More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0073 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0073  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  479  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  41.38 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 341 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 346 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 339 aa  65.9  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 345 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 355 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 337 aa  65.1  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  34.95 
 
 		 269 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  29.9 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  29.9 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  29.9 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  29.9 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  29.9 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  38.04 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  29.9 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  29.9 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  29.9 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 336 aa  63.2  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  25.45 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  33.01 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.76 
 
 		 360 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 357 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 382 aa  62.4  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 357 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  29.9 
 
 		 291 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 311 aa  62  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  29.9 
 
 		 291 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  28.85 
 
 		 253 aa  62  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  28.85 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  28.85 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  28.85 
 
 		 243 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 361 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  37.5 
 
 		 396 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  37.63 
 
 		 332 aa  59.3  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 396 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 410 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 361 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 326 aa  58.9  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  33.75 
 
 		 360 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 341 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 462 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 284 aa  58.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 334 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  35.24 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  41.25 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 341 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2581  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0339755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 		 341 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 363 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 315 aa  57  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  34.23 
 
 		 330 aa  57  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 777 aa  56.6  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  27.18 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 347 aa  57  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>