154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0068 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0068  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 155 aa  318  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4049  putative GAF sensor protein  73.65 
 
 		 182 aa  239  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2807  hypothetical protein  71.43 
 
 		 150 aa  224  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174201  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2907  putative GAF sensor protein  70.55 
 
 		 150 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0152  GAF domain-containing protein  66.44 
 
 		 150 aa  202  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1502  GAF domain-containing protein  66.44 
 
 		 150 aa  202  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0371  putative GAF sensor protein  59.18 
 
 		 177 aa  174  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33263  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2111  GAF domain-containing protein  56.34 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.779042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1350  GAF domain-containing protein  51.37 
 
 		 164 aa  150  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4000  sensor protein  48.2 
 
 		 162 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3325  GAF domain-containing protein  47.62 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.10653  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4771  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4788  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00635993  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4790  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4387  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0473  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.253939  hitchhiker  3.4768e-18 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4762  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.01469  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4397  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4552  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  9e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4905  hypothetical protein  47.62 
 
 		 159 aa  130  9e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0130  putative GAF sensor protein  47.62 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4483  putative GAF sensor protein  46.26 
 
 		 159 aa  128  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2722  putative GAF sensor protein  44.59 
 
 		 159 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2204  putative GAF sensor protein  50 
 
 		 152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.707038  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1282  GAF domain-containing protein  40.54 
 
 		 156 aa  125  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000115739  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1671  putative GAF sensor protein  48.59 
 
 		 152 aa  124  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000389411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1746  putative GAF sensor protein  48.59 
 
 		 152 aa  123  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.698368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1776  putative GAF sensor protein  48.59 
 
 		 152 aa  123  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0635695  normal  0.0905724 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1583  GAF domain-containing protein  46.67 
 
 		 153 aa  123  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2603  hypothetical protein  49.3 
 
 		 152 aa  123  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1902  putative GAF sensor protein  48.59 
 
 		 152 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.044127  normal  0.123566 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0464  putative GAF sensor protein  47.14 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000576778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1745  GAF domain-containing protein  46.76 
 
 		 170 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1800  putative GAF sensor protein  46.15 
 
 		 152 aa  121  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5928  GAF domain-containing protein  48.2 
 
 		 160 aa  121  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2230  putative GAF sensor protein  45.77 
 
 		 154 aa  121  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.149787  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2449  putative GAF sensor protein  48.59 
 
 		 152 aa  120  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.580676  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1933  putative GAF sensor protein  44.76 
 
 		 152 aa  120  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2879  hypothetical protein  46.04 
 
 		 202 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2452  hypothetical protein  46.04 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2829  hypothetical protein  46.04 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0190862  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2823  hypothetical protein  46.04 
 
 		 202 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1925  GAF domain-containing protein  45.39 
 
 		 160 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000712217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2442  putative GAF sensor protein  47.89 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.229254  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2562  putative GAF sensor protein  47.89 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.408148  normal  0.0780392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2333  sensor protein  48.87 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648081  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1276  putative sensor with GAF domain  44.14 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1208 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1452  hypothetical protein  46.76 
 
 		 160 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.944894  normal  0.188383 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1775  hypothetical protein  45.32 
 
 		 170 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2155  putative GAF sensor protein  44.29 
 
 		 167 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0330363  normal  0.417247 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1028  putative GAF sensor protein  43.88 
 
 		 167 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1486  hypothetical protein  46.94 
 
 		 160 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2019  GAF domain-containing protein  42.86 
 
 		 171 aa  117  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1057  GAF domain-containing protein  40 
 
 		 174 aa  117  6e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.36357  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3668  putative GAF sensor protein  44.9 
 
 		 161 aa  117  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000365673  normal  0.0790972 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0503  putative GAF sensor protein  44.59 
 
 		 160 aa  117  6e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3977  sensor protein  46.26 
 
 		 160 aa  117  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.911623 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0178  putative GAF sensor protein  46.76 
 
 		 161 aa  117  7.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.343183  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1032  putative GAF sensor protein  43.88 
 
 		 167 aa  117  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.936669 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0475  GAF domain-containing protein  42.14 
 
 		 152 aa  116  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000747602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2764  hypothetical protein  45.32 
 
 		 202 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826735  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1877  GAF domain-containing protein  46.04 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4262  putative GAF sensor protein  43.57 
 
 		 167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1979  putative GAF sensor protein  48.09 
 
 		 161 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.738676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3838  GAF domain-containing protein  46.04 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220762  normal  0.353602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0671  putative GAF sensor protein  43.57 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1150  putative GAF sensor protein  43.57 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0567  GAF domain-containing protein  45.71 
 
 		 160 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3274  sensor protein  42.76 
 
 		 166 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.622071 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2117  putative GAF sensor protein  40.14 
 
 		 165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00785932  hitchhiker  0.000244904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1720  GAF domain-containing protein  44.76 
 
 		 152 aa  114  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000034795  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1106  hypothetical protein  43.36 
 
 		 192 aa  114  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124108  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1126  putative GAF sensor protein  42.86 
 
 		 167 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00168904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1670  hypothetical protein  44.12 
 
 		 165 aa  113  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000032114  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2665  hypothetical protein  44.12 
 
 		 165 aa  113  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000471553  normal  0.0325611 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1781  hypothetical protein  44.12 
 
 		 165 aa  113  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.222367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2131  putative GAF sensor protein  43.62 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114775  normal  0.0484243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1990  putative GAF sensor protein  39.01 
 
 		 154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0273929  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1851  putative GAF sensor protein  40.14 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.181642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02348  hypothetical protein  41.96 
 
 		 157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2485  putative GAF sensor protein  42.96 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000612704  normal  0.330047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03142  possible Sensor with GAF domain  44.29 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003429  free methionine-(R)-sulfoxide reductase fRMsr  42.66 
 
 		 157 aa  111  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000333189  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2103  putative GAF sensor protein  43.97 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00230825  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01803  hypothetical protein  42.14 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01791  hypothetical protein  42.14 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2100  GAF domain protein  42.14 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000646047  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1923  GAF domain-containing protein  42.14 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000057187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2061  GAF domain-containing protein  42.14 
 
 		 183 aa  110  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132589  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1284  GAF domain protein  43.97 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000424831  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1468  GAF domain-containing protein  43.97 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000132233  normal  0.144363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1986  GAF domain protein  43.97 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000139878  hitchhiker  0.00643853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2565  GAF domain protein  42.96 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000383818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2402  putative GAF sensor protein  42.86 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2048  GAF domain-containing protein  43.97 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.325107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1774  hypothetical protein  37.84 
 
 		 154 aa  110  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00245693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1809  GAF domain-containing protein  37.84 
 
 		 154 aa  110  7.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000874323  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1990  GAF domain protein  43.97 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00416581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1800  putative GAF sensor protein  42.96 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657978  normal  0.0831768 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3610  hypothetical protein  46.15 
 
 		 160 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0239404  normal  0.514803 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>