296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0041 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0041  HI0933-like protein  100 
 
 		 399 aa  791    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.32138 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0407  HI0933-like protein  60.05 
 
 		 397 aa  445  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0053  HI0933 family protein  60.41 
 
 		 406 aa  430  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000927745 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0836  putative flavoprotein  55.95 
 
 		 392 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538979  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2494  hypothetical protein  56.96 
 
 		 392 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3139  hypothetical protein  58.25 
 
 		 402 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0000634596  decreased coverage  0.0000000576575 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2768  hypothetical protein  54.11 
 
 		 401 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3204  HI0933-like protein  51.41 
 
 		 410 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2481  HI0933 family protein  49.75 
 
 		 411 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0212712  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2553  HI0933-like protein  50 
 
 		 409 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2251  HI0933-like protein  49.87 
 
 		 414 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.294962  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1520  hypothetical protein  47.99 
 
 		 411 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0453  hypothetical protein  48.36 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.881492 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0087  hypothetical protein  49.49 
 
 		 413 aa  345  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2458  hypothetical protein  48.77 
 
 		 424 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5009  putative flavoprotein oxidoreductase  48.4 
 
 		 421 aa  341  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438649  normal  0.35364 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2154  hypothetical protein  49.74 
 
 		 408 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4778  hypothetical protein  48.99 
 
 		 413 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3007  hypothetical protein  48 
 
 		 402 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4296  hypothetical protein  48.49 
 
 		 424 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0364  hypothetical protein  43.03 
 
 		 411 aa  334  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113097  normal  0.426406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4765  hypothetical protein  48.38 
 
 		 412 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0079112  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3585  hypothetical protein  48.59 
 
 		 395 aa  332  5e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138366 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4431  hypothetical protein  48.63 
 
 		 409 aa  332  9e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.803445  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4640  hypothetical protein  48.13 
 
 		 412 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000626559  hitchhiker  0.00685408 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3087  HI0933-like protein  48.16 
 
 		 409 aa  328  9e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.909822  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3818  hypothetical protein  48.13 
 
 		 404 aa  328  9e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3600  HI0933 family protein  46.9 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.777632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4677  HI0933 family protein  46.9 
 
 		 422 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0655  hypothetical protein  49.25 
 
 		 424 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000115775  normal  0.464819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4919  hypothetical protein  48.33 
 
 		 425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000084695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1785  hypothetical protein  50.24 
 
 		 419 aa  324  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.928092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3538  HI0933 family protein  46.34 
 
 		 421 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.570912  normal  0.174633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3911  HI0933 family protein  46.49 
 
 		 428 aa  322  5e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4371  hypothetical protein  49 
 
 		 404 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4663  hypothetical protein  47.49 
 
 		 412 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3158  putative transmembrane protein  45.87 
 
 		 425 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1738  putative transmembrane protein  47.64 
 
 		 429 aa  319  6e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4913  HI0933 family protein  50.63 
 
 		 419 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159614  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0839  HI0933 family protein  47.94 
 
 		 407 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.612434  normal  0.0181973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10020  HI0933-like protein  48.99 
 
 		 410 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.148718  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0420  putative transmembrane protein, NAD(FAD)-binding  45.66 
 
 		 430 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3248  hypothetical protein  46.52 
 
 		 402 aa  308  8e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2187  hypothetical protein  43.67 
 
 		 458 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1005  hypothetical protein  44.27 
 
 		 402 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3724  hypothetical protein  48.99 
 
 		 413 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1040  hypothetical protein  44.27 
 
 		 402 aa  306  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4904  hypothetical protein  43.88 
 
 		 458 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2737  hypothetical protein  43.1 
 
 		 422 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0455  HI0933 family protein  47.68 
 
 		 432 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3798  HI0933 family protein  45.79 
 
 		 402 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2326  HI0933 family protein  46.49 
 
 		 412 aa  303  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0879  hypothetical protein  48.45 
 
 		 407 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01510  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  45.68 
 
 		 420 aa  302  7.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12770  hypothetical protein  45.74 
 
 		 391 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1159  hypothetical protein  46.72 
 
 		 491 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1434  HI0933 family protein  46.4 
 
 		 415 aa  296  6e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.952569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2642  hypothetical protein  43.08 
 
 		 482 aa  296  6e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.148126  normal  0.0148984 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3503  HI0933 family protein  45.62 
 
 		 416 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.849047 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2266  HI0933-like protein  42.12 
 
 		 468 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0593  HI0933 family protein  46.68 
 
 		 416 aa  294  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568345  hitchhiker  0.000690115 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2353  hypothetical protein  43.89 
 
 		 447 aa  294  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.839309  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1505  HI0933 family protein  43.44 
 
 		 447 aa  291  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2895  HI0933-like protein  40.67 
 
 		 452 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2125  hypothetical protein  40.99 
 
 		 406 aa  290  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1928  hypothetical protein  46.51 
 
 		 429 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744933  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4321  hypothetical protein  44.73 
 
 		 390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1089  hypothetical protein  45.48 
 
 		 458 aa  277  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0805  HI0933 family protein  46.94 
 
 		 414 aa  269  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.0281532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2010  hypothetical protein  48.32 
 
 		 405 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.170272 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0628  flavoprotein  35.4 
 
 		 398 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0929211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0187  HI0933 family protein  32.38 
 
 		 433 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2209  hypothetical protein  28.61 
 
 		 430 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000224827  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0030  HI0933 family protein  31.05 
 
 		 412 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0708  FAD dependent oxidoreductase  28.01 
 
 		 409 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2050  hypothetical protein  33.17 
 
 		 419 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000118961  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0291  hypothetical protein  28.26 
 
 		 408 aa  125  9e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2761  HI0933 family protein  25.84 
 
 		 427 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2378  HI0933 family protein  26.63 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.270996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2387  hypothetical protein  27.95 
 
 		 410 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1926  HI0933-like protein  25.55 
 
 		 414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1378  hypothetical protein  24.59 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.275116 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1733  HI0933 family protein  28.64 
 
 		 408 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0908  HI0933 family protein  29.29 
 
 		 426 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0927  HI0933 family protein  28.61 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.1016 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2135  hypothetical protein  28.17 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00468248  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1567  hypothetical protein  25.56 
 
 		 393 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3399  HI0933 family protein  26.7 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000862547  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1752  hypothetical protein  24.51 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00572064  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1810  hypothetical protein  23.95 
 
 		 422 aa  106  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.261505  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1845  hypothetical protein  23.95 
 
 		 422 aa  106  7e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0672  HI0933 family protein  24.89 
 
 		 436 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1315  hypothetical protein  23.64 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.476308  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1197  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  24.33 
 
 		 403 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00144707  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3371  hypothetical protein  24.71 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000385799  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0262  flavoprotein  24.34 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000227955  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1601  hypothetical protein  26.3 
 
 		 406 aa  101  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2623  hypothetical protein  27.18 
 
 		 393 aa  98.2  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1025  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  23.84 
 
 		 403 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0617168  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4604  hypothetical protein  24.04 
 
 		 423 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00629914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>