35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0085 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0085  hypothetical protein  100 
 
 
257 aa  530  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4035  hypothetical protein  54.96 
 
 
255 aa  278  4e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2769  hypothetical protein  56.72 
 
 
245 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1107  hypothetical protein  56.72 
 
 
245 aa  262  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2923  periplasmic protein-like protein  59.09 
 
 
245 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.161015  normal  0.147851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2800  hypothetical protein  53.74 
 
 
251 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.462048  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1773  lipoprotein signal peptide  48.65 
 
 
250 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0133404 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2581  hypothetical protein  45.8 
 
 
274 aa  198  7e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202333  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1070  hypothetical protein  46.36 
 
 
249 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5194  hypothetical protein  45.53 
 
 
248 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0943  hypothetical protein  43.09 
 
 
269 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2522  hypothetical protein  44.68 
 
 
257 aa  192  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0781422  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2204  hypothetical protein  46.22 
 
 
255 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158703  normal  0.503307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2247  hypothetical protein  44.68 
 
 
258 aa  192  6e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4458  hypothetical protein  44.64 
 
 
246 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00696256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4078  periplasmic protein-like protein  47.87 
 
 
238 aa  185  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2542  hypothetical protein  41 
 
 
258 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2236  hypothetical protein  42.37 
 
 
258 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582532  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1669  hypothetical protein  39.83 
 
 
256 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1615  hypothetical protein  39.83 
 
 
256 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1257  hypothetical protein  39.83 
 
 
258 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119741  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1911  periplasmic protein-like protein  42.66 
 
 
317 aa  156  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00932683  normal  0.0114892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0729  hypothetical protein  37.56 
 
 
244 aa  148  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.870301  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1908  periplasmic protein-like protein  37.7 
 
 
309 aa  132  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0812  periplasmic protein-like  37.05 
 
 
276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.404092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4181  hypothetical protein  34.05 
 
 
254 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0140439 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4333  hypothetical protein  34.05 
 
 
254 aa  115  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03640  hypothetical protein  33.51 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5254  hypothetical protein  33.51 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03691  hypothetical protein  33.51 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4165  periplasmic protein  33.51 
 
 
254 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4193  periplasmic protein  33.51 
 
 
254 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4040  hypothetical protein  33.51 
 
 
254 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2357  periplasmic protein-like protein  30.61 
 
 
266 aa  112  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4124  hypothetical protein  31.84 
 
 
273 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0489181 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>