More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0045 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00611  leucyl-tRNA synthetase  44.85 
 
 
860 aa  722    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2984  leucyl-tRNA synthetase  44.85 
 
 
860 aa  722    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00147705  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1731  leucyl-tRNA synthetase  45.46 
 
 
823 aa  747    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.308382  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09711  leucyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
864 aa  685    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.217305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2209  leucyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 
824 aa  754    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4794  leucyl-tRNA synthetase  47.56 
 
 
868 aa  811    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.232287 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2339  leucyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 
858 aa  643    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000153257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3786  leucyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 
888 aa  735    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1453  leucyl-tRNA synthetase  45.93 
 
 
887 aa  785    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.721273  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0060  leucyl-tRNA synthetase  46 
 
 
838 aa  783    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2744  leucyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 
877 aa  744    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.775327 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1861  leucyl-tRNA synthetase  46.32 
 
 
829 aa  769    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.911399  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1722  leucyl-tRNA synthetase  45.32 
 
 
863 aa  753    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1234  leucyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 
809 aa  678    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2765  leucyl-tRNA synthetase  65.59 
 
 
844 aa  1164    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1807  leucyl-tRNA synthetase  54.18 
 
 
877 aa  958    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.807702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1174  leucyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 
859 aa  731    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4812  leucyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 
868 aa  784    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0104  leucyl-tRNA synthetase  52.99 
 
 
875 aa  920    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0370  leucyl-tRNA synthetase  45.61 
 
 
864 aa  754    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3917  leucyl-tRNA synthetase  43.99 
 
 
910 aa  724    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2453  leucyl-tRNA synthetase  45.61 
 
 
864 aa  754    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484774  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1302  leucyl-tRNA synthetase  43.41 
 
 
823 aa  724    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1301  leucyl-tRNA synthetase  43.3 
 
 
823 aa  720    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4352  leucyl-tRNA synthetase  46.99 
 
 
868 aa  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.964178  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0576  leucyl-tRNA synthetase  43.62 
 
 
921 aa  702    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.931447  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0544  leucyl-tRNA synthetase  46.42 
 
 
876 aa  777    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.697697  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09721  leucyl-tRNA synthetase  42.17 
 
 
856 aa  702    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.90709  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0321  leucyl-tRNA synthetase  41.14 
 
 
862 aa  689    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.955307  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2834  leucyl-tRNA synthetase  45.31 
 
 
873 aa  749    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0282  leucyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 
829 aa  786    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2445  leucyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 
857 aa  800    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00377193  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0091  leucyl-tRNA synthetase  50.67 
 
 
883 aa  889    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.124322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4936  leucyl-tRNA synthetase  46.32 
 
 
872 aa  771    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.130078 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3451  leucyl-tRNA synthetase  45.78 
 
 
913 aa  761    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2665  leucyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
819 aa  768    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.364748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4957  leucyl-tRNA synthetase  47.07 
 
 
868 aa  787    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0840  leucyl-tRNA synthetase  70.5 
 
 
847 aa  1258    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1413  leucyl-tRNA synthetase  46.32 
 
 
851 aa  766    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000816015  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3740  leucyl-tRNA synthetase  45.84 
 
 
864 aa  744    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0946299 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1106  leucyl-tRNA synthetase  45.19 
 
 
884 aa  731    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1380  leucyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 
875 aa  739    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.922349  normal  0.216701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2300  leucyl-tRNA synthetase  45.3 
 
 
824 aa  741    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.284228  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2439  leucyl-tRNA synthetase  45.35 
 
 
829 aa  756    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0479  leucyl-tRNA synthetase  47.5 
 
 
877 aa  792    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4548  leucyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
897 aa  733    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1572  leucyl-tRNA synthetase  41.23 
 
 
822 aa  664    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.940806  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0911  leucyl-tRNA synthetase  42.53 
 
 
856 aa  698    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168509  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1920  leucyl-tRNA synthetase  46.99 
 
 
865 aa  778    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0511  leucyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 
866 aa  775    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.711035  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3631  leucyl-tRNA synthetase  52.75 
 
 
862 aa  935    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0568  leucyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 
829 aa  732    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1211  leucyl-tRNA synthetase  46.07 
 
 
882 aa  761    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4197  leucyl-tRNA synthetase  45.86 
 
 
859 aa  753    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0385  leucyl-tRNA synthetase  52.03 
 
 
874 aa  902    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.039423  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3215  leucyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
848 aa  957    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0506  leucyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 
851 aa  739    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00566899  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0794  leucyl-tRNA synthetase  46 
 
 
829 aa  786    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0411  leucyl-tRNA synthetase  72.45 
 
 
863 aa  1318    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0758  leucyl-tRNA synthetase  44.54 
 
 
892 aa  742    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3308  leucyl-tRNA synthetase  43.84 
 
 
819 aa  717    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0417159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0284  leucyl-tRNA synthetase  52.69 
 
 
882 aa  936    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.366179  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2155  leucyl-tRNA synthetase  45.22 
 
 
817 aa  761    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4605  leucyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 
886 aa  736    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.864694  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0576  leucyl-tRNA synthetase  46.26 
 
 
863 aa  773    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0797  leucyl-tRNA synthetase  44.69 
 
 
872 aa  733    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.749816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0436  leucyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 
878 aa  906    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2344  leucyl-tRNA synthetase  45.88 
 
 
856 aa  742    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.633045  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0098  leucyl-tRNA synthetase  52.01 
 
 
878 aa  917    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0566  leucyl-tRNA synthetase  43.85 
 
 
934 aa  715    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.632616  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2973  leucyl-tRNA synthetase  45.54 
 
 
873 aa  753    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0232  leucyl-tRNA synthetase  41.7 
 
 
861 aa  685    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1328  leucyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 
856 aa  659    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09941  leucyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
862 aa  688    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.880556  normal  0.45126 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0045  leucyl-tRNA synthetase  100 
 
 
857 aa  1785    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.269909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3020  leucyl-tRNA synthetase  55.97 
 
 
849 aa  947    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.336439  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0171  leucyl-tRNA synthetase  46.24 
 
 
864 aa  752    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678775  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2744  leucyl-tRNA synthetase  45.93 
 
 
864 aa  776    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1566  leucyl-tRNA synthetase  44.56 
 
 
870 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408978  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3209  leucyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 
871 aa  963    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1191  leucyl-tRNA synthetase  44.49 
 
 
859 aa  729    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.663748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1071  leucyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
907 aa  698    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1557  leucyl-tRNA synthetase  42.73 
 
 
860 aa  693    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1704  leucyl-tRNA synthetase  47.91 
 
 
929 aa  650    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0997  leucyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 
859 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.248445  normal  0.169991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1062  leucyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 
859 aa  734    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0109864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0400  leucyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 
864 aa  763    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.8894  normal  0.692139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0705  leucyl-tRNA synthetase  44.74 
 
 
872 aa  739    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.173652  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1599  leucyl-tRNA synthetase  45.37 
 
 
824 aa  733    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000190725  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2957  leucyl-tRNA synthetase  53.57 
 
 
865 aa  940    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0549  leucyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 
864 aa  750    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.924908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12230  leucyl-tRNA synthetase  47.8 
 
 
873 aa  806    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.726587  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2582  leucyl-tRNA synthetase  45.08 
 
 
864 aa  750    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.60297 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1109  leucyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 
809 aa  678    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2247  leucyl-tRNA synthetase  41.89 
 
 
843 aa  645    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0654  leucyl-tRNA synthetase  46.24 
 
 
864 aa  752    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2084  leucyl-tRNA synthetase  43.69 
 
 
829 aa  686    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.276133  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0432  leucyl-tRNA synthetase  49.2 
 
 
859 aa  836    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0302206  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1001  leucyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 
859 aa  734    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.355839  normal  0.124376 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2145  leucyl-tRNA synthetase  47.12 
 
 
817 aa  775    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.736456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>