More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0058 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0058  amidase  100 
 
 		 443 aa  884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.633251  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2898  amidase  65.99 
 
 		 465 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0193721  normal  0.48619 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0143  amidase  63.27 
 
 		 441 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0981668  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0061  amidase  65.57 
 
 		 443 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1493  amidase  63.53 
 
 		 436 aa  501  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0426  amidase  57.47 
 
 		 440 aa  487  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2671  amidase  54.74 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1307  amidase  46.22 
 
 		 451 aa  301  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256465  normal  0.0218036 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5886  hypothetical protein  41.16 
 
 		 459 aa  269  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371043  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3413  hypothetical protein  40.57 
 
 		 453 aa  255  9e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6695  hypothetical protein  38.57 
 
 		 456 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.626739  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0375  amidase  40.59 
 
 		 447 aa  239  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1927  amidase  40.05 
 
 		 440 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.226635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2771  amidase  39.57 
 
 		 453 aa  236  7e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.170685  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3904  amidase  39.07 
 
 		 449 aa  232  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.793925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5792  hypothetical protein  37.64 
 
 		 456 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0135813 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6340  amidase  37.3 
 
 		 440 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1444  amidase  38.67 
 
 		 456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.223813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2690  amidase  38.5 
 
 		 449 aa  221  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  35.95 
 
 		 463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1980  amidase  37.62 
 
 		 449 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0409762  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2277  amidase  37.5 
 
 		 449 aa  218  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3586  amidase  39.63 
 
 		 449 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1688  amidase  37.09 
 
 		 449 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.481461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3448  Amidase  38.59 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1881  amidase  36.56 
 
 		 463 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.579436  normal  0.0809644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2696  amidase  38.58 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0910993  normal  0.599715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0511  amidase  37.61 
 
 		 452 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.227764  normal  0.354822 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1757  amidase  37.63 
 
 		 450 aa  208  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.906922  normal  0.0809775 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0589  amidase  37.53 
 
 		 448 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0498  amidase  37.88 
 
 		 453 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2934  amidase  35.8 
 
 		 450 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.721101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  36.38 
 
 		 463 aa  200  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1980  amidase  39.33 
 
 		 453 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.078778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0849  amidase  40.36 
 
 		 457 aa  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1388  amidase  36.92 
 
 		 451 aa  195  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0457  amidase  40.6 
 
 		 458 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0975  amidase  40.6 
 
 		 458 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4204  amidase family protein  35.03 
 
 		 442 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0172  amidase  40.6 
 
 		 616 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2972  amidase  40.76 
 
 		 616 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.943574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2603  amidase  40.6 
 
 		 616 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.385736  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3019  amidase  40.6 
 
 		 472 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2912  amidase  40.6 
 
 		 472 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.593639  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0901  amidase  36.14 
 
 		 463 aa  192  8e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.0184899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1615  amidase  40.1 
 
 		 476 aa  192  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2851  amidase  37.05 
 
 		 413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4802  Amidase  36.45 
 
 		 468 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.271791  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1873  amidase  35.86 
 
 		 450 aa  190  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.028734  normal  0.804563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3938  hypothetical protein  34.79 
 
 		 457 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1988  amidase  34.89 
 
 		 469 aa  186  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.616818  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0715  amidase  38.31 
 
 		 462 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4618  amidase  35.93 
 
 		 473 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4752  amidase  34.69 
 
 		 457 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3744  amidase  37.77 
 
 		 427 aa  183  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2598  amidase  34.27 
 
 		 441 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2373  amidase  38.18 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.172114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1493  amidase  35.41 
 
 		 432 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.807355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0543  amidase  37.9 
 
 		 458 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.265653  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0886  amidase  37.61 
 
 		 458 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1022  amidase  37.9 
 
 		 458 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86906  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5708  Amidase  32.14 
 
 		 447 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549734  normal  0.148975 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6070  Amidase  35.03 
 
 		 458 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0220  amidase  33.41 
 
 		 471 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.855119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0887  amidase  34.23 
 
 		 452 aa  173  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.75 
 
 		 486 aa  172  7.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1387  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  33.63 
 
 		 467 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.593725  normal  0.886782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0362  amidase  32.31 
 
 		 423 aa  172  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0472212  normal  0.965873 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0989  amidase  31.93 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0898  amidase  37.16 
 
 		 458 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.72 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0981  amidase  37.39 
 
 		 458 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0651175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4364  amidase  33.55 
 
 		 471 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000480403  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  28.93 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2586  amidase  34.66 
 
 		 448 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182756  normal  0.110862 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1878  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.31 
 
 		 463 aa  167  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.667499  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3039  amidase  38.05 
 
 		 459 aa  167  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0144901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1213  amidase  33.19 
 
 		 471 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1222  amidase  34.27 
 
 		 448 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.819816  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5041  amidase  38.42 
 
 		 435 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0912342  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1721  amidase  39.56 
 
 		 427 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0870166  normal  0.409578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4134  amidase  38.27 
 
 		 458 aa  163  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2686  amidase  36.36 
 
 		 437 aa  163  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3660  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.59 
 
 		 493 aa  162  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7145  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  31.51 
 
 		 470 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0058  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  32.57 
 
 		 494 aa  161  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2499  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.38 
 
 		 491 aa  162  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2093  hypothetical protein  33.19 
 
 		 477 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2984  amidase  35.61 
 
 		 435 aa  159  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0952  amidase  38.16 
 
 		 481 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  31.85 
 
 		 484 aa  158  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1773  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.99 
 
 		 493 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329923  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0827  Amidase  32.97 
 
 		 470 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0223449  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1170  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.44 
 
 		 479 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1717  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.78 
 
 		 493 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0594  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.92 
 
 		 493 aa  156  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.81 
 
 		 485 aa  156  8e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  33.51 
 
 		 461 aa  156  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1521  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.77 
 
 		 493 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.495498 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0765  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.85 
 
 		 485 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00375757  normal  0.450194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>