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2077  sun protein  32.59 
 
 		 438 aa  164  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  35.08 
 
 		 436 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>