More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0087 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0087  dihydrodipicolinate reductase  100 
 
 		 269 aa  523  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3040  dihydrodipicolinate reductase  76.58 
 
 		 269 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4037  dihydrodipicolinate reductase  70.79 
 
 		 269 aa  374  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2798  dihydrodipicolinate reductase  71.16 
 
 		 268 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.330088  normal  0.472003 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1105  dihydrodipicolinate reductase  74.35 
 
 		 269 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.32812  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2767  dihydrodipicolinate reductase  74.35 
 
 		 269 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2925  dihydrodipicolinate reductase  73.23 
 
 		 269 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.058747  normal  0.091459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0445  dihydrodipicolinate reductase  59.32 
 
 		 265 aa  298  7e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2507  dihydrodipicolinate reductase  58.56 
 
 		 267 aa  292  5e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837257 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2730  dihydrodipicolinate reductase  58.56 
 
 		 267 aa  292  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  0.320113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2066  dihydrodipicolinate reductase  59.7 
 
 		 265 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.531421  normal  0.010267 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0989  dihydrodipicolinate reductase  56.23 
 
 		 279 aa  289  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2435  dihydrodipicolinate reductase  57.79 
 
 		 267 aa  288  9e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1051  dihydrodipicolinate reductase  55.85 
 
 		 268 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.799147  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3571  dihydrodipicolinate reductase  57.04 
 
 		 271 aa  287  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0114  dihydrodipicolinate reductase  55.51 
 
 		 265 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.878152 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1051  dihydrodipicolinate reductase  53.79 
 
 		 268 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0214787  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1330  dihydrodipicolinate reductase  56.25 
 
 		 277 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0197  dihydrodipicolinate reductase  55.13 
 
 		 272 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0132  dihydrodipicolinate reductase  52.85 
 
 		 271 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.517798 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0158  dihydrodipicolinate reductase  53.99 
 
 		 289 aa  276  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0359  dihydrodipicolinate reductase  54.75 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0679708  normal  0.40157 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2959  dihydrodipicolinate reductase  53.61 
 
 		 272 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0237  dihydrodipicolinate reductase  54.55 
 
 		 270 aa  270  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3592  dihydrodipicolinate reductase  55.47 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.515534  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0201  dihydrodipicolinate reductase  53.23 
 
 		 288 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.599241 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4127  dihydrodipicolinate reductase  54.92 
 
 		 274 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4441  dihydrodipicolinate reductase  55.3 
 
 		 274 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.8646 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0342  dihydrodipicolinate reductase  51.71 
 
 		 271 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111037  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3371  dihydrodipicolinate reductase  53.41 
 
 		 272 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0435  dihydrodipicolinate reductase  52.85 
 
 		 271 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0385  dihydrodipicolinate reductase  52.85 
 
 		 271 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0154  dihydrodipicolinate reductase  52.85 
 
 		 265 aa  246  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0335  dihydrodipicolinate reductase  53.23 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0231  dihydrodipicolinate reductase  47.91 
 
 		 267 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0777  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.486297  hitchhiker  0.000134832 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1208  dihydrodipicolinate reductase  50.57 
 
 		 268 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.290649  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0221  dihydrodipicolinate reductase  48.31 
 
 		 276 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0572  dihydrodipicolinate reductase  49.43 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.260909 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0373  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.935631  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2456  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.660622  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1232  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3455  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2643  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3418  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.550053  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3453  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0477  dihydrodipicolinate reductase  46.21 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0974  Dihydrodipicolinate reductase  47.53 
 
 		 267 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3062  dihydrodipicolinate reductase  46.01 
 
 		 267 aa  229  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.304579  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0253  dihydrodipicolinate reductase  47.53 
 
 		 266 aa  228  5e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2574  dihydrodipicolinate reductase  48.67 
 
 		 263 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2735  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 265 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.932865 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2984  dihydrodipicolinate reductase  48.67 
 
 		 263 aa  228  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0168  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.757429  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0618  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0546  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0735119  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0651  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387515  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4967  dihydrodipicolinate reductase  48.35 
 
 		 274 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2745  dihydrodipicolinate reductase  49.05 
 
 		 263 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3270  dihydrodipicolinate reductase  48.67 
 
 		 273 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0573  dihydrodipicolinate reductase  48.67 
 
 		 265 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0476  dihydrodipicolinate reductase  44.61 
 
 		 269 aa  225  7e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00911  dihydrodipicolinate reductase  47.91 
 
 		 269 aa  225  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3922  dihydrodipicolinate reductase  47.91 
 
 		 273 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2591  dihydrodipicolinate reductase  47.15 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000325383 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004481  dihydrodipicolinate reductase  48.29 
 
 		 269 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3360  dihydrodipicolinate reductase  46.62 
 
 		 267 aa  223  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0188921  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3737  dihydrodipicolinate reductase  47.91 
 
 		 265 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1970  dihydrodipicolinate reductase  46.77 
 
 		 269 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.150485  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1125  dihydrodipicolinate reductase  50.95 
 
 		 267 aa  221  8e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0713267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1150  dihydrodipicolinate reductase  44.87 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0360461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4553  dihydrodipicolinate reductase  47.35 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0755  dihydrodipicolinate reductase  46.01 
 
 		 271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0512  dihydrodipicolinate reductase  47.96 
 
 		 268 aa  219  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.548054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3622  dihydrodipicolinate reductase  45.25 
 
 		 267 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0212  dihydrodipicolinate reductase  44.87 
 
 		 266 aa  217  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.17732  hitchhiker  0.000000000618178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5479  dihydrodipicolinate reductase  47.73 
 
 		 268 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0160  dihydrodipicolinate reductase  44.49 
 
 		 266 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0041  dihydrodipicolinate reductase  45.9 
 
 		 275 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.852498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62940  dihydrodipicolinate reductase  47.73 
 
 		 268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1564  dihydrodipicolinate reductase  46.39 
 
 		 268 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.525131  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1898  dihydrodipicolinate reductase  52.09 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.301098  normal  0.262689 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3579  dihydrodipicolinate reductase  45.35 
 
 		 271 aa  215  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145714  normal  0.121498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0994  dihydrodipicolinate reductase  43.87 
 
 		 270 aa  215  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000395261  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0035  dihydrodipicolinate reductase  45.98 
 
 		 276 aa  215  7e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4503  dihydrodipicolinate reductase  46.01 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6007  dihydrodipicolinate reductase  46.39 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850549 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0707  dihydrodipicolinate reductase  45.63 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.165217  hitchhiker  0.00943126 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3042  dihydrodipicolinate reductase  42.97 
 
 		 266 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2555  dihydrodipicolinate reductase  46.86 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.649079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3383  dihydrodipicolinate reductase  46.85 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000141563 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3087  dihydrodipicolinate reductase  47.73 
 
 		 269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.682276  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42950  dihydrodipicolinate reductase  45.63 
 
 		 267 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0785  dihydrodipicolinate reductase  45.56 
 
 		 273 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.425853  normal  0.321154 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0872  dihydrodipicolinate reductase  45.63 
 
 		 266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.11432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2840  dihydrodipicolinate reductase  44.24 
 
 		 271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000040359  normal  0.0597866 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3584  dihydrodipicolinate reductase  45.56 
 
 		 273 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3405  dihydrodipicolinate reductase  43.49 
 
 		 271 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  hitchhiker  0.000220651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4591  dihydrodipicolinate reductase  45.25 
 
 		 267 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.509503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4725  dihydrodipicolinate reductase  45.25 
 
 		 267 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.111929  hitchhiker  0.00253408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>